MODELLER 7v7, Sep 12, 2004 09:15pm PROTEIN STRUCTURE MODELLING BY SATISFACTION OF SPATIAL RESTRAINTS Copyright(c) 1989-2004 Andrej Sali All Rights Reserved Written by A. Sali with help from B. Webb, M.S. Madhusudhan, M-Y. Shen, M.A. Marti-Renom, N. Eswar, F. Alber, B. Oliva, A. Fiser, R. Sanchez, B. Yerkovich, A. Badretdinov, F. Melo, J.P. Overington, E. Feyfant University of California, San Francisco, USA Rockefeller University, New York, USA Harvard University, Cambridge, USA Imperial Cancer Research Fund, London, UK Birkbeck College, University of London, London, UK Kind, OS, HostName, Kernel, Processor: 4, Linux synth.compbio.ucsf.edu 2.6.8-1.521smp i686 Date and time of compilation : 09/12/2004 21:24:59 Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2004/09/15 17:57:44.418 Multiple dynamic programming alignment (MALIGN): Residue-residue metric : ${MODINSTALL7v7}/modlib//as1.sim.mat ALIGN_BLOCK : 1 Gap introduction penalty: -900.0000 Gap extension penalty : -50.0000 Length of alignment : 355 # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA # ============================================= 1 0.796 0.124 K 1 S 1 S 1 K 44 2 0.835 0.274 A 2 E 2 E 2 K 45 3 0.444 0.174 P 3 P 3 P 3 L 46 4 0.252 0.129 V 4 I 4 I 4 V 47 5 0.250 0.040 R 5 R 5 R 5 N 48 6 0.226 0.083 V 6 V 6 V 6 I 49 7 0.230 0.105 A 7 L 7 L 7 A 50 8 0.274 0.087 * V 8 V 8 V 8 V 51 9 0.281 0.112 T 9 T 9 T 9 S 52 10 0.451 0.052 * G 10 G 10 G 10 G 53 11 0.355 0.069 * A 11 A 11 A 11 A 54 12 0.422 0.075 * A 12 A 12 A 12 A 55 13 0.405 0.088 * G 13 G 13 G 13 G 56 14 0.460 0.209 Q 14 Q 14 Q 14 M 57 15 0.409 0.152 * I 15 I 15 I 15 I 58 16 0.302 0.101 G 16 A 16 A 16 S 59 17 0.290 0.119 Y 17 Y 17 Y 17 N 60 18 0.537 0.324 S 18 S 18 S 18 H 61 19 0.302 0.128 * L 19 L 19 L 19 L 62 20 0.293 0.104 * L 20 L 20 L 20 L 63 21 0.450 0.049 F 21 Y 21 Y 21 F 64 22 0.328 0.088 R 22 S 22 S 22 K 65 23 0.253 0.091 I 23 I 23 I 23 L 66 24 0.243 0.080 A 24 G 24 G 24 A 67 25 0.368 0.193 A 25 N 25 N 25 S 68 26 0.293 0.112 * G 26 G 26 G 26 G 69 27 0.513 0.245 E 27 S 27 S 27 E 70 28 0.393 0.224 M 28 V 28 V 28 V 71 29 0.406 0.078 L 29 F 29 F 29 F 72 30 0.482 0.155 * G 30 G 30 G 30 G 73 31 0.351 0.178 K 31 K 31 K 31 Q 74 32 0.477 0.161 * D 32 D 32 D 32 D 75 33 0.239 0.009 * Q 33 Q 33 Q 33 Q 76 34 0.315 0.120 * P 34 P 34 P 34 P 77 35 0.299 0.083 V 35 I 35 I 35 I 78 36 0.451 0.036 I 36 I 36 I 36 A 79 37 0.340 0.095 * L 37 L 37 L 37 L 80 38 0.306 0.118 Q 38 V 38 V 38 K 81 39 0.271 0.048 * L 39 L 39 L 39 L 82 40 0.230 0.075 * L 40 L 40 L 40 L 83 41 0.273 0.158 E 41 D 41 D 41 G 84 42 0.782 0.121 I 42 I 42 I 42 S 85 43 0.944 0.181 P 43 T 43 T 43 E 86 44 1.324 0.411 Q 44 P 44 P 44 R 87 45 0.874 0.157 A 45 M 45 M 45 S 88 46 0.909 0.156 M 46 M 46 M 46 F 89 47 0.861 0.075 K 47 G 47 G 47 Q 90 48 0.647 0.175 A 48 V 48 V 48 A 91 49 0.821 0.095 * L 49 L 49 L 49 L 92 50 0.828 0.104 E 50 D 50 D 50 E 93 51 0.597 0.197 * G 51 G 51 G 51 G 94 52 0.512 0.056 * V 52 V 52 V 52 V 95 53 0.778 0.110 V 53 L 53 L 53 A 96 54 0.818 0.257 * M 54 M 54 M 54 M 97 55 0.555 0.177 * E 55 E 55 E 55 E 98 56 0.573 0.168 * L 56 L 56 L 56 L 99 57 1.044 0.218 E 57 Q 57 Q 57 E 100 58 1.058 0.231 * D 58 D 58 D 58 D 101 59 0.908 0.288 C 59 C 59 C 59 S 102 60 1.283 0.259 A 60 A 60 A 60 L 103 61 0.417 0.028 F 61 L 61 L 61 Y 104 62 0.497 0.157 * P 62 P 62 P 62 P 105 63 0.236 0.078 * L 63 L 63 L 63 L 106 64 0.243 0.080 * L 64 L 64 L 64 L 107 65 0.355 0.151 A 65 K 65 K 65 R 108 66 0.436 0.059 G 66 D 66 D 66 E 109 67 0.328 0.043 L 67 V 67 V 67 V 110 68 0.233 0.106 E 68 I 68 I 68 S 111 69 0.426 0.189 A 69 A 69 A 69 I 112 70 0.451 0.210 T 70 T 70 T 70 G 113 71 0.600 0.250 D 71 D 71 D 71 I 114 72 0.967 0.377 D 72 K 72 K 72 D 115 73 1.123 0.238 P 73 E 73 E 73 P 116 74 1.322 0.239 D 74 E 74 E 74 Y 117 75 0.794 0.304 V 75 I 75 I 75 E 118 76 0.436 0.123 A 76 A 76 A 76 V 119 77 0.523 0.127 * F 77 F 77 F 77 F 120 78 0.322 0.192 K 78 K 78 K 78 E 121 79 0.298 0.064 * D 79 D 79 D 79 D 122 80 0.357 0.122 A 80 L 80 L 80 V 123 81 0.253 0.103 * D 81 D 81 D 81 D 124 82 0.284 0.100 Y 82 V 82 V 82 W 125 83 0.298 0.108 * A 83 A 83 A 83 A 126 84 0.245 0.124 L 84 I 84 I 84 L 127 85 0.204 0.061 * L 85 L 85 L 85 L 128 86 0.255 0.041 V 86 V 86 V 86 I 129 87 0.488 0.105 * G 87 G 87 G 87 G 130 88 0.598 0.160 A 88 S 88 S 88 A 131 # ============================================= 89 1.082 0.389 P 90 M 89 M 89 K 132 # ============================================= 90 1.433 0.483 R 97 L 100 D 99 R 140 # ============================================= 91 1.328 0.424 * L 100 L 101 L 100 L 143 # ============================================= 92 1.153 0.189 V 103 A 103 A 103 I 146 93 0.540 0.178 * N 104 N 104 N 104 N 147 94 0.863 0.384 G 105 V 105 V 105 G 148 95 0.659 0.300 K 106 K 106 K 106 Q 149 96 0.321 0.062 * I 107 I 107 I 107 I 150 97 0.273 0.078 * F 108 F 108 F 108 F 151 98 0.362 0.195 T 109 K 109 K 109 A 152 99 0.313 0.172 E 110 C 110 C 110 D 153 100 0.172 0.041 * Q 111 Q 111 Q 111 Q 154 101 0.258 0.106 * G 112 G 112 G 112 G 155 102 0.316 0.154 R 113 A 113 A 113 K 156 103 0.280 0.076 * A 114 A 114 A 114 A 157 104 0.247 0.085 * L 115 L 115 L 115 L 158 105 0.273 0.109 A 116 D 116 D 116 N 159 106 0.260 0.096 E 117 K 117 K 117 A 160 107 0.221 0.097 V 118 Y 118 Y 118 V 161 108 0.283 0.044 * A 119 A 119 A 119 A 162 109 0.412 0.043 K 120 K 120 K 120 S 163 110 0.257 0.034 * K 121 K 121 K 121 K 164 111 0.430 0.065 D 122 S 122 S 122 N 165 112 0.242 0.113 * V 123 V 123 V 123 V 166 113 0.290 0.114 * K 124 K 124 K 124 K 167 114 0.359 0.125 * V 125 V 125 V 125 V 168 115 0.309 0.109 L 126 I 126 I 126 L 169 116 0.346 0.101 * V 127 V 127 V 127 V 170 117 0.383 0.074 * V 128 V 128 V 128 V 171 118 0.363 0.134 * G 129 G 129 G 129 G 172 119 0.389 0.084 * N 130 N 130 N 130 N 173 120 0.372 0.078 * P 131 P 131 P 131 P 174 121 0.323 0.072 A 132 A 132 A 132 C 175 122 0.270 0.141 * N 133 N 133 N 133 N 176 123 0.265 0.125 * T 134 T 134 T 134 T 177 124 0.195 0.101 * N 135 N 135 N 135 N 178 125 0.174 0.018 A 136 C 136 C 136 A 179 126 0.267 0.146 * L 137 L 137 L 137 L 180 127 0.284 0.134 I 138 T 138 T 138 I 181 128 0.176 0.071 A 139 A 139 A 139 C 182 129 0.244 0.055 Y 140 S 140 S 140 L 183 130 0.320 0.157 * K 141 K 141 K 141 K 184 131 0.358 0.218 N 142 S 142 S 142 N 185 132 0.382 0.222 * A 143 A 143 A 143 A 186 133 0.752 0.393 * P 144 P 144 P 144 P 187 134 0.314 0.175 G 145 S 145 S 145 D 188 135 0.256 0.082 L 146 I 146 I 146 I 189 136 0.327 0.033 N 147 P 147 P 147 P 190 137 0.442 0.120 P 148 K 148 K 148 A 191 138 0.500 0.294 R 149 E 149 E 149 K 192 139 0.429 0.123 * N 150 N 150 N 150 N 193 140 0.430 0.111 * F 151 F 151 F 151 F 194 141 0.455 0.144 T 152 S 152 S 152 H 195 142 0.471 0.187 A 153 C 153 C 153 A 196 143 0.182 0.106 M 154 L 154 L 154 L 197 144 0.346 0.093 * T 155 T 155 T 155 T 198 145 0.205 0.056 * R 156 R 156 R 156 R 199 146 0.342 0.074 * L 157 L 157 L 157 L 200 147 0.444 0.087 * D 158 D 158 D 158 D 201 148 0.320 0.056 H 159 H 159 H 159 E 202 149 0.365 0.032 * N 160 N 160 N 160 N 203 150 0.609 0.115 * R 161 R 161 R 161 R 204 151 0.399 0.070 * A 162 A 162 A 162 A 205 152 0.323 0.128 * K 163 K 163 K 163 K 206 153 0.589 0.123 A 164 A 164 A 164 C 207 154 0.555 0.204 * Q 165 Q 165 Q 165 Q 208 155 0.408 0.105 L 166 I 166 I 166 L 209 156 0.696 0.167 * A 167 A 167 A 167 A 210 157 0.838 0.136 K 168 L 168 L 168 L 211 158 0.664 0.129 * K 169 K 169 K 169 K 212 159 0.788 0.115 T 170 L 170 L 170 A 213 160 1.041 0.123 * G 171 G 171 G 171 G 214 161 0.867 0.150 T 172 V 172 V 172 V 215 162 0.888 0.241 G 173 T 173 T 173 F 216 163 0.792 0.187 V 174 S 174 S 174 Y 217 164 0.693 0.198 * D 175 D 175 D 175 D 218 165 0.738 0.350 R 176 D 176 D 176 K 219 166 0.570 0.314 I 177 V 177 V 177 V 220 167 0.569 0.282 R 178 K 178 K 178 S 221 168 0.343 0.231 R 179 N 179 N 179 N 222 169 0.577 0.175 M 180 V 180 V 180 V 223 170 0.488 0.079 T 181 I 181 I 181 T 224 171 0.419 0.125 V 182 I 182 I 182 I 225 172 0.357 0.104 * W 183 W 183 W 183 W 226 173 0.409 0.093 * G 184 G 184 G 184 G 227 174 0.350 0.117 * N 185 N 185 N 185 N 228 175 0.336 0.052 * H 186 H 186 H 186 H 229 176 0.400 0.124 * S 187 S 187 S 187 S 230 177 0.320 0.057 S 188 S 188 S 188 T 231 178 0.335 0.159 * T 189 T 189 T 189 T 232 179 0.435 0.150 M 190 Q 190 Q 190 Q 233 180 0.382 0.112 F 191 Y 191 Y 191 V 234 181 0.340 0.178 * P 192 P 192 P 192 P 235 182 0.411 0.189 * D 193 D 193 D 193 D 236 183 0.598 0.154 L 194 V 194 V 194 F 237 184 0.451 0.187 F 195 N 195 N 195 L 238 185 0.554 0.340 H 196 H 196 H 196 N 239 186 0.559 0.362 * A 197 A 197 A 197 A 240 187 0.518 0.270 E 198 K 198 K 198 K 241 188 0.387 0.149 V 199 V 199 V 199 I 242 189 0.932 0.257 D 200 K 200 K 200 D 243 # ============================================= 190 1.445 0.548 G 205 E 205 E 205 G 244 191 1.015 0.374 R 206 V 206 V 206 R 245 192 0.763 0.145 P 207 G 207 G 207 P 246 193 0.580 0.023 A 208 V 208 V 208 V 247 194 0.670 0.118 L 209 Y 209 Y 209 K 248 195 0.737 0.278 * E 210 E 210 E 210 E 249 196 0.507 0.223 L 211 A 211 A 211 V 250 197 0.641 0.199 V 212 V 212 V 212 I 251 # ============================================= 198 0.988 0.482 D 214 D 214 D 214 R 253 199 0.577 0.371 M 215 D 215 D 215 T 254 200 0.778 0.081 E 216 S 216 S 216 K 255 201 0.683 0.337 * W 217 W 217 W 217 W 256 202 0.409 0.053 Y 218 L 218 L 218 L 257 203 0.865 0.302 E 219 K 219 K 219 E 258 204 1.016 0.567 K 220 G 220 G 220 E 259 205 0.971 0.395 V 221 E 221 E 221 E 260 206 0.626 0.150 * F 222 F 222 F 222 F 261 207 0.675 0.088 I 223 I 223 I 223 T 262 208 0.858 0.081 P 224 T 224 T 224 I 263 209 0.983 0.136 * T 225 T 225 T 225 T 264 210 0.843 0.023 * V 226 V 226 V 226 V 265 211 1.111 0.117 A 227 Q 227 Q 227 Q 266 212 1.493 0.222 Q 228 Q 228 Q 228 K 267 213 1.400 0.240 * R 229 R 229 R 229 R 268 214 1.554 0.312 * G 230 G 230 G 230 G 269 # ============================================= 215 0.495 0.178 A 231 A 232 A 232 G 270 # ============================================= 216 1.637 0.213 I 234 V 233 V 233 I 273 # ============================================= 217 1.042 0.313 Q 235 A 236 A 236 Q 274 # ============================================= 218 1.249 0.313 G 238 R 237 R 237 G 277 # ============================================= 219 1.844 0.225 A 239 L 239 L 239 R 278 220 1.723 0.275 * S 240 S 240 S 240 S 279 221 1.456 0.406 * S 241 S 241 S 241 S 280 222 0.606 0.235 * A 242 A 242 A 242 A 281 223 0.589 0.223 A 243 M 243 M 243 A 282 224 0.709 0.246 * S 244 S 244 S 244 S 283 225 0.527 0.269 A 245 A 245 A 245 T 284 226 0.349 0.193 * A 246 A 246 A 246 A 285 227 0.363 0.128 N 247 K 247 K 247 V 286 228 0.314 0.159 A 248 A 248 A 248 S 287 229 0.308 0.155 A 249 I 249 I 249 I 288 230 0.264 0.136 I 250 C 250 C 250 A 289 231 0.267 0.117 E 251 D 251 D 251 D 290 232 0.212 0.109 H 252 H 252 H 252 A 291 233 0.301 0.179 I 253 V 253 V 253 I 292 234 0.372 0.217 R 254 R 254 R 254 K 293 235 0.384 0.160 D 255 D 255 D 255 S 294 236 0.448 0.101 W 256 I 256 I 256 L 295 237 0.726 0.282 A 257 W 257 W 257 V 296 238 0.707 0.388 L 258 F 258 F 258 T 297 239 1.054 0.568 G 259 G 259 G 259 P 298 240 0.646 0.336 * T 260 T 260 T 260 T 299 241 0.663 0.336 * P 261 P 261 P 261 P 300 242 0.780 0.388 * E 262 E 262 E 262 E 301 243 0.742 0.443 * G 263 G 263 G 263 G 302 244 0.498 0.171 D 264 E 264 E 264 D 303 245 0.341 0.149 W 265 F 265 F 265 W 304 246 0.325 0.076 V 266 V 266 V 266 F 305 247 0.249 0.052 * S 267 S 267 S 267 S 306 248 0.352 0.127 M 268 M 268 M 268 T 307 249 0.350 0.137 A 269 G 269 G 269 G 308 250 0.319 0.167 V 270 I 270 I 270 V 309 251 0.331 0.105 P 271 I 271 I 271 Y 310 252 0.268 0.028 S 272 S 272 S 272 T 311 253 0.612 0.396 Q 273 D 273 D 273 T 312 254 1.563 0.926 * G 274 G 274 G 274 G 313 255 0.770 0.395 E 275 N 275 N 275 N 314 # ============================================= 256 0.492 0.172 * Y 277 Y 277 Y 277 Y 316 257 0.797 0.153 * G 278 G 278 G 278 G 317 258 0.347 0.162 I 279 V 279 V 279 I 318 259 0.451 0.061 P 280 P 280 P 280 A 319 260 0.429 0.063 E 281 D 281 D 281 E 320 261 0.563 0.252 G 282 D 282 D 282 D 321 262 0.617 0.169 I 283 L 283 L 283 I 322 263 0.301 0.151 V 284 L 284 L 284 V 323 264 0.270 0.091 Y 285 Y 285 Y 285 F 324 265 0.340 0.097 * S 286 S 286 S 286 S 325 266 0.315 0.123 F 287 F 287 F 287 M 326 267 0.313 0.086 * P 288 P 288 P 288 P 327 268 0.341 0.081 V 289 V 289 V 289 C 328 269 0.359 0.034 T 290 T 290 T 290 R 329 270 0.329 0.131 A 291 I 291 I 291 S 330 271 0.675 0.097 * K 292 K 292 K 292 K 331 # ============================================= 272 1.173 0.169 * D 293 D 293 D 293 D 333 273 0.865 0.375 G 294 K 294 K 294 G 334 274 0.857 0.422 A 295 T 295 T 295 D 335 275 0.459 0.081 Y 296 W 296 W 296 Y 336 276 0.394 0.171 R 297 K 297 K 297 E 337 277 0.359 0.090 V 298 I 298 I 298 L 338 278 0.364 0.153 V 299 V 299 V 299 A 339 279 0.622 0.245 E 300 E 300 E 300 T 340 # ============================================= 280 0.823 0.389 L 302 L 302 L 302 V 342 281 0.853 0.420 E 303 P 303 P 303 S 343 282 0.440 0.156 I 304 I 304 I 304 N 344 283 0.444 0.069 N 305 N 305 N 305 D 345 284 0.521 0.073 E 306 D 306 D 306 D 346 285 0.482 0.183 * F 307 F 307 F 307 F 347 286 0.460 0.085 A 308 S 308 S 308 L 348 287 0.567 0.174 R 309 R 309 R 309 W 349 288 0.287 0.082 K 310 E 310 E 310 E 350 289 0.399 0.081 R 311 K 311 K 311 R 351 290 0.397 0.120 M 312 M 312 M 312 I 352 291 0.431 0.115 E 313 D 313 D 313 K 353 292 0.378 0.124 I 314 L 314 L 314 K 354 293 0.400 0.101 T 315 T 315 T 315 S 355 294 0.460 0.150 A 316 A 316 A 316 E 356 295 0.436 0.100 Q 317 K 317 K 317 A 357 296 0.358 0.108 * E 318 E 318 E 318 E 358 297 0.292 0.087 * L 319 L 319 L 319 L 359 298 0.383 0.163 L 320 A 320 A 320 L 360 299 0.395 0.172 D 321 E 321 E 321 A 361 300 0.306 0.069 * E 322 E 322 E 322 E 362 301 0.243 0.110 M 323 K 323 K 323 K 363 302 0.544 0.196 E 324 E 324 E 324 K 364 303 0.523 0.158 Q 325 T 325 T 325 C 365 304 0.778 0.087 V 326 A 326 A 326 V 366 305 0.965 0.265 K 327 F 327 F 327 A 367 # ============================================= 306 1.263 0.265 G 330 S 331 S 331 H 368 # ============================================= # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA # ============================================= 1 0.836 0.118 K 1 S 1 S 1 K 44 2 0.851 0.279 A 2 E 2 E 2 K 45 3 0.482 0.141 P 3 P 3 P 3 L 46 4 0.338 0.159 V 4 I 4 I 4 V 47 5 0.312 0.069 R 5 R 5 R 5 N 48 6 0.171 0.076 V 6 V 6 V 6 I 49 7 0.232 0.086 A 7 L 7 L 7 A 50 8 0.289 0.049 * V 8 V 8 V 8 V 51 9 0.176 0.103 T 9 T 9 T 9 S 52 10 0.319 0.109 * G 10 G 10 G 10 G 53 11 0.283 0.024 * A 11 A 11 A 11 A 54 12 0.340 0.010 * A 12 A 12 A 12 A 55 13 0.307 0.134 * G 13 G 13 G 13 G 56 14 0.343 0.211 Q 14 Q 14 Q 14 M 57 15 0.316 0.169 * I 15 I 15 I 15 I 58 16 0.259 0.107 G 16 A 16 A 16 S 59 17 0.233 0.142 Y 17 Y 17 Y 17 N 60 18 0.497 0.314 S 18 S 18 S 18 H 61 19 0.335 0.104 * L 19 L 19 L 19 L 62 20 0.320 0.093 * L 20 L 20 L 20 L 63 21 0.443 0.037 F 21 Y 21 Y 21 F 64 22 0.285 0.098 R 22 S 22 S 22 K 65 23 0.247 0.077 I 23 I 23 I 23 L 66 24 0.216 0.074 A 24 G 24 G 24 A 67 25 0.344 0.152 A 25 N 25 N 25 S 68 26 0.304 0.111 * G 26 G 26 G 26 G 69 27 0.553 0.263 E 27 S 27 S 27 E 70 28 0.439 0.238 M 28 V 28 V 28 V 71 29 0.476 0.086 L 29 F 29 F 29 F 72 30 0.580 0.149 * G 30 G 30 G 30 G 73 31 0.361 0.169 K 31 K 31 K 31 Q 74 32 0.521 0.180 * D 32 D 32 D 32 D 75 33 0.305 0.036 * Q 33 Q 33 Q 33 Q 76 34 0.419 0.093 * P 34 P 34 P 34 P 77 35 0.369 0.059 V 35 I 35 I 35 I 78 36 0.466 0.045 I 36 I 36 I 36 A 79 37 0.259 0.079 * L 37 L 37 L 37 L 80 38 0.285 0.045 Q 38 V 38 V 38 K 81 39 0.246 0.079 * L 39 L 39 L 39 L 82 40 0.202 0.038 * L 40 L 40 L 40 L 83 41 0.237 0.071 E 41 D 41 D 41 G 84 42 0.664 0.116 I 42 I 42 I 42 S 85 43 0.770 0.184 P 43 T 43 T 43 E 86 44 1.175 0.449 Q 44 P 44 P 44 R 87 45 0.736 0.150 A 45 M 45 M 45 S 88 46 0.783 0.170 M 46 M 46 M 46 F 89 47 0.768 0.088 K 47 G 47 G 47 Q 90 48 0.590 0.206 A 48 V 48 V 48 A 91 49 0.758 0.132 * L 49 L 49 L 49 L 92 50 0.780 0.118 E 50 D 50 D 50 E 93 51 0.590 0.204 * G 51 G 51 G 51 G 94 52 0.508 0.074 * V 52 V 52 V 52 V 95 53 0.756 0.112 V 53 L 53 L 53 A 96 54 0.816 0.230 * M 54 M 54 M 54 M 97 55 0.569 0.146 * E 55 E 55 E 55 E 98 56 0.556 0.135 * L 56 L 56 L 56 L 99 57 0.999 0.188 E 57 Q 57 Q 57 E 100 58 1.024 0.195 * D 58 D 58 D 58 D 101 59 0.854 0.262 C 59 C 59 C 59 S 102 60 1.190 0.245 A 60 A 60 A 60 L 103 61 0.359 0.039 F 61 L 61 L 61 Y 104 62 0.540 0.197 * P 62 P 62 P 62 P 105 63 0.299 0.085 * L 63 L 63 L 63 L 106 64 0.330 0.086 * L 64 L 64 L 64 L 107 65 0.424 0.159 A 65 K 65 K 65 R 108 66 0.484 0.053 G 66 D 66 D 66 E 109 67 0.366 0.063 L 67 V 67 V 67 V 110 68 0.190 0.076 E 68 I 68 I 68 S 111 69 0.406 0.185 A 69 A 69 A 69 I 112 70 0.381 0.148 T 70 T 70 T 70 G 113 71 0.482 0.232 D 71 D 71 D 71 I 114 72 0.838 0.360 D 72 K 72 K 72 D 115 73 1.008 0.226 P 73 E 73 E 73 P 116 74 1.198 0.210 D 74 E 74 E 74 Y 117 75 0.658 0.288 V 75 I 75 I 75 E 118 76 0.416 0.126 A 76 A 76 A 76 V 119 77 0.544 0.108 * F 77 F 77 F 77 F 120 78 0.369 0.165 K 78 K 78 K 78 E 121 79 0.356 0.070 * D 79 D 79 D 79 D 122 80 0.312 0.109 A 80 L 80 L 80 V 123 81 0.185 0.053 * D 81 D 81 D 81 D 124 82 0.216 0.042 Y 82 V 82 V 82 W 125 83 0.209 0.049 * A 83 A 83 A 83 A 126 84 0.167 0.075 L 84 I 84 I 84 L 127 85 0.126 0.040 * L 85 L 85 L 85 L 128 86 0.163 0.054 V 86 V 86 V 86 I 129 87 0.349 0.027 * G 87 G 87 G 87 G 130 88 0.610 0.174 A 88 S 88 S 88 A 131 # ============================================= 89 1.383 0.320 P 90 M 89 M 89 P 133 # ============================================= 90 1.481 0.649 R 97 L 100 D 99 R 140 # ============================================= 91 1.160 0.416 L 101 K 102 K 102 L 144 # ============================================= 92 1.456 0.284 V 103 A 103 A 103 I 146 93 0.776 0.235 * N 104 N 104 N 104 N 147 94 1.083 0.431 G 105 V 105 V 105 G 148 95 0.840 0.344 K 106 K 106 K 106 Q 149 96 0.407 0.072 * I 107 I 107 I 107 I 150 97 0.380 0.101 * F 108 F 108 F 108 F 151 98 0.536 0.252 T 109 K 109 K 109 A 152 99 0.472 0.221 E 110 C 110 C 110 D 153 100 0.211 0.024 * Q 111 Q 111 Q 111 Q 154 101 0.183 0.091 * G 112 G 112 G 112 G 155 102 0.355 0.105 R 113 A 113 A 113 K 156 103 0.348 0.103 * A 114 A 114 A 114 A 157 104 0.249 0.041 * L 115 L 115 L 115 L 158 105 0.348 0.082 A 116 D 116 D 116 N 159 106 0.358 0.110 E 117 K 117 K 117 A 160 107 0.363 0.093 V 118 Y 118 Y 118 V 161 108 0.250 0.084 * A 119 A 119 A 119 A 162 109 0.418 0.073 K 120 K 120 K 120 S 163 110 0.360 0.073 * K 121 K 121 K 121 K 164 111 0.369 0.041 D 122 S 122 S 122 N 165 112 0.194 0.063 * V 123 V 123 V 123 V 166 113 0.236 0.082 * K 124 K 124 K 124 K 167 114 0.265 0.091 * V 125 V 125 V 125 V 168 115 0.224 0.083 L 126 I 126 I 126 L 169 116 0.234 0.071 * V 127 V 127 V 127 V 170 117 0.272 0.050 * V 128 V 128 V 128 V 171 118 0.287 0.064 * G 129 G 129 G 129 G 172 119 0.353 0.071 * N 130 N 130 N 130 N 173 120 0.406 0.068 * P 131 P 131 P 131 P 174 121 0.381 0.145 A 132 A 132 A 132 C 175 122 0.262 0.061 * N 133 N 133 N 133 N 176 123 0.259 0.034 * T 134 T 134 T 134 T 177 124 0.212 0.066 * N 135 N 135 N 135 N 178 125 0.217 0.079 A 136 C 136 C 136 A 179 126 0.262 0.141 * L 137 L 137 L 137 L 180 127 0.307 0.098 I 138 T 138 T 138 I 181 128 0.156 0.068 A 139 A 139 A 139 C 182 129 0.212 0.110 Y 140 S 140 S 140 L 183 130 0.221 0.090 * K 141 K 141 K 141 K 184 131 0.225 0.096 N 142 S 142 S 142 N 185 132 0.318 0.156 * A 143 A 143 A 143 A 186 133 0.756 0.417 * P 144 P 144 P 144 P 187 134 0.246 0.174 G 145 S 145 S 145 D 188 135 0.232 0.109 L 146 I 146 I 146 I 189 136 0.248 0.067 N 147 P 147 P 147 P 190 137 0.341 0.196 P 148 K 148 K 148 A 191 138 0.444 0.260 R 149 E 149 E 149 K 192 139 0.359 0.112 * N 150 N 150 N 150 N 193 140 0.374 0.090 * F 151 F 151 F 151 F 194 141 0.432 0.096 T 152 S 152 S 152 H 195 142 0.402 0.206 A 153 C 153 C 153 A 196 143 0.115 0.049 M 154 L 154 L 154 L 197 144 0.261 0.123 * T 155 T 155 T 155 T 198 145 0.150 0.074 * R 156 R 156 R 156 R 199 146 0.226 0.108 * L 157 L 157 L 157 L 200 147 0.310 0.127 * D 158 D 158 D 158 D 201 148 0.213 0.111 H 159 H 159 H 159 E 202 149 0.223 0.066 * N 160 N 160 N 160 N 203 150 0.408 0.142 * R 161 R 161 R 161 R 204 151 0.228 0.039 * A 162 A 162 A 162 A 205 152 0.145 0.053 * K 163 K 163 K 163 K 206 153 0.378 0.074 A 164 A 164 A 164 C 207 154 0.300 0.116 * Q 165 Q 165 Q 165 Q 208 155 0.278 0.116 L 166 I 166 I 166 L 209 156 0.551 0.156 * A 167 A 167 A 167 A 210 157 0.641 0.146 K 168 L 168 L 168 L 211 158 0.511 0.168 * K 169 K 169 K 169 K 212 159 0.693 0.226 T 170 L 170 L 170 A 213 160 0.919 0.244 * G 171 G 171 G 171 G 214 161 0.774 0.072 T 172 V 172 V 172 V 215 162 0.782 0.136 G 173 T 173 T 173 F 216 163 0.676 0.086 V 174 S 174 S 174 Y 217 164 0.569 0.122 * D 175 D 175 D 175 D 218 165 0.587 0.256 R 176 D 176 D 176 K 219 166 0.401 0.214 I 177 V 177 V 177 V 220 167 0.463 0.205 R 178 K 178 K 178 S 221 168 0.297 0.086 R 179 N 179 N 179 N 222 169 0.447 0.138 M 180 V 180 V 180 V 223 170 0.368 0.106 T 181 I 181 I 181 T 224 171 0.288 0.121 V 182 I 182 I 182 I 225 172 0.267 0.077 * W 183 W 183 W 183 W 226 173 0.324 0.031 * G 184 G 184 G 184 G 227 174 0.320 0.082 * N 185 N 185 N 185 N 228 175 0.294 0.076 * H 186 H 186 H 186 H 229 176 0.361 0.140 * S 187 S 187 S 187 S 230 177 0.264 0.125 S 188 S 188 S 188 T 231 178 0.237 0.131 * T 189 T 189 T 189 T 232 179 0.306 0.126 M 190 Q 190 Q 190 Q 233 180 0.286 0.096 F 191 Y 191 Y 191 V 234 181 0.237 0.042 * P 192 P 192 P 192 P 235 182 0.263 0.111 * D 193 D 193 D 193 D 236 183 0.592 0.194 L 194 V 194 V 194 F 237 184 0.470 0.275 F 195 N 195 N 195 L 238 185 0.593 0.355 H 196 H 196 H 196 N 239 186 0.612 0.364 * A 197 A 197 A 197 A 240 187 0.551 0.291 E 198 K 198 K 198 K 241 188 0.361 0.168 V 199 V 199 V 199 I 242 189 0.814 0.319 D 200 K 200 K 200 D 243 # ============================================= 190 1.332 0.591 G 205 E 205 E 205 G 244 191 0.817 0.459 R 206 V 206 V 206 R 245 192 0.628 0.225 P 207 G 207 G 207 P 246 193 0.445 0.095 A 208 V 208 V 208 V 247 194 0.487 0.191 L 209 Y 209 Y 209 K 248 195 0.548 0.264 * E 210 E 210 E 210 E 249 196 0.623 0.267 L 211 A 211 A 211 V 250 197 0.773 0.324 V 212 V 212 V 212 I 251 # ============================================= 198 0.877 0.536 D 214 D 214 D 214 R 253 199 0.636 0.397 M 215 D 215 D 215 T 254 200 0.487 0.187 E 216 S 216 S 216 K 255 201 0.370 0.229 * W 217 W 217 W 217 W 256 202 0.358 0.127 Y 218 L 218 L 218 L 257 203 0.853 0.368 E 219 K 219 K 219 E 258 204 0.920 0.481 K 220 G 220 G 220 E 259 205 0.694 0.254 V 221 E 221 E 221 E 260 206 0.419 0.036 * F 222 F 222 F 222 F 261 207 0.512 0.139 I 223 I 223 I 223 T 262 208 0.603 0.112 P 224 T 224 T 224 I 263 209 0.704 0.148 * T 225 T 225 T 225 T 264 210 0.629 0.072 * V 226 V 226 V 226 V 265 211 0.926 0.181 A 227 Q 227 Q 227 Q 266 212 1.240 0.279 Q 228 Q 228 Q 228 K 267 213 1.155 0.301 * R 229 R 229 R 229 R 268 214 1.343 0.363 * G 230 G 230 G 230 G 269 # ============================================= 215 0.547 0.183 A 231 A 232 A 232 G 270 # ============================================= 216 1.538 0.318 I 233 V 233 V 233 L 272 217 1.814 0.435 * I 234 I 234 I 234 I 273 # ============================================= 218 0.891 0.278 Q 235 A 236 A 236 Q 274 # ============================================= 219 1.187 0.265 G 238 R 237 R 237 G 277 # ============================================= 220 1.616 0.262 A 239 L 239 L 239 R 278 221 1.533 0.335 * S 240 S 240 S 240 S 279 222 1.269 0.445 * S 241 S 241 S 241 S 280 223 0.486 0.263 * A 242 A 242 A 242 A 281 224 0.533 0.191 A 243 M 243 M 243 A 282 225 0.596 0.246 * S 244 S 244 S 244 S 283 226 0.435 0.259 A 245 A 245 A 245 T 284 227 0.338 0.159 * A 246 A 246 A 246 A 285 228 0.341 0.135 N 247 K 247 K 247 V 286 229 0.302 0.155 A 248 A 248 A 248 S 287 230 0.326 0.159 A 249 I 249 I 249 I 288 231 0.300 0.171 I 250 C 250 C 250 A 289 232 0.278 0.140 E 251 D 251 D 251 D 290 233 0.251 0.112 H 252 H 252 H 252 A 291 234 0.345 0.204 I 253 V 253 V 253 I 292 235 0.416 0.248 R 254 R 254 R 254 K 293 236 0.395 0.188 D 255 D 255 D 255 S 294 237 0.485 0.097 W 256 I 256 I 256 L 295 238 0.777 0.315 A 257 W 257 W 257 V 296 239 0.757 0.417 L 258 F 258 F 258 T 297 240 1.078 0.590 G 259 G 259 G 259 P 298 241 0.638 0.363 * T 260 T 260 T 260 T 299 242 0.724 0.338 * P 261 P 261 P 261 P 300 243 0.812 0.372 * E 262 E 262 E 262 E 301 244 0.731 0.412 * G 263 G 263 G 263 G 302 245 0.479 0.191 D 264 E 264 E 264 D 303 246 0.262 0.093 W 265 F 265 F 265 W 304 247 0.238 0.084 V 266 V 266 V 266 F 305 248 0.166 0.038 * S 267 S 267 S 267 S 306 249 0.300 0.149 M 268 M 268 M 268 T 307 250 0.252 0.134 A 269 G 269 G 269 G 308 251 0.254 0.143 V 270 I 270 I 270 V 309 252 0.340 0.105 P 271 I 271 I 271 Y 310 253 0.360 0.039 S 272 S 272 S 272 T 311 254 0.550 0.333 Q 273 D 273 D 273 T 312 255 1.533 0.953 * G 274 G 274 G 274 G 313 256 0.746 0.372 E 275 N 275 N 275 N 314 # ============================================= 257 0.572 0.110 * Y 277 Y 277 Y 277 Y 316 258 0.919 0.088 * G 278 G 278 G 278 G 317 259 0.410 0.152 I 279 V 279 V 279 I 318 260 0.471 0.110 P 280 P 280 P 280 A 319 261 0.456 0.146 E 281 D 281 D 281 E 320 262 0.585 0.197 G 282 D 282 D 282 D 321 263 0.641 0.167 I 283 L 283 L 283 I 322 264 0.265 0.062 V 284 L 284 L 284 V 323 265 0.155 0.074 Y 285 Y 285 Y 285 F 324 266 0.229 0.078 * S 286 S 286 S 286 S 325 267 0.231 0.098 F 287 F 287 F 287 M 326 268 0.231 0.081 * P 288 P 288 P 288 P 327 269 0.289 0.088 V 289 V 289 V 289 C 328 270 0.309 0.059 T 290 T 290 T 290 R 329 271 0.318 0.133 A 291 I 291 I 291 S 330 272 0.690 0.149 * K 292 K 292 K 292 K 331 # ============================================= 273 1.137 0.142 * D 293 D 293 D 293 D 333 274 0.824 0.351 G 294 K 294 K 294 G 334 275 0.818 0.404 A 295 T 295 T 295 D 335 276 0.426 0.094 Y 296 W 296 W 296 Y 336 277 0.332 0.181 R 297 K 297 K 297 E 337 278 0.343 0.082 V 298 I 298 I 298 L 338 279 0.378 0.099 V 299 V 299 V 299 A 339 280 0.664 0.297 E 300 E 300 E 300 T 340 # ============================================= 281 0.787 0.393 L 302 L 302 L 302 V 342 282 0.817 0.395 E 303 P 303 P 303 S 343 283 0.405 0.097 I 304 I 304 I 304 N 344 284 0.396 0.150 N 305 N 305 N 305 D 345 285 0.409 0.197 E 306 D 306 D 306 D 346 286 0.270 0.062 * F 307 F 307 F 307 F 347 287 0.328 0.133 A 308 S 308 S 308 L 348 288 0.451 0.275 R 309 R 309 R 309 W 349 289 0.200 0.126 K 310 E 310 E 310 E 350 290 0.270 0.117 R 311 K 311 K 311 R 351 291 0.303 0.161 M 312 M 312 M 312 I 352 292 0.308 0.125 E 313 D 313 D 313 K 353 293 0.311 0.140 I 314 L 314 L 314 K 354 294 0.299 0.105 T 315 T 315 T 315 S 355 295 0.276 0.138 A 316 A 316 A 316 E 356 296 0.310 0.077 Q 317 K 317 K 317 A 357 297 0.306 0.104 * E 318 E 318 E 318 E 358 298 0.251 0.141 * L 319 L 319 L 319 L 359 299 0.323 0.082 L 320 A 320 A 320 L 360 300 0.471 0.092 D 321 E 321 E 321 A 361 301 0.416 0.093 * E 322 E 322 E 322 E 362 302 0.333 0.119 M 323 K 323 K 323 K 363 303 0.599 0.188 E 324 E 324 E 324 K 364 304 0.655 0.199 Q 325 T 325 T 325 C 365 305 0.929 0.142 V 326 A 326 A 326 V 366 306 1.032 0.252 K 327 F 327 F 327 A 367 # ============================================= 307 1.163 0.419 G 330 S 331 S 331 H 368 # ============================================= # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA # ============================================= 1 0.840 0.119 K 1 S 1 S 1 K 44 2 0.852 0.277 A 2 E 2 E 2 K 45 3 0.483 0.142 P 3 P 3 P 3 