MODELLER 7v7, Sep 12, 2004 09:15pm PROTEIN STRUCTURE MODELLING BY SATISFACTION OF SPATIAL RESTRAINTS Copyright(c) 1989-2004 Andrej Sali All Rights Reserved Written by A. Sali with help from B. Webb, M.S. Madhusudhan, M-Y. Shen, M.A. Marti-Renom, N. Eswar, F. Alber, B. Oliva, A. Fiser, R. Sanchez, B. Yerkovich, A. Badretdinov, F. Melo, J.P. Overington, E. Feyfant University of California, San Francisco, USA Rockefeller University, New York, USA Harvard University, Cambridge, USA Imperial Cancer Research Fund, London, UK Birkbeck College, University of London, London, UK Kind, OS, HostName, Kernel, Processor: 4, Linux synth.compbio.ucsf.edu 2.6.8-1.521smp i686 Date and time of compilation : 09/12/2004 21:24:59 Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2004/09/17 18:50:49.542 # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1hms lid # =============================== 1 0.326 0.000 V 1 C 1 2 0.183 0.000 * D 2 D 2 3 0.206 0.000 * A 3 A 3 4 0.172 0.000 * F 4 F 4 5 0.212 0.000 L 5 V 5 6 0.257 0.000 * G 6 G 6 7 0.142 0.000 * T 7 T 7 8 0.145 0.000 * W 8 W 8 9 0.140 0.000 * K 9 K 9 10 0.108 0.000 * L 10 L 10 11 0.230 0.000 * V 11 V 11 12 0.091 0.000 D 12 S 12 13 0.078 0.000 * S 13 S 13 14 0.167 0.000 K 14 E 14 15 0.177 0.000 * N 15 N 15 16 0.282 0.000 * F 16 F 16 17 0.222 0.000 * D 17 D 17 18 0.124 0.000 * D 18 D 18 19 0.310 0.000 * Y 19 Y 19 20 0.317 0.000 * M 20 M 20 21 0.250 0.000 * K 21 K 21 22 0.307 0.000 S 22 E 22 23 0.560 0.000 L 23 V 23 24 0.547 0.000 * G 24 G 24 25 0.497 0.000 * V 25 V 25 26 0.563 0.000 * G 26 G 26 27 0.527 0.000 * F 27 F 27 28 0.680 0.000 * A 28 A 28 29 0.711 0.000 * T 29 T 29 30 0.599 0.000 * R 30 R 30 31 0.679 0.000 Q 31 K 31 32 0.818 0.000 * V 32 V 32 33 0.585 0.000 * A 33 A 33 34 0.474 0.000 S 34 G 34 35 0.770 0.000 * M 35 M 35 36 0.443 0.000 T 36 A 36 37 0.130 0.000 * K 37 K 37 38 0.094 0.000 * P 38 P 38 39 0.191 0.000 T 39 N 39 40 0.203 0.000 T 40 M 40 41 0.156 0.000 * I 41 I 41 42 0.170 0.000 * I 42 I 42 43 0.180 0.000 E 43 S 43 44 0.308 0.000 K 44 V 44 45 0.272 0.000 * N 45 N 45 46 0.293 0.000 * G 46 G 46 47 0.212 0.000 * D 47 D 47 48 0.271 0.000 I 48 L 48 49 0.299 0.000 L 49 V 49 50 0.389 0.000 * T 50 T 50 51 0.353 0.000 L 51 I 51 52 0.247 0.000 K 52 R 52 53 0.180 0.000 T 53 S 53 54 0.149 0.000 H 54 E 54 55 0.101 0.000 * S 55 S 55 56 0.454 0.000 * T 56 T 56 57 0.684 0.000 * F 57 F 57 58 0.593 0.000 * K 58 K 58 59 0.447 0.000 * N 59 N 59 60 0.160 0.000 * T 60 T 60 61 0.233 0.000 * E 61 E 61 62 0.302 0.000 * I 62 I 62 63 0.246 0.000 * S 63 S 63 64 0.171 0.000 * F 64 F 64 65 0.171 0.000 * K 65 K 65 66 0.185 0.000 * L 66 L 66 67 0.276 0.000 * G 67 G 67 68 0.274 0.000 * V 68 V 68 69 0.308 0.000 * E 69 E 69 70 0.221 0.000 * F 70 F 70 71 0.292 0.000 * D 71 D 71 72 0.282 0.000 * E 72 E 72 73 0.278 0.000 T 73 I 73 74 0.248 0.000 * T 74 T 74 75 0.271 0.000 * A 75 A 75 76 0.420 0.000 * D 76 D 76 77 0.344 0.000 * D 77 D 77 78 0.360 0.000 * R 78 R 78 79 0.353 0.000 * K 79 K 79 80 0.339 0.000 * V 80 V 80 81 0.341 0.000 * K 81 K 81 82 0.292 0.000 * S 82 S 82 83 0.258 0.000 * I 83 I 83 84 0.285 0.000 V 84 I 84 85 0.256 0.000 * T 85 T 85 86 0.262 0.000 * L 86 L 86 87 0.323 0.000 * D 87 D 87 88 0.327 0.000 * G 88 G 88 89 0.352 0.000 * G 89 G 89 90 0.310 0.000 K 90 A 90 91 0.282 0.000 * L 91 L 91 92 0.214 0.000 * V 92 V 92 93 0.355 0.000 H 93 Q 93 94 0.334 0.000 L 94 V 94 95 0.218 0.000 * Q 95 Q 95 96 0.292 0.000 * K 96 K 96 97 0.440 0.000 * W 97 W 97 98 0.652 0.000 * D 98 D 98 99 0.599 0.000 * G 99 G 99 100 0.369 0.000 Q 100 K 100 101 0.275 0.000 E 101 S 101 102 0.249 0.000 * T 102 T 102 103 0.342 0.000 * T 103 T 103 104 0.304 0.000 L 104 I 104 105 0.082 0.000 V 105 K 105 106 0.356 0.000 * R 106 R 106 107 0.393 0.000 E 107 K 107 108 0.200 0.000 L 108 R 108 109 0.377 0.000 I 109 D 109 110 0.379 0.000 D 110 G 110 111 0.513 0.000 G 111 D 111 112 0.074 0.000 * K 112 K 112 113 0.103 0.000 * L 113 L 113 114 0.174 0.000 I 114 V 114 115 0.081 0.000 L 115 V 115 116 0.101 0.000 T 116 E 116 117 0.129 0.000 L 117 C 117 118 0.237 0.000 T 118 V 118 119 0.317 0.000 H 119 M 119 120 0.639 0.000 G 120 K 120 121 1.059 0.000 T 121 G 121 122 0.597 0.000 A 122 V 122 123 0.289 0.000 V 123 T 123 124 0.179 0.000 C 124 S 124 125 0.099 0.000 * T 125 T 125 126 0.038 0.000 * R 126 R 126 127 0.116 0.000 T 127 V 127 128 0.135 0.000 * Y 128 Y 128 129 0.125 0.000 * E 129 E 129 130 0.388 0.000 K 130 R 130 131 0.714 0.000 E 131 A 131 # =============================== # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1hms lid # =============================== 1 0.326 0.000 V 1 C 1 2 0.183 0.000 * D 2 D 2 3 0.206 0.000 * A 3 A 3 4 0.172 0.000 * F 4 F 4 5 0.212 0.000 L 5 V 5 6 0.257 0.000 * G 6 G 6 7 0.142 0.000 * T 7 T 7 8 0.145 0.000 * W 8 W 8 9 0.140 0.000 * K 9 K 9 10 0.108 0.000 * L 10 L 10 11 0.230 0.000 * V 11 V 11 12 0.091 0.000 D 12 S 12 13 0.078 0.000 * S 13 S 13 14 0.167 0.000 K 14 E 14 15 0.177 0.000 * N 15 N 15 16 0.282 0.000 * F 16 F 16 17 0.222 0.000 * D 17 D 17 18 0.124 0.000 * D 18 D 18 19 0.310 0.000 * Y 19 Y 19 20 0.317 0.000 * M 20 M 20 21 0.250 0.000 * K 21 K 21 22 0.307 0.000 S 22 E 22 23 0.560 0.000 L 23 V 23 24 0.547 0.000 * G 24 G 24 25 0.497 0.000 * V 25 V 25 26 0.563 0.000 * G 26 G 26 27 0.527 0.000 * F 27 F 27 28 0.680 0.000 * A 28 A 28 29 0.711 0.000 * T 29 T 29 30 0.599 0.000 * R 30 R 30 31 0.679 0.000 Q 31 K 31 32 0.818 0.000 * V 32 V 32 33 0.585 0.000 * A 33 A 33 34 0.474 0.000 S 34 G 34 35 0.770 0.000 * M 35 M 35 36 0.443 0.000 T 36 A 36 37 0.130 0.000 * K 37 K 37 38 0.094 0.000 * P 38 P 38 39 0.191 0.000 T 39 N 39 40 0.203 0.000 T 40 M 40 41 0.156 0.000 * I 41 I 41 42 0.170 0.000 * I 42 I 42 43 0.180 0.000 E 43 S 43 44 0.308 0.000 K 44 V 44 45 0.272 0.000 * N 45 N 45 46 0.293 0.000 * G 46 G 46 47 0.212 0.000 * D 47 D 47 48 0.271 0.000 I 48 L 48 49 0.299 0.000 L 49 V 49 50 0.389 0.000 * T 50 T 50 51 0.353 0.000 L 51 I 51 52 0.247 0.000 K 52 R 52 53 0.180 0.000 T 53 S 53 54 0.149 0.000 H 54 E 54 55 0.101 0.000 * S 55 S 55 56 0.454 0.000 * T 56 T 56 57 0.684 0.000 * F 57 F 57 58 0.593 0.000 * K 58 K 58 59 0.447 0.000 * N 59 N 59 60 0.160 0.000 * T 60 T 60 61 0.233 0.000 * E 61 E 61 62 0.302 0.000 * I 62 I 62 63 0.246 0.000 * S 63 S 63 64 0.171 0.000 * F 64 F 64 65 0.171 0.000 * K 65 K 65 66 0.185 0.000 * L 66 L 66 67 0.276 0.000 * G 67 G 67 68 0.274 0.000 * V 68 V 68 69 0.308 0.000 * E 69 E 69 70 0.221 0.000 * F 70 F 70 71 0.292 0.000 * D 71 D 71 72 0.282 0.000 * E 72 E 72 73 0.278 0.000 T 73 I 73 74 0.248 0.000 * T 74 T 74 75 0.271 0.000 * A 75 A 75 76 0.420 0.000 * D 76 D 76 77 0.344 0.000 * D 77 D 77 78 0.360 0.000 * R 78 R 78 79 0.353 0.000 * K 79 K 79 80 0.339 0.000 * V 80 V 80 81 0.341 0.000 * K 81 K 81 82 0.292 0.000 * S 82 S 82 83 0.258 0.000 * I 83 I 83 84 0.285 0.000 V 84 I 84 85 0.256 0.000 * T 85 T 85 86 0.262 0.000 * L 86 L 86 87 0.323 0.000 * D 87 D 87 88 0.327 0.000 * G 88 G 88 89 0.352 0.000 * G 89 G 89 90 0.310 0.000 K 90 A 90 91 0.282 0.000 * L 91 L 91 92 0.214 0.000 * V 92 V 92 93 0.355 0.000 H 93 Q 93 94 0.334 0.000 L 94 V 94 95 0.218 0.000 * Q 95 Q 95 96 0.292 0.000 * K 96 K 96 97 0.440 0.000 * W 97 W 97 98 0.652 0.000 * D 98 D 98 99 0.599 0.000 * G 99 G 99 100 0.369 0.000 Q 100 K 100 101 0.275 0.000 E 101 S 101 102 0.249 0.000 * T 102 T 102 103 0.342 0.000 * T 103 T 103 104 0.304 0.000 L 104 I 104 105 0.082 0.000 V 105 K 105 106 0.356 0.000 * R 106 R 106 107 0.393 0.000 E 107 K 107 108 0.200 0.000 L 108 R 108 109 0.377 0.000 I 109 D 109 110 0.379 0.000 D 110 G 110 111 0.513 0.000 G 111 D 111 112 0.074 0.000 * K 112 K 112 113 0.103 0.000 * L 113 L 113 114 0.174 0.000 I 114 V 114 115 0.081 0.000 L 115 V 115 116 0.101 0.000 T 116 E 116 117 0.129 0.000 L 117 C 117 118 0.237 0.000 T 118 V 118 119 0.317 0.000 H 119 M 119 