<div dir="ltr"><div><div>Thanks for suggestions again!<br><br></div>Could you tell me as well<br>1)  what should I provide to the below ali.py script to copy HETATM from the template to the model<br><br>env = environ()<br>
aln = alignment(env)<br># Read in HETATM records from template PDBs<br>env.io.hetatm = True<br>env.io.hydrogen= True<br><br>mdl = model(env, file=&#39;3eml&#39;, model_segment=(&#39;FIRST:A&#39;,&#39;LAST:A&#39;))<br>aln.append_model(mdl, align_codes=&#39;3emlA&#39;, atom_files=&#39;3eml.pdb&#39;)<br>
aln.append(file=&#39;od_r.ali&#39;, align_codes=&#39;od_r&#39;)<br>aln.align2d()<br>aln.write(file=&#39;result3.ali&#39;, alignment_format=&#39;PIR&#39;)<br>aln.write(file=&#39;result3.pap&#39;, alignment_format=&#39;PAP&#39;)<br>
<br>2) how  salt bridges can be defined in the model  taken  from the template with the homology 
cysteins in the same positions?<br><br><br></div>James<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-04-15 23:03 GMT+04:00 Modeller Caretaker <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:modeller-care@salilab.org" target="_blank">modeller-care@salilab.org</a>&gt;</span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On 4/15/14, 2:05 AM, James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I&#39;ve followed 1st modeller tutorial making alignment of my target<br>
against 1 template (with the inclusion of hetatm from the template). As<br>
the result I&#39;ve obtained the below alignment<br>
</blockquote>
<br></div>
As pointed out already, you haven&#39;t told Modeller to put the ligand in the model. Is it possible that you modified the 2rh1.pdb file? Your template sequence doesn&#39;t match the one in 2rh1 from PDB (there&#39;s an extra sequence in the official PDB from residue 1002:A to 1161:A that isn&#39;t in yours). Maybe you removed the ligand by mistake too.<br>

<br>
        Ben Webb, Modeller Caretaker<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
<a href="mailto:modeller-care@salilab.org" target="_blank">modeller-care@salilab.org</a>             <a href="http://www.salilab.org/modeller/" target="_blank">http://www.salilab.org/<u></u>modeller/</a><br>
Modeller mail list: <a href="http://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage" target="_blank">http://salilab.org/mailman/<u></u>listinfo/modeller_usage</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>