L 46 4 0.338 0.159 V 4 I 4 I 4 V 47 5 0.310 0.070 R 5 R 5 R 5 N 48 6 0.166 0.076 V 6 V 6 V 6 I 49 7 0.241 0.087 A 7 L 7 L 7 A 50 8 0.302 0.057 * V 8 V 8 V 8 V 51 9 0.180 0.100 T 9 T 9 T 9 S 52 10 0.299 0.104 * G 10 G 10 G 10 G 53 11 0.276 0.031 * A 11 A 11 A 11 A 54 12 0.321 0.010 * A 12 A 12 A 12 A 55 13 0.294 0.126 * G 13 G 13 G 13 G 56 14 0.324 0.204 Q 14 Q 14 Q 14 M 57 15 0.299 0.158 * I 15 I 15 I 15 I 58 16 0.253 0.100 G 16 A 16 A 16 S 59 17 0.230 0.134 Y 17 Y 17 Y 17 N 60 18 0.493 0.306 S 18 S 18 S 18 H 61 19 0.340 0.096 * L 19 L 19 L 19 L 62 20 0.333 0.089 * L 20 L 20 L 20 L 63 21 0.459 0.033 F 21 Y 21 Y 21 F 64 22 0.291 0.103 R 22 S 22 S 22 K 65 23 0.246 0.077 I 23 I 23 I 23 L 66 24 0.224 0.068 A 24 G 24 G 24 A 67 25 0.357 0.146 A 25 N 25 N 25 S 68 26 0.318 0.110 * G 26 G 26 G 26 G 69 27 0.566 0.257 E 27 S 27 S 27 E 70 28 0.446 0.233 M 28 V 28 V 28 V 71 29 0.474 0.086 L 29 F 29 F 29 F 72 30 0.588 0.147 * G 30 G 30 G 30 G 73 31 0.362 0.171 K 31 K 31 K 31 Q 74 32 0.515 0.176 * D 32 D 32 D 32 D 75 33 0.303 0.036 * Q 33 Q 33 Q 33 Q 76 34 0.419 0.095 * P 34 P 34 P 34 P 77 35 0.366 0.062 V 35 I 35 I 35 I 78 36 0.459 0.043 I 36 I 36 I 36 A 79 37 0.257 0.079 * L 37 L 37 L 37 L 80 38 0.293 0.046 Q 38 V 38 V 38 K 81 39 0.254 0.077 * L 39 L 39 L 39 L 82 40 0.215 0.038 * L 40 L 40 L 40 L 83 41 0.229 0.054 E 41 D 41 D 41 G 84 42 0.653 0.101 I 42 I 42 I 42 S 85 43 0.761 0.170 P 43 T 43 T 43 E 86 44 1.172 0.441 Q 44 P 44 P 44 R 87 45 0.734 0.138 A 45 M 45 M 45 S 88 46 0.787 0.163 M 46 M 46 M 46 F 89 47 0.774 0.078 K 47 G 47 G 47 Q 90 48 0.600 0.201 A 48 V 48 V 48 A 91 49 0.772 0.135 * L 49 L 49 L 49 L 92 50 0.794 0.124 E 50 D 50 D 50 E 93 51 0.608 0.211 * G 51 G 51 G 51 G 94 52 0.525 0.078 * V 52 V 52 V 52 V 95 53 0.772 0.117 V 53 L 53 L 53 A 96 54 0.837 0.238 * M 54 M 54 M 54 M 97 55 0.593 0.154 * E 55 E 55 E 55 E 98 56 0.574 0.143 * L 56 L 56 L 56 L 99 57 1.016 0.194 E 57 Q 57 Q 57 E 100 58 1.042 0.202 * D 58 D 58 D 58 D 101 59 0.863 0.271 C 59 C 59 C 59 S 102 60 1.199 0.250 A 60 A 60 A 60 L 103 61 0.355 0.035 F 61 L 61 L 61 Y 104 62 0.529 0.198 * P 62 P 62 P 62 P 105 63 0.291 0.086 * L 63 L 63 L 63 L 106 64 0.321 0.089 * L 64 L 64 L 64 L 107 65 0.418 0.158 A 65 K 65 K 65 R 108 66 0.481 0.052 G 66 D 66 D 66 E 109 67 0.371 0.056 L 67 V 67 V 67 V 110 68 0.193 0.075 E 68 I 68 I 68 S 111 69 0.420 0.194 A 69 A 69 A 69 I 112 70 0.388 0.151 T 70 T 70 T 70 G 113 71 0.479 0.230 D 71 D 71 D 71 I 114 72 0.833 0.352 D 72 K 72 K 72 D 115 73 0.994 0.222 P 73 E 73 E 73 P 116 74 1.190 0.204 D 74 E 74 E 74 Y 117 75 0.656 0.289 V 75 I 75 I 75 E 118 76 0.418 0.128 A 76 A 76 A 76 V 119 77 0.539 0.108 * F 77 F 77 F 77 F 120 78 0.376 0.155 K 78 K 78 K 78 E 121 79 0.358 0.070 * D 79 D 79 D 79 D 122 80 0.307 0.107 A 80 L 80 L 80 V 123 81 0.178 0.050 * D 81 D 81 D 81 D 124 82 0.209 0.041 Y 82 V 82 V 82 W 125 83 0.202 0.048 * A 83 A 83 A 83 A 126 84 0.158 0.073 L 84 I 84 I 84 L 127 85 0.118 0.041 * L 85 L 85 L 85 L 128 86 0.145 0.048 V 86 V 86 V 86 I 129 87 0.339 0.029 * G 87 G 87 G 87 G 130 88 0.622 0.176 A 88 S 88 S 88 A 131 # ============================================= 89 1.372 0.311 P 90 M 89 M 89 P 133 # ============================================= 90 1.496 0.660 R 97 L 100 D 99 R 140 # ============================================= 91 1.165 0.405 L 101 K 102 K 102 L 144 # ============================================= 92 1.495 0.274 V 103 A 103 A 103 I 146 93 0.811 0.225 * N 104 N 104 N 104 N 147 94 1.108 0.429 G 105 V 105 V 105 G 148 95 0.866 0.336 K 106 K 106 K 106 Q 149 96 0.432 0.066 * I 107 I 107 I 107 I 150 97 0.405 0.097 * F 108 F 108 F 108 F 151 98 0.561 0.243 T 109 K 109 K 109 A 152 99 0.496 0.210 E 110 C 110 C 110 D 153 100 0.230 0.034 * Q 111 Q 111 Q 111 Q 154 101 0.193 0.099 * G 112 G 112 G 112 G 155 102 0.370 0.101 R 113 A 113 A 113 K 156 103 0.365 0.094 * A 114 A 114 A 114 A 157 104 0.256 0.035 * L 115 L 115 L 115 L 158 105 0.360 0.075 A 116 D 116 D 116 N 159 106 0.379 0.100 E 117 K 117 K 117 A 160 107 0.384 0.086 V 118 Y 118 Y 118 V 161 108 0.246 0.088 * A 119 A 119 A 119 A 162 109 0.416 0.073 K 120 K 120 K 120 S 163 110 0.371 0.072 * K 121 K 121 K 121 K 164 111 0.362 0.045 D 122 S 122 S 122 N 165 112 0.189 0.057 * V 123 V 123 V 123 V 166 113 0.232 0.078 * K 124 K 124 K 124 K 167 114 0.254 0.092 * V 125 V 125 V 125 V 168 115 0.213 0.085 L 126 I 126 I 126 L 169 116 0.223 0.066 * V 127 V 127 V 127 V 170 117 0.263 0.051 * V 128 V 128 V 128 V 171 118 0.294 0.077 * G 129 G 129 G 129 G 172 119 0.363 0.091 * N 130 N 130 N 130 N 173 120 0.420 0.089 * P 131 P 131 P 131 P 174 121 0.395 0.156 A 132 A 132 A 132 C 175 122 0.271 0.064 * N 133 N 133 N 133 N 176 123 0.269 0.047 * T 134 T 134 T 134 T 177 124 0.229 0.078 * N 135 N 135 N 135 N 178 125 0.237 0.084 A 136 C 136 C 136 A 179 126 0.274 0.136 * L 137 L 137 L 137 L 180 127 0.320 0.090 I 138 T 138 T 138 I 181 128 0.174 0.062 A 139 A 139 A 139 C 182 129 0.226 0.121 Y 140 S 140 S 140 L 183 130 0.230 0.078 * K 141 K 141 K 141 K 184 131 0.225 0.096 N 142 S 142 S 142 N 185 132 0.318 0.153 * A 143 A 143 A 143 A 186 133 0.758 0.416 * P 144 P 144 P 144 P 187 134 0.254 0.172 G 145 S 145 S 145 D 188 135 0.231 0.112 L 146 I 146 I 146 I 189 136 0.241 0.067 N 147 P 147 P 147 P 190 137 0.329 0.203 P 148 K 148 K 148 A 191 138 0.443 0.255 R 149 E 149 E 149 K 192 139 0.351 0.108 * N 150 N 150 N 150 N 193 140 0.365 0.093 * F 151 F 151 F 151 F 194 141 0.430 0.093 T 152 S 152 S 152 H 195 142 0.402 0.202 A 153 C 153 C 153 A 196 143 0.114 0.044 M 154 L 154 L 154 L 197 144 0.260 0.121 * T 155 T 155 T 155 T 198 145 0.152 0.070 * R 156 R 156 R 156 R 199 146 0.216 0.104 * L 157 L 157 L 157 L 200 147 0.304 0.124 * D 158 D 158 D 158 D 201 148 0.212 0.111 H 159 H 159 H 159 E 202 149 0.208 0.068 * N 160 N 160 N 160 N 203 150 0.387 0.143 * R 161 R 161 R 161 R 204 151 0.225 0.053 * A 162 A 162 A 162 A 205 152 0.134 0.044 * K 163 K 163 K 163 K 206 153 0.345 0.073 A 164 A 164 A 164 C 207 154 0.269 0.124 * Q 165 Q 165 Q 165 Q 208 155 0.273 0.128 L 166 I 166 I 166 L 209 156 0.528 0.154 * A 167 A 167 A 167 A 210 157 0.609 0.148 K 168 L 168 L 168 L 211 158 0.494 0.182 * K 169 K 169 K 169 K 212 159 0.680 0.235 T 170 L 170 L 170 A 213 160 0.896 0.250 * G 171 G 171 G 171 G 214 161 0.753 0.075 T 172 V 172 V 172 V 215 162 0.765 0.137 G 173 T 173 T 173 F 216 163 0.657 0.086 V 174 S 174 S 174 Y 217 164 0.556 0.123 * D 175 D 175 D 175 D 218 165 0.561 0.255 R 176 D 176 D 176 K 219 166 0.382 0.206 I 177 V 177 V 177 V 220 167 0.458 0.194 R 178 K 178 K 178 S 221 168 0.295 0.068 R 179 N 179 N 179 N 222 169 0.448 0.131 M 180 V 180 V 180 V 223 170 0.371 0.117 T 181 I 181 I 181 T 224 171 0.288 0.132 V 182 I 182 I 182 I 225 172 0.271 0.083 * W 183 W 183 W 183 W 226 173 0.325 0.042 * G 184 G 184 G 184 G 227 174 0.329 0.095 * N 185 N 185 N 185 N 228 175 0.304 0.088 * H 186 H 186 H 186 H 229 176 0.369 0.143 * S 187 S 187 S 187 S 230 177 0.281 0.133 S 188 S 188 S 188 T 231 178 0.256 0.143 * T 189 T 189 T 189 T 232 179 0.313 0.134 M 190 Q 190 Q 190 Q 233 180 0.294 0.111 F 191 Y 191 Y 191 V 234 181 0.238 0.047 * P 192 P 192 P 192 P 235 182 0.263 0.114 * D 193 D 193 D 193 D 236 183 0.604 0.207 L 194 V 194 V 194 F 237 184 0.482 0.292 F 195 N 195 N 195 L 238 185 0.608 0.367 H 196 H 196 H 196 N 239 186 0.628 0.377 * A 197 A 197 A 197 A 240 187 0.565 0.305 E 198 K 198 K 198 K 241 188 0.371 0.174 V 199 V 199 V 199 I 242 189 0.795 0.324 D 200 K 200 K 200 D 243 # ============================================= 190 1.321 0.593 G 205 E 205 E 205 G 244 191 0.799 0.457 R 206 V 206 V 206 R 245 192 0.612 0.232 P 207 G 207 G 207 P 246 193 0.425 0.096 A 208 V 208 V 208 V 247 194 0.462 0.183 L 209 Y 209 Y 209 K 248 195 0.522 0.253 * E 210 E 210 E 210 E 249 196 0.625 0.274 L 211 A 211 A 211 V 250 197 0.772 0.341 V 212 V 212 V 212 I 251 # ============================================= 198 0.870 0.543 D 214 D 214 D 214 R 253 199 0.648 0.389 M 215 D 215 D 215 T 254 200 0.472 0.189 E 216 S 216 S 216 K 255 201 0.363 0.204 * W 217 W 217 W 217 W 256 202 0.362 0.129 Y 218 L 218 L 218 L 257 203 0.853 0.379 E 219 K 219 K 219 E 258 204 0.927 0.476 K 220 G 220 G 220 E 259 205 0.671 0.252 V 221 E 221 E 221 E 260 206 0.405 0.041 * F 222 F 222 F 222 F 261 207 0.509 0.158 I 223 I 223 I 223 T 262 208 0.581 0.117 P 224 T 224 T 224 I 263 209 0.671 0.138 * T 225 T 225 T 225 T 264 210 0.612 0.069 * V 226 V 226 V 226 V 265 211 0.913 0.182 A 227 Q 227 Q 227 Q 266 212 1.211 0.272 Q 228 Q 228 Q 228 K 267 213 1.124 0.293 * R 229 R 229 R 229 R 268 214 1.315 0.355 * G 230 G 230 G 230 G 269 # ============================================= 215 0.560 0.178 A 231 A 232 A 232 G 270 # ============================================= 216 1.497 0.308 I 233 V 233 V 233 L 272 217 1.773 0.425 * I 234 I 234 I 234 I 273 # ============================================= 218 0.868 0.261 Q 235 A 236 A 236 Q 274 # ============================================= 219 1.181 0.249 G 238 R 237 R 237 G 277 # ============================================= 220 1.577 0.254 A 239 L 239 L 239 R 278 221 1.506 0.333 * S 240 S 240 S 240 S 279 222 1.241 0.445 * S 241 S 241 S 241 S 280 223 0.474 0.254 * A 242 A 242 A 242 A 281 224 0.521 0.188 A 243 M 243 M 243 A 282 225 0.577 0.241 * S 244 S 244 S 244 S 283 226 0.418 0.244 A 245 A 245 A 245 T 284 227 0.328 0.151 * A 246 A 246 A 246 A 285 228 0.330 0.133 N 247 K 247 K 247 V 286 229 0.297 0.149 A 248 A 248 A 248 S 287 230 0.326 0.153 A 249 I 249 I 249 I 288 231 0.306 0.167 I 250 C 250 C 250 A 289 232 0.282 0.134 E 251 D 251 D 251 D 290 233 0.257 0.108 H 252 H 252 H 252 A 291 234 0.338 0.206 I 253 V 253 V 253 I 292 235 0.411 0.250 R 254 R 254 R 254 K 293 236 0.397 0.188 D 255 D 255 D 255 S 294 237 0.482 0.099 W 256 I 256 I 256 L 295 238 0.774 0.317 A 257 W 257 W 257 V 296 239 0.761 0.418 L 258 F 258 F 258 T 297 240 1.078 0.586 G 259 G 259 G 259 P 298 241 0.633 0.358 * T 260 T 260 T 260 T 299 242 0.728 0.329 * P 261 P 261 P 261 P 300 243 0.812 0.367 * E 262 E 262 E 262 E 301 244 0.728 0.413 * G 263 G 263 G 263 G 302 245 0.479 0.189 D 264 E 264 E 264 D 303 246 0.271 0.088 W 265 F 265 F 265 W 304 247 0.244 0.088 V 266 V 266 V 266 F 305 248 0.173 0.045 * S 267 S 267 S 267 S 306 249 0.304 0.154 M 268 M 268 M 268 T 307 250 0.251 0.136 A 269 G 269 G 269 G 308 251 0.254 0.141 V 270 I 270 I 270 V 309 252 0.347 0.104 P 271 I 271 I 271 Y 310 253 0.368 0.041 S 272 S 272 S 272 T 311 254 0.547 0.336 Q 273 D 273 D 273 T 312 255 1.531 0.957 * G 274 G 274 G 274 G 313 256 0.747 0.376 E 275 N 275 N 275 N 314 # ============================================= 257 0.577 0.110 * Y 277 Y 277 Y 277 Y 316 258 0.928 0.089 * G 278 G 278 G 278 G 317 259 0.416 0.152 I 279 V 279 V 279 I 318 260 0.469 0.115 P 280 P 280 P 280 A 319 261 0.453 0.153 E 281 D 281 D 281 E 320 262 0.595 0.192 G 282 D 282 D 282 D 321 263 0.650 0.172 I 283 L 283 L 283 I 322 264 0.267 0.055 V 284 L 284 L 284 V 323 265 0.158 0.066 Y 285 Y 285 Y 285 F 324 266 0.228 0.081 * S 286 S 286 S 286 S 325 267 0.233 0.100 F 287 F 287 F 287 M 326 268 0.236 0.086 * P 288 P 288 P 288 P 327 269 0.290 0.094 V 289 V 289 V 289 C 328 270 0.318 0.061 T 290 T 290 T 290 R 329 271 0.319 0.130 A 291 I 291 I 291 S 330 272 0.700 0.148 * K 292 K 292 K 292 K 331 # ============================================= 273 1.144 0.139 * D 293 D 293 D 293 D 333 274 0.824 0.353 G 294 K 294 K 294 G 334 275 0.820 0.403 A 295 T 295 T 295 D 335 276 0.428 0.096 Y 296 W 296 W 296 Y 336 277 0.335 0.179 R 297 K 297 K 297 E 337 278 0.347 0.081 V 298 I 298 I 298 L 338 279 0.382 0.098 V 299 V 299 V 299 A 339 280 0.666 0.297 E 300 E 300 E 300 T 340 # ============================================= 281 0.788 0.395 L 302 L 302 L 302 V 342 282 0.819 0.396 E 303 P 303 P 303 S 343 283 0.406 0.093 I 304 I 304 I 304 N 344 284 0.404 0.158 N 305 N 305 N 305 D 345 285 0.417 0.211 E 306 D 306 D 306 D 346 286 0.273 0.055 * F 307 F 307 F 307 F 347 287 0.333 0.139 A 308 S 308 S 308 L 348 288 0.456 0.277 R 309 R 309 R 309 W 349 289 0.219 0.130 K 310 E 310 E 310 E 350 290 0.273 0.139 R 311 K 311 K 311 R 351 291 0.310 0.168 M 312 M 312 M 312 I 352 292 0.310 0.134 E 313 D 313 D 313 K 353 293 0.320 0.156 I 314 L 314 L 314 K 354 294 0.304 0.116 T 315 T 315 T 315 S 355 295 0.269 0.143 A 316 A 316 A 316 E 356 296 0.312 0.081 Q 317 K 317 K 317 A 357 297 0.321 0.116 * E 318 E 318 E 318 E 358 298 0.269 0.148 * L 319 L 319 L 319 L 359 299 0.341 0.078 L 320 A 320 A 320 L 360 300 0.499 0.088 D 321 E 321 E 321 A 361 301 0.448 0.096 * E 322 E 322 E 322 E 362 302 0.362 0.121 M 323 K 323 K 323 K 363 303 0.629 0.187 E 324 E 324 E 324 K 364 304 0.692 0.193 Q 325 T 325 T 325 C 365 305 0.964 0.142 V 326 A 326 A 326 V 366 306 1.061 0.243 K 327 F 327 F 327 A 367 # ============================================= 307 1.156 0.429 G 330 S 331 S 331 H 368 # ============================================= Least-squares dynamic programming alignment: FIT_ATOMS atoms for alignment : CA Max dist from frw for equivalence : 3.5000 Gap introduction penalty : 0.0000 Gap extension penalty : 1.7500 Numb of residues in framework : 307 COMPARISON OF SEVERAL 3D STRUCTURES: # ALGNMT CODE ATOM FILE 1 1bmdA ./1bmd.pdb 2 4mdhA ./4mdh.pdb 3 5mdhA ./5mdh.pdb 4 7mdhA ./7mdh.pdb Variability at a given position is calculated as: VAR = 1/Nij * sum_ij (feat_i - feat_j) sum runs over all pairs of proteins with residues present. >> Least-squares superposition (FIT) : T Atom types for superposition/RMS (FIT_ATOMS): CA Atom type for position average/variability (DISTANCE_ATOMS[1]): CA Position comparison (FIT_ATOMS): Cutoff for RMS calculation: 3.5000 Upper = RMS, Lower = numb equiv positions 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 1.038 0.979 0.996 4mdhA 310 0.000 0.505 1.221 5mdhA 308 329 0.000 1.183 7mdhA 321 307 307 0.000 Distance comparison (FIT_ATOMS): Cutoff for rms calculation: 3.5000 Upper = Distance RMS, Lower = numb equiv distances 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 0.774 0.755 0.786 4mdhA 47810 0.000 0.375 0.925 5mdhA 47777 53956 0.000 0.906 7mdhA 51633 47388 47412 0.000 >> Sequence comparison: Diag=numb res, Upper=numb equiv res, Lower = % seq ID 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 327 168 168 159 4mdhA 51 333 328 137 5mdhA 51 98 333 137 7mdhA 49 41 41 351 >> Dihedral angle comparison: Alph Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS Alph, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 12.053 11.570 13.322 4mdhA 299 0.000 9.210 14.437 5mdhA 300 324 0.000 13.993 7mdhA 310 297 300 0.000 >> Dihedral angle comparison: Phi Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS Phi , Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 15.460 14.518 14.875 4mdhA 296 0.000 13.707 18.263 5mdhA 299 323 0.000 15.457 7mdhA 311 294 294 0.000 >> Dihedral angle comparison: Psi Cutoff for rms comparison: 15.0000 Upper = RMS Psi , Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 7.418 7.142 7.707 4mdhA 211 0.000 7.268 7.546 5mdhA 223 246 0.000 8.048 7mdhA 234 184 200 0.000 >> Dihedral angle comparison: Omeg Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS Omeg, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 4.906 5.238 4.369 4mdhA 310 0.000 4.755 3.585 5mdhA 310 328 0.000 4.321 7mdhA 321 309 309 0.000 >> Dihedral angle comparison: chi1 Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS chi1, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 21.445 18.038 16.534 4mdhA 166 0.000 19.816 20.187 5mdhA 168 232 0.000 16.511 7mdhA 169 158 165 0.000 >> Dihedral angle comparison: chi2 Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS chi2, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 24.979 21.779 24.006 4mdhA 96 0.000 22.089 26.661 5mdhA 103 147 0.000 20.207 7mdhA 114 95 91 0.000 >> Dihedral angle comparison: chi3 Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS chi3, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 29.373 25.539 33.427 4mdhA 29 0.000 29.748 29.955 5mdhA 33 51 0.000 28.313 7mdhA 39 26 32 0.000 >> Dihedral angle comparison: chi4 Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS chi4, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 32.191 21.295 21.449 4mdhA 11 0.000 24.266 21.035 5mdhA 7 20 0.000 18.541 7mdhA 10 9 9 0.000 >> Dihedral angle comparison: chi5 Cutoff for rms comparison: 60.0000 Upper = RMS chi5, Lower = numb of equiv angles 1bmdA 4mdhA 5mdhA 7mdhA 1bmdA 0.000 0.000 0.000 0.000 4mdhA 0 0.000 0.000 0.000 5mdhA 0 0 0.000 0.000 7mdhA 0 0 0 0.000 >> Ramachandran mainchain class substitution prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz A P B L E U A 1042 5 6 5 0 0 P 12 202 49 1 0 2 B 9 49 379 4 2 0 L 21 1 4 75 0 0 E 0 2 0 0 13 0 U 1 2 0 0 1 2 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT A 1042 16 1058 55.3 0.8 56.2 P 202 64 266 10.7 3.4 14.1 B 379 64 443 20.1 3.4 23.5 L 75 26 101 4.0 1.4 5.4 E 13 2 15 0.7 0.1 0.8 -------------------------------------------- SUMS 1711 172 1883 90.9 9.1 100.0 -------------------------------------------- U 2 4 6 0.1 0.2 0.3 >> Dihedral class substitution: Alph prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 62 8 33 0 2 4 1058 22 0 3 27 25 640 2 4 2 2 1 3 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 62 41 103 3.3 2.2 5.5 2 1058 26 1084 56.2 1.4 57.6 3 640 54 694 34.0 2.9 36.9 -------------------------------------------- SUMS 1760 121 1881 93.6 6.4 100.0 -------------------------------------------- 4 3 5 8 0.2 0.3 0.4 >> Dihedral class substitution: Phi prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 1047 6 98 2 2 15 85 13 0 3 92 6 521 0 4 2 1 0 1 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 1047 106 1153 55.5 5.6 61.2 2 85 28 113 4.5 1.5 6.0 3 521 98 619 27.6 5.2 32.8 -------------------------------------------- SUMS 1653 232 1885 87.7 12.3 100.0 -------------------------------------------- 4 1 3 4 0.1 0.2 0.2 >> Dihedral class substitution: Psi prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 884 48 10 0 2 57 198 32 0 3 14 30 614 0 4 1 0 0 1 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 884 58 942 46.8 3.1 49.9 2 198 89 287 10.5 4.7 15.2 3 614 44 658 32.5 2.3 34.9 -------------------------------------------- SUMS 1696 191 1887 89.9 10.1 100.0 -------------------------------------------- 4 1 1 2 0.1 0.1 0.1 >> Dihedral class substitution: Omeg prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 1881 0 0 0 2 0 6 0 0 3 0 0 0 0 4 1 0 0 1 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 1881 0 1881 99.7 0.0 99.7 2 6 0 6 0.3 0.0 0.3 3 0 0 0 0.0 0.0 0.0 -------------------------------------------- SUMS 1887 0 1887 100.0 0.0 100.0 -------------------------------------------- 4 1 1 2 0.1 0.1 0.1 >> Dihedral class substitution: chi1 prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 657 125 54 45 2 151 279 34 26 3 42 42 58 15 4 63 55 15 228 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 657 224 881 43.0 14.7 57.7 2 279 211 490 18.3 13.8 32.1 3 58 99 157 3.8 6.5 10.3 -------------------------------------------- SUMS 994 534 1528 65.1 34.9 100.0 -------------------------------------------- 4 228 133 361 12.1 7.0 19.1 >> Dihedral class substitution: chi2 prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 496 111 16 126 2 127 139 13 47 3 22 24 29 8 4 124 52 11 544 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 496 253 749 42.8 21.8 64.7 2 139 187 326 12.0 16.1 28.2 3 29 54 83 2.5 4.7 7.2 -------------------------------------------- SUMS 664 494 1158 57.3 42.7 100.0 -------------------------------------------- 4 544 187 731 28.8 9.9 38.7 >> Dihedral class substitution: chi3 prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 197 44 12 99 2 42 36 9 41 3 15 6 4 18 4 91 16 8 1251 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 197 155 352 37.7 29.6 67.3 2 36 92 128 6.9 17.6 24.5 3 4 39 43 0.8 7.5 8.2 -------------------------------------------- SUMS 237 286 523 45.3 54.7 100.0 -------------------------------------------- 4 1251 115 1366 66.2 6.1 72.3 >> Dihedral class substitution: chi4 prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 55 9 12 52 2 12 9 5 10 3 17 3 4 19 4 53 15 15 1599 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 55 73 128 26.6 35.3 61.8 2 9 27 36 4.3 13.0 17.4 3 4 39 43 1.9 18.8 20.8 -------------------------------------------- SUMS 68 139 207 32.9 67.1 100.0 -------------------------------------------- 4 1599 83 1682 84.6 4.4 89.0 >> Dihedral class substitution: chi5 prot 1 --> prot 2; class on vert --> class on horiz 1 2 3 4 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 0 0 0 1889 Summary (% does not count undefined): CODE # ID # NID # TOT % ID % NID % TOT 1 0 0 0 0.0 0.0 0.0 2 0 0 0 0.0 0.0 0.0 3 0 0 0 0.0 0.0 0.0 -------------------------------------------- SUMS 0 0 0 0.0 0.0 0.0 -------------------------------------------- 4 1889 0 1889 100.0 0.0 100.0 >> Detailed comparison: Structure : 2 ./4mdh.pdb Structure : 3 ./5mdh.pdb Structure : 4 ./7mdh.pdb ALN ... alignment position RESID... ... residue numbers 1/2/3 AAA ... amino acid types 1/2/3 MNC ... mainchain classes 1/2/3 ALP... ... dihedral angle classes (alpha,phi,psi,...) ALN RESIDUE_NUMBERS AAA MNC ALP PHI PSI OMG CH1 CH2 CH3 CH4 CH5 --------------------------------------------------------------- 1 ---- ---- 23 --D --U --4 --4 --3 --1 --1 --1 --4 --4 --4 2 ---- ---- 24 --C --B --3 --3 --3 --1 --3 --4 --4 --4 --4 3 ---- ---- 25 --F --B --1 --3 --3 --1 --2 --1 --4 --4 --4 4 ---- ---- 26 --G --E --1 --2 --3 --1 --4 --4 --4 --4 --4 5 ---- ---- 27 --V --A --2 --1 --1 --1 --2 --4 --4 --4 --4 6 ---- ---- 28 --F --A --2 --1 --1 --1 --1 --1 --4 --4 --4 7 ---- ---- 29 --C --B --2 --3 --2 --1 --1 --4 --4 --4 --4 8 ---- ---- 30 --T --A --2 --3 --1 --2 --3 --4 --4 --4 --4 9 ---- ---- 43 --W --E --2 --2 --3 --1 --1 --3 --4 --4 --4 10 1 1 44 SSK UUP 441 441 233 111 221 441 443 441 444 11 2 2 45 EEK BPP 333 311 333 111 212 221 211 442 444 12 3 3 46 PPL PPP 333 111 223 111 222 112 224 444 444 13 4 4 47 IIV BPB 333 333 333 111 222 114 444 444 444 14 5 5 48 RRN BBB 333 333 333 111 121 112 314 314 444 15 6 6 49 VVI BBB 333 333 333 111 111 441 444 444 444 16 7 7 50 LLA BBB 333 333 333 111 224 224 444 444 444 17 8 8 51 VVV BBB 333 333 333 111 111 444 444 444 444 18 9 9 52 TTS PPP 222 133 333 111 221 444 444 444 444 19 10 10 53 GGG LLL 333 222 222 111 444 444 444 444 444 20 11 11 54 AAA AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 21 12 12 55 AAA AAA 222 333 222 111 444 444 444 444 444 22 13 13 56 GGG PPP 133 311 333 111 444 444 444 444 444 23 14 14 57 QQM AAA 222 111 111 111 221 111 112 444 444 24 15 15 58 III AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 25 16 16 59 AAS AAA 222 111 111 111 443 444 444 444 444 26 17 17 60 YYN AAA 222 111 111 111 222 222 444 444 444 27 18 18 61 SSH AAA 222 133 111 111 221 441 444 444 444 28 19 19 62 LLL AAA 222 331 111 111 222 222 444 444 444 29 20 20 63 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 30 21 21 64 YYF AAA 222 111 111 111 221 222 444 444 444 31 22 22 65 SSK AAA 222 111 111 111 221 441 441 442 444 32 23 23 66 IIL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 33 24 24 67 GGA AAA 222 111 211 111 444 444 444 444 444 34 25 25 68 NNS AAA 333 111 111 111 131 114 444 444 444 35 26 26 69 GGG LLL 233 222 222 111 444 444 444 444 444 36 27 27 70 SSE AAA 222 111 221 111 113 441 441 444 444 37 28 28 71 VVV AAA 222 331 111 111 111 444 444 444 444 38 29 29 72 FFF AAA 113 333 212 111 111 211 444 444 444 39 30 30 73 GGG EEE 331 232 333 111 444 444 444 444 444 40 31 31 74 KKQ AAA 222 111 111 111 111 112 111 114 444 41 32 32 75 DDD AAA 222 333 222 111 313 111 444 444 444 42 33 33 76 QQQ BBB 333 333 333 111 222 333 111 444 444 43 34 34 77 PPP PPP 333 111 222 111 232 121 212 444 444 44 35 35 78 III PBB 333 333 333 111 112 121 444 444 444 45 36 36 79 IIA BBB 333 333 333 111 114 114 444 444 444 46 37 37 80 LLL BBB 333 333 333 111 221 211 444 444 444 47 38 38 81 VVK BBB 333 333 333 111 111 442 441 443 444 48 39 39 82 LLL BBB 333 333 333 111 111 121 444 444 444 49 40 40 83 LLL BBB 333 333 333 111 222 222 444 444 444 50 41 41 84 DDG BBB 111 333 333 111 224 214 444 444 444 51 42 42 85 IIS PPP 333 331 333 111 221 114 444 444 444 52 43 43 86 TTE AAA 222 111 111 111 113 442 441 444 444 53 44 44 87 PPR AAA 222 111 111 111 322 113 221 441 444 54 45 45 88 MMS AAA 222 333 222 111 112 224 114 444 444 55 46 46 89 MMF AAA 222 111 111 111 112 222 324 444 444 56 47 47 90 GGQ AAA 222 111 111 111 442 441 441 444 444 57 48 48 91 VVA AAA 222 111 111 111 114 444 444 444 444 58 49 49 92 LLL AAA 222 111 111 111 121 121 444 444 444 59 50 50 93 DDE AAA 222 111 111 111 111 111 441 444 444 60 51 51 94 GGG AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 61 52 52 95 VVV AAA 222 111 111 111 111 444 444 444 444 62 53 53 96 LLA AAA 222 111 111 111 114 114 444 444 444 63 54 54 97 MMM AAA 222 111 111 111 111 111 132 444 444 64 55 55 98 EEE AAA 222 111 111 111 111 111 111 444 444 65 56 56 99 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 66 57 57 100 QQE AAA 222 111 111 111 111 111 111 444 444 67 58 58 101 DDD AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 68 59 59 102 CCS AAA 333 333 221 111 112 444 444 444 444 69 60 60 103 AAL LLL 333 222 322 111 441 441 444 444 444 70 61 61 104 LLY BBP 333 331 333 111 111 111 444 444 444 71 62 62 105 PPP AAA 222 111 111 111 322 211 122 444 444 72 63 63 106 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 73 64 64 107 LLL BBB 333 111 333 111 112 112 444 444 444 74 65 65 108 KKR AAA 112 111 111 111 121 112 112 131 444 75 66 66 109 DDE BBB 333 333 333 111 221 211 441 444 444 76 67 67 110 VVV BBB 333 333 333 111 111 444 444 444 444 77 68 68 111 IIS BBB 333 333 333 111 111 314 444 444 444 78 69 69 112 AAI BBB 333 333 333 111 442 441 444 444 444 79 70 70 113 TTG BBB 333 333 333 111 334 444 444 444 444 80 71 71 114 DDI AAA 222 333 222 111 332 111 444 444 444 81 72 72 115 KKD BBB 333 333 333 111 112 111 114 124 444 82 73 73 116 EEP AAA 222 311 211 111 312 311 112 444 444 83 74 74 117 EEY AAA 222 111 111 111 111 332 114 444 444 84 75 75 118 IIE AAA 222 313 111 111 112 123 441 444 444 85 76 76 119 AAV AAA 222 111 111 111 441 444 444 444 444 86 77 77 120 FFF AAA 333 331 112 111 111 211 444 444 444 87 78 78 121 KKE PPP 111 111 333 111 223 111 211 314 444 88 79 79 122 DDD LLL 333 222 222 111 111 111 444 444 444 89 80 80 123 LLV PPP 333 111 333 111 112 114 444 444 444 90 81 81 124 DDD AAA 222 333 111 111 111 111 444 444 444 91 82 82 125 VVW BBB 333 333 333 111 111 441 444 444 444 92 83 83 126 AAA BBB 333 333 333 111 444 444 444 444 444 93 84 84 127 IIL BBB 333 333 333 111 111 111 444 444 444 94 85 85 128 LLL BBB 333 333 333 111 111 111 444 444 444 95 86 86 129 VVI AAA 222 133 111 111 111 441 444 444 444 96 87 87 130 GGG PPP 223 111 333 111 444 444 444 444 444 97 88 88 131 SSA BBB 133 333 333 111 134 444 444 444 444 98 ---- ---- 132 --K --P --3 --1 --3 --1 --1 --3 --1 --1 --4 99 89 89 133 MMP PBP 331 111 332 111 122 111 222 444 444 100 90 90 ---- PP- PP- 33- 11- 22- 11- 22- 11- 22- 44- 44- 101 91 91 ---- RR- PP- 33- 11- 33- 11- 23- 31- 11- 21- 44- 102 92 92 ---- RR- BB- 11- 33- 33- 11- 33- 11- 11- 22- 44- 103 93 93 ---- DD- PP- 