120 0.639 0.000 G 120 K 120 121 1.059 0.000 T 121 G 121 122 0.597 0.000 A 122 V 122 123 0.289 0.000 V 123 T 123 124 0.179 0.000 C 124 S 124 125 0.099 0.000 * T 125 T 125 126 0.038 0.000 * R 126 R 126 127 0.116 0.000 T 127 V 127 128 0.135 0.000 * Y 128 Y 128 129 0.125 0.000 * E 129 E 129 130 0.388 0.000 K 130 R 130 131 0.714 0.000 E 131 A 131 # =============================== # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1hms lid # =============================== 1 0.326 0.000 V 1 C 1 2 0.183 0.000 * D 2 D 2 3 0.206 0.000 * A 3 A 3 4 0.172 0.000 * F 4 F 4 5 0.212 0.000 L 5 V 5 6 0.257 0.000 * G 6 G 6 7 0.142 0.000 * T 7 T 7 8 0.145 0.000 * W 8 W 8 9 0.140 0.000 * K 9 K 9 10 0.108 0.000 * L 10 L 10 11 0.230 0.000 * V 11 V 11 12 0.091 0.000 D 12 S 12 13 0.078 0.000 * S 13 S 13 14 0.167 0.000 K 14 E 14 15 0.177 0.000 * N 15 N 15 16 0.282 0.000 * F 16 F 16 17 0.222 0.000 * D 17 D 17 18 0.124 0.000 * D 18 D 18 19 0.310 0.000 * Y 19 Y 19 20 0.317 0.000 * M 20 M 20 21 0.250 0.000 * K 21 K 21 22 0.307 0.000 S 22 E 22 23 0.560 0.000 L 23 V 23 24 0.547 0.000 * G 24 G 24 25 0.497 0.000 * V 25 V 25 26 0.563 0.000 * G 26 G 26 27 0.527 0.000 * F 27 F 27 28 0.680 0.000 * A 28 A 28 29 0.711 0.000 * T 29 T 29 30 0.599 0.000 * R 30 R 30 31 0.679 0.000 Q 31 K 31 32 0.818 0.000 * V 32 V 32 33 0.585 0.000 * A 33 A 33 34 0.474 0.000 S 34 G 34 35 0.770 0.000 * M 35 M 35 36 0.443 0.000 T 36 A 36 37 0.130 0.000 * K 37 K 37 38 0.094 0.000 * P 38 P 38 39 0.191 0.000 T 39 N 39 40 0.203 0.000 T 40 M 40 41 0.156 0.000 * I 41 I 41 42 0.170 0.000 * I 42 I 42 43 0.180 0.000 E 43 S 43 44 0.308 0.000 K 44 V 44 45 0.272 0.000 * N 45 N 45 46 0.293 0.000 * G 46 G 46 47 0.212 0.000 * D 47 D 47 48 0.271 0.000 I 48 L 48 49 0.299 0.000 L 49 V 49 50 0.389 0.000 * T 50 T 50 51 0.353 0.000 L 51 I 51 52 0.247 0.000 K 52 R 52 53 0.180 0.000 T 53 S 53 54 0.149 0.000 H 54 E 54 55 0.101 0.000 * S 55 S 55 56 0.454 0.000 * T 56 T 56 57 0.684 0.000 * F 57 F 57 58 0.593 0.000 * K 58 K 58 59 0.447 0.000 * N 59 N 59 60 0.160 0.000 * T 60 T 60 61 0.233 0.000 * E 61 E 61 62 0.302 0.000 * I 62 I 62 63 0.246 0.000 * S 63 S 63 64 0.171 0.000 * F 64 F 64 65 0.171 0.000 * K 65 K 65 66 0.185 0.000 * L 66 L 66 67 0.276 0.000 * G 67 G 67 68 0.274 0.000 * V 68 V 68 69 0.308 0.000 * E 69 E 69 70 0.221 0.000 * F 70 F 70 71 0.292 0.000 * D 71 D 71 72 0.282 0.000 * E 72 E 72 73 0.278 0.000 T 73 I 73 74 0.248 0.000 * T 74 T 74 75 0.271 0.000 * A 75 A 75 76 0.420 0.000 * D 76 D 76 77 0.344 0.000 * D 77 D 77 78 0.360 0.000 * R 78 R 78 79 0.353 0.000 * K 79 K 79 80 0.339 0.000 * V 80 V 