I was looking at :<br><br><a href="http://www.salilab.org/modeller/manual/node26.html#SECTION:initialmodel">http://www.salilab.org/modeller/manual/node26.html#SECTION:initialmodel</a><br><br>and was wondering if it&#39;s right to pass a loop fragment generated de novo into automodel with the inifile parameter. Is it the same as using it as a template in the alignment (that&#39;s what I do so far)? If yes, can I define multiple infiles to model multiple loops of my protein whilst doing homology modeling for the rest of it?<br>