22- 11- 33- 11- 12- 21- 44- 44- 44- 104 94 94 ---- GG- LL- 22- 22- 22- 11- 44- 44- 44- 44- 44- 105 95 95 ---- MM- AB- 23- 33- 13- 11- 31- 31- 32- 44- 44- 106 ---- 96 ---- -E- -P- -3- -1- -3- -1- -1- -1- -1- -4- -4- 107 ---- 97 ---- -R- -A- -2- -1- -1- -1- -1- -1- -1- -3- -4- 108 ---- 98 ---- -K- -A- -2- -1- -1- -1- -1- -2- -1- -3- -4- 109 96 ---- ---- E-- A-- 2-- 3-- 2-- 1-- 1-- 1-- 1-- 4-- 4-- 110 97 ---- ---- R-- A-- 1-- 3-- 1-- 1-- 2-- 1-- 1-- 1-- 4-- 111 98 ---- ---- K-- B-- 3-- 3-- 3-- 1-- 1-- 2-- 1-- 1-- 4-- 112 99 ---- ---- D-- B-- 3-- 3-- 2-- 1-- 1-- 1-- 4-- 4-- 4-- 113 ---- ---- 134 --R --P --3 --1 --3 --1 --2 --1 --1 --1 --4 114 ---- ---- 135 --G --P --1 --1 --3 --1 --4 --4 --4 --4 --4 115 ---- ---- 136 --P --P --1 --1 --2 --1 --2 --1 --2 --4 --4 116 ---- ---- 137 --G --L --3 --2 --2 --1 --4 --4 --4 --4 --4 117 ---- ---- ---- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- 118 ---- ---- ---- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- 119 ---- ---- 138 --M --B --3 --3 --3 --1 --2 --1 --1 --4 --4 120 ---- ---- 139 --E --P --3 --1 --3 --1 --3 --2 --1 --4 --4 121 100 99 140 LDR APA 322 311 231 111 122 113 441 441 444 122 101 100 ---- LL- PL- 32- 13- 31- 11- 21- 11- 44- 44- 44- 123 ---- 101 ---- -L- -A- -2- -1- -1- -1- -2- -3- -4- -4- -4- 124 ---- ---- 141 --A --A --2 --1 --1 --1 --4 --4 --4 --4 --4 125 ---- ---- 142 --A --A --2 --1 --1 --1 --4 --4 --4 --4 --4 126 ---- ---- 143 --L --A --2 --1 --1 --1 --2 --2 --4 --4 --4 127 102 102 144 KKL AAA 222 311 111 111 111 111 114 124 444 128 ---- ---- 145 --D --A --2 --1 --1 --1 --2 --1 --4 --4 --4 129 103 103 146 AAI AAA 222 111 111 111 441 441 444 444 444 130 104 104 147 NNN AAA 222 131 111 111 111 111 444 444 444 131 105 105 148 VVG AAA 222 111 111 111 334 444 444 444 444 132 106 106 149 KKQ AAA 222 111 111 111 122 221 131 234 444 133 107 107 150 III AAA 222 111 111 111 111 121 444 444 444 134 108 108 151 FFF AAA 222 111 111 111 111 122 444 444 444 135 109 109 152 KKA AAA 222 111 111 111 224 114 114 114 444 136 110 110 153 CCD AAA 222 111 111 111 112 441 444 444 444 137 111 111 154 QQQ AAA 222 111 111 111 111 111 212 444 444 138 112 112 155 GGG AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 139 113 113 156 AAK AAA 222 111 111 111 441 441 441 441 444 140 114 114 157 AAA AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 141 115 115 158 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 142 116 116 159 DDN AAA 222 111 111 111 222 112 444 444 444 143 117 117 160 KKA AAA 222 111 111 111 114 114 234 114 444 144 118 118 161 YYV AAA 222 333 111 111 112 114 444 444 444 145 119 119 162 AAA PPP 131 111 333 111 444 444 444 444 444 146 120 120 163 KKS PPP 333 111 333 111 113 114 114 214 444 147 121 121 164 KKK AAA 222 111 111 111 111 322 111 111 444 148 122 122 165 SSN AAA 333 313 122 111 112 441 444 444 444 149 123 123 166 VVV PPP 333 111 333 111 323 444 444 444 444 150 124 124 167 KKK BBB 333 333 333 111 111 222 111 131 444 151 125 125 168 VVV PBB 333 333 333 111 111 444 444 444 444 152 126 126 169 IIL BBB 333 333 333 111 111 322 444 444 444 153 127 127 170 VVV BBB 333 333 333 111 111 444 444 444 444 154 128 128 171 VVV AAA 222 333 111 111 111 444 444 444 444 155 129 129 172 GGG PPP 111 111 333 111 444 444 444 444 444 156 130 130 173 NNN PPP 222 111 333 222 111 121 444 444 444 157 131 131 174 PPP PPP 333 111 222 111 321 212 121 444 444 158 132 132 175 AAC AAA 222 111 111 111 441 444 444 444 444 159 133 133 176 NNN AAA 222 111 111 111 111 222 444 444 444 160 134 134 177 TTT AAA 222 111 111 111 111 444 444 444 444 161 135 135 178 NNN AAA 222 111 111 111 111 121 444 444 444 162 136 136 179 CCA AAA 222 111 111 111 224 444 444 444 444 163 137 137 180 LLL AAA 222 111 111 111 222 222 444 444 444 164 138 138 181 TTI AAA 222 111 111 111 111 441 444 444 444 165 139 139 182 AAC AAA 222 111 111 111 442 444 444 444 444 166 140 140 183 SSL AAA 222 111 111 111 113 443 444 444 444 167 141 141 184 KKK AAA 222 111 111 111 211 112 111 331 444 168 142 142 185 SSN AAA 222 133 222 111 221 441 444 444 444 169 143 143 186 AAA BBB 333 333 222 111 444 444 444 444 444 170 144 144 187 PPP AAA 222 111 111 111 322 111 222 444 444 171 145 145 188 SSD AAA 222 111 122 111 111 441 444 444 444 172 146 146 189 III PBB 333 333 333 111 111 111 444 444 444 173 147 147 190 PPP PPP 333 111 222 111 311 222 211 444 444 174 148 148 191 KKA AAA 222 111 111 111 314 114 114 214 444 175 149 149 192 EEK AAA 222 111 111 111 312 131 111 442 444 176 150 150 193 NNN AAA 222 111 112 111 111 121 444 444 444 177 151 151 194 FFF BBB 333 333 333 111 111 222 444 444 444 178 152 152 195 SSH BBB 333 333 333 111 111 441 444 444 444 179 153 153 196 CCA BBB 333 333 333 111 334 444 444 444 444 180 154 154 197 LLL BBP 333 111 333 111 221 221 444 444 444 181 155 155 198 TTT AAA 222 333 222 111 222 444 444 444 444 182 156 156 199 RRR AAA 222 111 111 111 222 333 111 222 444 183 157 157 200 LLL AAA 222 111 111 111 222 222 444 444 444 184 158 158 201 DDD AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 185 159 159 202 HHE AAA 222 111 111 111 222 221 441 444 444 186 160 160 203 NNN AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 187 161 161 204 RRR AAA 222 111 111 111 111 111 111 111 444 188 162 162 205 AAA AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 189 163 163 206 KKK AAA 222 111 111 111 111 111 133 111 444 190 164 164 207 AAC AAA 222 111 111 111 442 444 444 444 444 191 165 165 208 QQQ AAA 222 111 111 111 111 222 112 444 444 192 166 166 209 IIL AAA 222 111 111 111 111 121 444 444 444 193 167 167 210 AAA AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 194 168 168 211 LLL AAA 222 111 111 111 112 112 444 444 444 195 169 169 212 KKK AAA 222 111 111 111 222 333 111 111 444 196 170 170 213 LLA AAA 333 313 122 111 114 114 444 444 444 197 171 171 214 GGG LLL 332 222 222 111 444 444 444 444 444 198 172 172 215 VVV PPB 333 333 333 111 231 444 444 444 444 199 173 173 216 TTF BPP 333 311 333 111 212 442 444 444 444 200 174 174 217 SSY AAA 222 111 111 111 213 442 444 444 444 201 175 175 218 DDD AAA 222 113 112 111 113 211 444 444 444 202 176 176 219 DDK AAA 222 113 112 111 111 211 443 441 444 203 177 177 220 VVV BPB 333 333 333 111 111 444 444 444 444 204 178 178 221 KKS BBB 222 333 333 111 231 134 214 134 444 205 179 179 222 NNN LLL 333 222 222 111 111 122 444 444 444 206 180 180 223 VVV PPB 333 113 333 111 121 444 444 444 444 207 181 181 224 IIT BBB 333 333 333 111 111 114 444 444 444 208 182 182 225 III BBB 333 333 333 111 111 322 444 444 444 209 183 183 226 WWW BBP 111 333 333 111 111 111 444 444 444 210 184 184 227 GGG EEE 222 222 333 111 444 444 444 444 444 211 185 185 228 NNN PPP 333 113 333 111 222 111 444 444 444 212 186 186 229 HHH BBB 222 111 223 111 222 221 444 444 444 213 187 187 230 SSS BBB 111 333 333 111 211 444 444 444 444 214 188 188 231 SST AAA 222 111 122 111 112 444 444 444 444 215 189 189 232 TTT AAA 233 333 221 111 222 444 444 444 444 216 190 190 233 QQQ PPP 333 111 333 111 333 111 111 444 444 217 191 191 234 YYV BBB 333 333 333 111 221 124 444 444 444 218 192 192 235 PPP BBP 333 111 222 111 331 222 111 444 444 219 193 193 236 DDD BBB 333 331 333 111 222 111 444 444 444 220 194 194 237 VVF AAA 222 333 221 111 223 442 444 444 444 221 195 195 238 NNL AAA 222 111 111 111 112 221 444 444 444 222 196 196 239 HHN AAA 232 333 222 111 111 121 444 444 444 223 197 197 240 AAA PBP 333 131 333 111 444 444 444 444 444 224 198 198 241 KKK BBB 333 333 333 111 111 221 311 131 444 225 199 199 242 VVI BBB 331 333 333 111 321 441 444 444 444 226 200 200 243 KKD BBL 331 332 332 111 212 121 314 134 444 227 201 201 ---- LL- BP- 33- 33- 33- 11- 11- 11- 44- 44- 44- 228 202 202 ---- QQ- AA- 22- 11- 11- 11- 11- 22- 11- 44- 44- 229 203 203 ---- AA- AA- 11- 33- 11- 11- 44- 44- 44- 44- 44- 230 204 204 ---- KK- BB- 11- 33- 33- 11- 32- 11- 12- 12- 44- 231 205 205 244 EEG BBL 332 112 332 111 224 114 114 444 444 232 206 206 245 VVR BBB 133 333 333 111 321 441 442 441 444 233 207 207 246 GGP PPP 333 111 332 111 441 442 441 444 444 234 208 208 247 VVV AAA 222 111 111 111 113 444 444 444 444 235 209 209 248 YYK AAA 222 111 111 111 111 121 443 443 444 236 210 210 249 EEE AAA 222 113 111 111 221 111 111 444 444 237 211 211 250 AAV AAA 222 113 111 111 441 444 444 444 444 238 212 212 251 VVI AAB 333 111 113 111 111 441 444 444 444 239 213 213 252 KKK LLA 222 223 221 111 111 123 111 322 444 240 214 214 253 DDR BBB 333 331 233 111 222 111 441 441 444 241 215 215 254 DDT AAA 222 111 111 111 111 114 444 444 444 242 216 216 255 SSK AAA 222 111 111 111 321 442 441 441 444 243 217 217 256 WWW AAA 222 111 111 111 222 111 444 444 444 244 218 218 257 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 245 219 219 258 KKE AAA 222 331 121 111 111 111 211 214 444 246 220 220 259 GGE AAA 222 333 331 111 441 442 441 444 444 247 221 221 260 EEE AAA 222 111 111 111 221 121 111 444 444 248 222 222 261 FFF AAA 222 111 111 111 222 122 444 444 444 249 223 223 262 IIT AAA 222 111 111 111 113 124 444 444 444 250 224 224 263 TTI AAA 222 111 