80 81 0.341 0.000 * K 81 K 81 82 0.292 0.000 * S 82 S 82 83 0.258 0.000 * I 83 I 83 84 0.285 0.000 V 84 I 84 85 0.256 0.000 * T 85 T 85 86 0.262 0.000 * L 86 L 86 87 0.323 0.000 * D 87 D 87 88 0.327 0.000 * G 88 G 88 89 0.352 0.000 * G 89 G 89 90 0.310 0.000 K 90 A 90 91 0.282 0.000 * L 91 L 91 92 0.214 0.000 * V 92 V 92 93 0.355 0.000 H 93 Q 93 94 0.334 0.000 L 94 V 94 95 0.218 0.000 * Q 95 Q 95 96 0.292 0.000 * K 96 K 96 97 0.440 0.000 * W 97 W 97 98 0.652 0.000 * D 98 D 98 99 0.599 0.000 * G 99 G 99 100 0.369 0.000 Q 100 K 100 101 0.275 0.000 E 101 S 101 102 0.249 0.000 * T 102 T 102 103 0.342 0.000 * T 103 T 103 104 0.304 0.000 L 104 I 104 105 0.082 0.000 V 105 K 105 106 0.356 0.000 * R 106 R 106 107 0.393 0.000 E 107 K 107 108 0.200 0.000 L 108 R 108 109 0.377 0.000 I 109 D 109 110 0.379 0.000 D 110 G 110 111 0.513 0.000 G 111 D 111 112 0.074 0.000 * K 112 K 112 113 0.103 0.000 * L 113 L 113 114 0.174 0.000 I 114 V 114 115 0.081 0.000 L 115 V 115 116 0.101 0.000 T 116 E 116 117 0.129 0.000 L 117 C 117 118 0.237 0.000 T 118 V 118 119 0.317 0.000 H 119 M 119 120 0.639 0.000 G 120 K 120 121 1.059 0.000 T 121 G 121 122 0.597 0.000 A 122 V 122 123 0.289 0.000 V 123 T 123 124 0.179 0.000 C 124 S 124 125 0.099 0.000 * T 125 T 125 126 0.038 0.000 * R 126 R 126 127 0.116 0.000 T 127 V 127 128 0.135 0.000 * Y 128 Y 128 129 0.125 0.000 * E 129 E 129 130 0.388 0.000 K 130 R 130 131 0.714 0.000 E 131 A 131 # =============================== Least-squares dynamic programming alignment: FIT_ATOMS atoms for alignment : CA Max dist from frw for equivalence : 3.5000 Gap introduction penalty : 0.0000 Gap extension penalty : 1.7500 Numb of residues in framework : 131 mkapsa__293W> No TOPOLOGY_LIB is in memory. Use READ_TOPOLOGY to read one. iup2crm_280W> No TOPOLOGY_LIB in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. Pairwise dynamic programming alignment (ALIGN2D): Residue-residue metric : ${MODINSTALL7v7}/modlib//as1.sim.mat Diagonal : 100 Overhang : 0 Maximal gap length : 999999 Local alignment : F MATRIX_OFFSET (local aln): 0.0000 FIX_OFFSETS : 0.0 1000.0 2000.0 3000.0 4000.0 N_SUBOPT : 1 SUBOPT_OFFSET : 2.0000 Alignment block : 1 Gap introduction penalty : -900.0000 Gap extension penalty : -50.0000 Gap diagonal penalty : 0.0000 Structure gap penalties : 0.350 1.200 0.900 1.200 0.600 8.600 1.200 0.000 Length of alignment : 131 Score : 97464.0000 Dynamically allocated memory at finish [B,kB,MB]: 4722997 4612.302 4.504 Starting time : 2004/09/17 18:50:49.542 Closing time : 2004/09/17 18:50:52.961 Total CPU time [seconds] : 3.36