<br>Probably you overdid it with minimization. Try a smoother energy minimization scheme, e.g. 500-1000 steps. Also bare in mind that molecular mechanics force fields are not designed to produce crystallographic quality structures. I would rather use Rosetta (or PyRosetta) or <a href="http://www.yasara.org/minimizationserver.htm">http://www.yasara.org/minimizationserver.htm</a> if I wanted to improve atom clashes, dihedral angles, secondary structure, etc.<br>
<br>HTH,<br>Thomas<br><br><br><div class="gmail_quote">On 30 April 2012 13:47, vishal Nemaysh <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vishal.bioinfotech@gmail.com" target="_blank">vishal.bioinfotech@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Respected Sir,<div><br></div><div>I have tried to minimize my pdb structure which is modeled by Modeller9v8. i use the Discovery Studio plateform to minimize this pdb structure by applying CHARMm force field and applying steepest descent and after that conjugate gradient algorithm.</div>

<div>but the problem here is that the procheck result is not good as earlier. such as in Ramachandran plot 87% amino acids are in favorable region before minimization but after minimization only 55% amino acids are in favorable range...so plz sir suggest me some solutions....</div>

<div><br></div><div>Thanking you,</div><div><br></div><div>Your Sincerely  </div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div><br></div>-- <br><span style="color:rgb(102,51,102)">Vishal</span><div style="color:rgb(102,51,102)">
Research Scholar,</div><div style="color:rgb(102,51,102)">
University of Delhi, </div><div style="color:rgb(102,51,102)">North Campus</div><div style="color:rgb(102,51,102)">Delhi-110007</div><div style="color:rgb(102,51,102)">M: 91+9650736653</div><br>
</div>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
modeller_usage mailing list<br>
<a href="mailto:modeller_usage@salilab.org">modeller_usage@salilab.org</a><br>
<a href="https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage" target="_blank">https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">======================================================================</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Thomas Evangelidis</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">PhD student</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Biomedical Research
Foundation, Academy of Athens</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">4 Soranou Ephessiou , 115 27
Athens, Greece<br><br>email: <a href="mailto:tevang@bioacademy.gr" target="_blank">tevang@bioacademy.gr</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">                 <a href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>website:
<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>
</p>
<br>