111 111 111 441 444 444 444 251 225 225 264 TTT AAA 222 111 111 111 112 444 444 444 444 252 226 226 265 VVV AAA 222 111 111 111 111 444 444 444 444 253 227 227 266 QQQ AAA 222 111 111 111 312 111 112 444 444 254 228 228 267 QQK AAA 222 333 212 111 111 222 112 441 444 255 229 229 268 RRR AAA 222 111 111 111 222 333 111 111 444 256 230 230 269 GGG AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 257 231 231 ---- AA- AA- 22- 11- 11- 11- 44- 44- 44- 44- 44- 258 232 232 270 AAG AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 259 ---- ---- 271 --A --A --2 --1 --1 --1 --4 --4 --4 --4 --4 260 233 233 272 VVL AAA 222 111 111 111 111 441 444 444 444 261 234 234 273 III AAA 222 111 111 111 111 112 444 444 444 262 235 235 ---- KK- AA- 22- 11- 11- 11- 22- 12- 21- 13- 44- 263 236 236 274 AAQ AAA 222 111 111 111 443 443 441 444 444 264 ---- ---- 275 --K --A --2 --3 --1 --1 --1 --2 --1 --3 --4 265 ---- ---- 276 --W --A --3 --1 --1 --1 --2 --2 --4 --4 --4 266 237 237 277 RRG AAL 332 112 111 111 114 114 224 314 444 267 238 238 ---- KK- LL- 22- 22- 22- 11- 11- 23- 31- 11- 44- 268 239 239 278 LLR BBB 331 333 333 111 112 211 442 441 444 269 240 240 279 SSS PPP 113 311 333 111 113 444 444 444 444 270 241 241 280 SSS PPA 333 113 332 111 211 444 444 444 444 271 242 242 281 AAA AAA 222 331 111 111 444 444 444 444 444 272 243 243 282 MMA AAA 222 111 111 111 224 114 124 444 444 273 244 244 283 SSS AAA 222 111 111 111 111 444 444 444 444 274 245 245 284 AAT AAA 222 111 111 111 442 444 444 444 444 275 246 246 285 AAA AAA 222 111 111 111 444 444 444 444 444 276 247 247 286 KKV AAA 222 111 111 111 221 324 114 314 444 277 248 248 287 AAS AAA 222 111 111 111 441 444 444 444 444 278 249 249 288 III AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 279 250 250 289 CCA AAA 222 111 111 111 114 444 444 444 444 280 251 251 290 DDD AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 281 252 252 291 HHA AAA 222 111 111 111 224 124 444 444 444 282 253 253 292 VVI AAA 222 111 111 111 111 441 444 444 444 283 254 254 293 RRK AAA 222 111 111 111 221 111 122 131 444 284 255 255 294 DDS AAA 222 111 111 111 112 214 444 444 444 285 256 256 295 IIL AAA 222 113 111 111 111 111 444 444 444 286 257 257 296 WWV AAA 222 113 112 111 222 224 444 444 444 287 258 258 297 FFT AAB 333 333 213 111 111 114 444 444 444 288 259 259 298 GGP EEP 113 221 332 111 441 442 441 444 444 289 260 260 299 TTT PPP 333 131 333 111 221 444 444 444 444 290 261 261 300 PPP PPP 111 111 222 111 331 222 111 444 444 291 262 262 301 EEE PPP 222 111 333 111 231 112 211 444 444 292 263 263 302 GGG LLL 222 222 222 111 444 444 444 444 444 293 264 264 303 EED BBP 333 333 333 111 122 211 114 444 444 294 265 265 304 FFW BBB 333 333 333 111 333 221 444 444 444 295 266 266 305 VVF BBB 333 333 333 111 223 442 444 444 444 296 267 267 306 SSS BBP 333 311 333 111 222 444 444 444 444 297 268 268 307 MMT BBB 333 333 333 111 223 114 334 444 444 298 269 269 308 GGG BBB 333 111 333 111 444 444 444 444 444 299 270 270 309 IIV BBB 111 333 333 111 222 114 444 444 444 300 271 271 310 IIY PPP 333 111 333 111 332 332 444 444 444 301 272 272 311 SST AAA 332 133 122 111 212 444 444 444 444 302 273 273 312 DDT LPA 222 111 331 111 111 114 444 444 444 303 274 274 313 GGG LLA 333 221 222 111 444 444 444 444 444 304 275 275 314 NNN PPP 333 111 333 111 133 122 444 444 444 305 276 276 315 SSP AAA 222 331 221 111 123 442 441 444 444 306 277 277 316 YYY AAA 333 331 222 111 111 111 444 444 444 307 278 278 317 GGG LLL 333 222 222 111 444 444 444 444 444 308 279 279 318 VVI BBP 331 333 333 111 113 442 444 444 444 309 280 280 319 PPA PPP 333 111 223 111 314 224 214 444 444 310 281 281 320 DDE PPP 222 113 333 111 111 111 441 444 444 311 282 282 321 DDD LLL 322 222 222 111 222 211 444 444 444 312 283 283 322 LLI BBB 333 333 333 111 112 111 444 444 444 313 284 284 323 LLV BBB 333 333 333 111 221 114 444 444 444 314 285 285 324 YYF BBB 333 333 333 111 222 111 444 444 444 315 286 286 325 SSS PBB 333 111 333 111 333 444 444 444 444 316 287 287 326 FFM BBB 131 333 333 111 111 211 441 444 444 317 288 288 327 PPP PPP 333 111 222 111 322 111 222 444 444 318 289 289 328 VVC BBB 333 333 333 111 121 444 444 444 444 319 290 290 329 TTR BBB 333 333 333 111 123 441 441 442 444 320 291 291 330 IIS BBB 333 333 333 111 113 114 444 444 444 321 292 292 331 KKK BBA 123 333 332 111 221 211 131 311 444 322 ---- ---- 332 --G --L --2 --2 --2 --1 --4 --4 --4 --4 --4 323 293 293 333 DDD LLA 113 223 222 111 113 111 444 444 444 324 294 294 334 KKG LLL 222 222 222 111 114 114 114 114 444 325 295 295 335 TTD BBP 333 333 333 111 112 441 444 444 444 326 296 296 336 WWY PPB 333 333 333 111 333 221 444 444 444 327 297 297 337 KKE BBB 333 333 333 111 223 111 231 124 444 328 298 298 338 IIL PPP 333 111 333 111 111 113 444 444 444 329 299 299 339 VVA PPB 333 113 333 111 114 444 444 444 444 330 300 300 340 EET BBA 222 333 331 111 112 114 214 444 444 331 ---- ---- 341 --D --A --2 --1 --2 --1 --3 --1 --4 --4 --4 332 301 301 ---- GG- LL- 33- 22- 22- 11- 44- 44- 44- 44- 44- 333 302 302 342 LLV BPB 333 113 333 111 111 114 444 444 444 334 303 303 343 PPS PPB 333 113 223 111 322 114 224 444 444 335 304 304 344 IIN BBB 333 333 333 111 112 321 444 444 444 336 305 305 345 NND PPB 333 113 333 111 133 121 444 444 444 337 306 306 346 DDD AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 338 307 307 347 FFF AAA 222 111 111 111 222 112 444 444 444 339 308 308 348 SSL AAA 222 111 111 111 222 442 444 444 444 340 309 309 349 RRW AAA 222 111 111 111 122 132 124 114 444 341 310 310 350 EEE APA 222 111 131 111 221 222 111 444 444 342 311 311 351 KKR ALA 222 121 111 111 111 121 111 123 444 343 312 312 352 MMI AAA 222 111 111 111 111 111 234 444 444 344 313 313 353 DDK AAA 222 111 111 111 111 112 442 441 444 345 314 314 354 LLK AAA 222 111 111 111 211 211 441 443 444 346 315 315 355 TTS AAA 222 111 111 111 313 444 444 444 444 347 316 316 356 AAE AAA 222 111 111 111 442 441 441 444 444 348 317 317 357 KKA AAA 222 311 111 111 224 114 114 214 444 349 318 318 358 EEE AAA 222 111 111 111 222 111 111 444 444 350 319 319 359 LLL AAA 222 111 111 111 111 111 444 444 444 351 320 320 360 AAL AAA 222 111 111 111 441 442 444 444 444 352 321 321 361 EEA AAA 222 111 111 111 114 114 114 444 444 353 322 322 362 EEE AAA 222 111 111 111 111 111 111 444 444 354 323 323 363 KKK AAA 222 111 111 111 222 111 111 111 444 355 324 324 364 EEK AAA 222 111 111 111 111 111 111 441 444 356 325 325 365 TTC AAA 222 111 111 111 112 444 444 444 444 357 326 326 366 AAV AAA 223 113 112 111 442 444 444 444 444 358 327 327 367 FFA AAA 222 111 211 111 114 114 444 444 444 359 328 328 ---- EE- AA- 22- 31- 11- 11- 22- 11- 21- 44- 44- 360 329 329 ---- FF- AA- 22- 11- 11- 11- 22- 12- 44- 44- 44- 361 330 330 ---- LL- AA- 22- 11- 11- 11- 11- 12- 44- 44- 44- 362 331 331 368 SSH AAA 222 331 211 111 213 443 444 444 444 363 332 332 ---- SS- PA- 44- 31- 31- 11- 32- 44- 44- 44- 44- 364 333 333 ---- AA- UU- 44- 32- 44- 44- 44- 44- 44- 44- 44- 365 ---- ---- 369 --L --A --2 --3 --1 --1 --1 --1 --4 --4 --4 366 ---- ---- 370 --T --A --3 --3 --1 --1 --2 --4 --4 --4 --4 367 ---- ---- 371 --G --L --3 --2 --2 --1 --4 --4 --4 --4 --4 368 ---- ---- 372 --E --A --3 --3 --2 --1 --1 --3 --1 --4 --4 369 ---- ---- 373 --G --E --2 --2 --3 --1 --4 --4 --4 --4 --4 370 ---- ---- 374 --N --P --3 --3 --3 --1 --1 --2 --4 --4 --4 371 ---- ---- 375 --A --B --3 --3 --3 --1 --4 --4 --4 --4 --4 372 ---- ---- 376 --Y --B --3 --3 --3 --1 --2 --2 --4 --4 --4 373 ---- ---- 377 --C --B --3 --3 --3 --1 --1 --4 --4 --4 --4 374 ---- ---- 378 --D --A --3 --3 --2 --1 --2 --1 --4 --4 --4 375 ---- ---- 379 --V --B --3 --3 --3 --1 --2 --4 --4 --4 --4 376 ---- ---- 380 --P --P --3 --1 --2 --1 --2 --1 --2 --4 --4 377 ---- ---- 381 --E --A --2 --1 --1 --1 --1 --2 --1 --4 --4 378 ---- ---- 382 --D --B --2 --1 --3 --1 --1 --1 --4 --4 --4 379 ---- ---- 383 --T --A --3 --3 --1 --1 --3 --4 --4 --4 --4 380 ---- ---- 384 --M --P --4 --1 --3 --1 --2 --3 --2 --4 --4 381 ---- ---- 385 --L --U --4 --1 --4 --4 --1 --1 --4 --4 --4 Sequence identity comparison (ID_TABLE): Diagonal ... number of residues; Upper triangle ... number of identical residues; Lower triangle ... % sequence identity, id/min(length). 1bmdA @14mdhA @25mdhA @27mdhA @2 1bmdA @1 327 168 168 159 4mdhA @2 51 333 328 137 5mdhA @2 51 98 333 137 7mdhA @2 49 41 41 351 Weighted pair-group average clustering based on a distance matrix: .---------------------------------------------------- 1bmdA @1.9 49.0000 | | .--- 4mdhA @2.5 2.0000 | | .---------------------------------------------------------- 5mdhA @2.4 55.0000 | .------------------------------------------------------------ 7mdhA @2.4 +----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+ 57.1200 47.5800 38.0400 28.5000 18.9600 9.4200 -0.1200 52.3500 42.8100 33.2700 23.7300 14.1900 4.6500 Dynamically allocated memory at finish [B,kB,MB]: 12795061 12495.177 12.202 Starting time : 2004/09/15 17:57:44.418 Closing time : 2004/09/15 17:57:51.075 Total CPU time [seconds] : 6.61