Dear,

thanks for you help. should i use the  the entire second template(loop is 

disordered) sequence or only  part of the disordered sequence to aglian?

>Message: 1
>Date: Fri, 03 May 2013 10:31:56 -0700
>From: Modeller Caretaker <modeller-care@salilab.org>
>To: aixintiankong <aixintiankong@126.com>
>Cc: modeller_usage@salilab.org
>Subject: Re: [modeller_usage] how to build the loop of protein model
> using modeller
>Message-ID: <5183F48C.7010601@salilab.org>
>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed
>
>On 4/29/13 8:25 PM, aixintiankong wrote:
>> i don't know how to build a model that  the protein, NAD+ and ligand
>> coexsit and the loop of protein is disordered.
>
>One way to do this would be to align your model sequence with the first 
>template (loop is helix) for the entire sequence except the loop, and 
>the second template (loop is disordered) for the loop:
>http://salilab.org/modeller/9.11/FAQ.html#1
>
>Another way would be to just use the first template, and just unalign 
>the loop so Modeller builds it without template information:
>http://salilab.org/modeller/9.11/FAQ.html#2
>
> Ben Webb, Modeller Caretaker
>-- 
>modeller-care@salilab.org             http://www.salilab.org/modeller/
>Modeller mail list: http://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage