hi,
I am facing a great problem with modeller 9v3.
My aim is to model 2 chain protein from a 2 chain template with a ligands. I want two ligands: so4 and PLP . Last part of my template pdb file briefly looks like this:

ATOM  6617  CG  LYS B 438      1.294  41.930  2.754  1.00 92.99          C 
ATOM  6618  CD  LYS B 438      -0.149  41.634  3.105  1.00 93.43          C 
ATOM  6619  CE  LYS B 438      -0.497  40.199  2.765  1.00 93.98          C 
ATOM  6620  NZ  LYS B 438      -1.930  39.900  3.035  1.00 94.74          N 
ATOM  6621  OXT LYS B 438      4.571  44.878  1.525  1.00 92.93          O 
TER    6622      LYS B 438                                                     
HETATM 6623  S  SO4  600      2.001  43.793  71.949  0.40 47.42          S 
HETATM 6624  O1  SO4  600      1.250  44.661  72.856  1.00 49.68          O 
HETATM 6625  O2  SO4  600      3.441  43.960  72.132  1.00 48.63          O 
HETATM 6626  O3  SO4  600      1.702  42.399  72.263  1.00 51.95          O 
HETATM 6627  O4  SO4  600      1.623  44.087  70.571  1.00 47.72          O 
HETATM 6628  S  SO4  601      -1.057  44.770  34.953  0.40 54.22          S 
HETATM 6629  O1  SO4  601      -0.255  45.682  34.134  1.00 54.47          O 
HETATM 6630  O2  SO4  601      -2.472  45.080  34.803  1.00 53.56          O 
HETATM 6631  O3  SO4  601      -0.879  43.378  34.512  1.00 56.11          O 
HETATM 6632  O4  SO4  601      -0.655  44.930  36.347  1.00 55.09          O 
HETATM 6633  N1  PLP A 500      6.942  41.456  67.024  1.00 91.96          N 
HETATM 6634  C2  PLP A 500      7.237  41.844  68.301  1.00 92.40          C 
HETATM 6635  C2A PLP A 500      8.277  41.064  69.104  1.00 91.84          C 
HETATM 6636  C3  PLP A 500      6.579  42.967  68.880  1.00 91.52          C 
HETATM 6637  O3  PLP A 500      6.876  43.351  70.176  1.00 90.45          O 
HETATM 6638  C4  PLP A 500      5.613  43.677  68.118  1.00 90.22          C 
HETATM 6639  C4A PLP A 500      4.901  44.884  68.713  1.00 86.77          C 
HETATM 6640  C5  PLP A 500      5.327  43.248  66.794  1.00 91.55          C 
HETATM 6641  C6  PLP A 500      6.014  42.124  66.269  1.00 92.40          C 
HETATM 6642  C5A PLP A 500      4.287  43.977  65.936  1.00 92.05          C 
HETATM 6643  O4P PLP A 500      4.919  44.983  65.137  1.00 91.48          O 
HETATM 6644  P  PLP A 500      3.850  45.746  64.212  0.40 89.98          P 
HETATM 6645  O1P PLP A 500      2.942  46.559  65.059  1.00 90.28          O 
HETATM 6646  O2P PLP A 500      3.052  44.763  63.428  1.00 89.69          O 
HETATM 6647  O3P PLP A 500      4.581  46.636  63.284  1.00 90.10          O 
HETATM 6648  N1  PLP B 501      -5.783  42.808  39.108  1.00 86.12          N 
HETATM 6649  C2  PLP B 501      -5.828  43.152  37.781  1.00 84.21          C 
HETATM 6650  C2A PLP B 501      -6.726  42.368  36.828  1.00 82.77          C 
HETATM 6651  C3  PLP B 501      -5.053  44.236  37.298  1.00 83.34          C 
HETATM 6652  O3  PLP B 501      -5.098  44.562  35.960  1.00 81.37          O 
HETATM 6653  C4  PLP B 501      -4.219  44.961  38.203  1.00 83.20          C 
HETATM 6654  C4A PLP B 501      -3.382  46.155  37.713  1.00 78.97          C 
HETATM 6655  C5  PLP B 501      -4.188  44.570  39.573  1.00 85.23          C 
HETATM 6656  C6  PLP B 501      -4.989  43.485  40.001  1.00 85.99          C 
HETATM 6657  C5A PLP B 501      -3.301  45.301  40.567  1.00 87.11          C 
HETATM 6658  O4P PLP B 501      -4.052  45.705  41.701  1.00 89.48          O 
HETATM 6659  P  PLP B 501      -3.055  46.187  42.850  0.40 90.61          P 
HETATM 6660  O1P PLP B 501      -2.152  47.241  42.323  1.00 89.77          O 
HETATM 6661  O2P PLP B 501      -2.247  45.036  43.343  1.00 89.52          O 
HETATM 6662  O3P PLP B 501      -3.851  46.742  43.973  1.00 90.54          O 
HETATM 6663  O  HOH    1      -2.199  65.598  27.605  1.00 37.63          O 
HETATM 6664  O  HOH    2      13.146  43.997  69.980  1.00 28.90          O 
HETATM 6665  O  HOH    3      3.514  34.147  84.461  1.00 40.65          O 
HETATM 6666  O  HOH    4      14.245  36.668  40.667  1.00 33.18          O 
HETATM 6667  O  HOH    5      6.748  58.168  71.500  1.00 37.09          O 
HETATM 6668  O  HOH    6      -3.541  20.765  51.638  1.00 34.79          O 
HETATM 6669  O  HOH    7      -4.102  61.235  21.691  1.00 38.94          O 
HETATM 6670  O  HOH    8      10.326  70.845  65.572  1.00 35.43          O 
HETATM 6671  O  HOH    9      -4.995  51.193  45.379  1.00 38.86          O 
HETATM 6672  O  HOH    10      -6.557  33.928  65.811  1.00 39.72          O 
HETATM 6673  O  HOH    11      -1.108  49.863  77.220  1.00 41.22          O 
HETATM 6674  O  HOH    12    -26.403  30.845  53.499  1.00 43.93          O 
HETATM 6675  O  HOH    13      -6.662  49.811  60.632  1.00 20.93          O 
HETATM 6676  O  HOH    14      0.524  46.344  51.157  1.00 30.77          O 
HETATM 6677  O  HOH    15      4.444  27.533  53.723  1.00 45.47          O 
HETATM 6678  O  HOH    16      -9.377  50.142  40.921  1.00 38.67          O 
HETATM 6679  O  HOH    17      16.732  42.270  53.224  1.00 43.17          O 
HETATM 6680  O  HOH    18      36.203  41.041  67.666  1.00 41.06          O 
HETATM 6681  O  HOH    19    -23.753  42.588  51.308  1.00 39.07          O 

my alignment looks like this

>P1;1iax
structureX:1iax:11    :A :438  :B :ferredoxin:Azotobacter vinelandii: 1.90: 0.19
ILSKLATNE-----SPYFDGWKAYDSDPFHPLKNPNGVIQMGLAENQLCLDLIEDWIKRN
PKGSIS-------FKAIANFQDYHGLPEFRKAIAKFMEKTRGGRVRFDPERVVMAGGATG
ANETIIFCLADPGDAFLVPSPYYPAFNRDLRWRTGVQLIPIHCESSNNFKITSKAVKEAY
ENAQKSNIKVKGLILTNPSNPLGTTLDKDTLKSVLSFTNQHNIHLVCDEIYAATVFDTPQ
FVSIAEILDEQEMTYCNKDLVHIVYSLSKDMGLPGFRVGIIYSFNDDVVNCARKMSSFGL
VSTQTQYFLAAMLSDEKFVDNFLRESAMRLGKRHKHFTNGLEVVGIKCLKNNAGLFCWMD
LRPLLRESTFDSEMSLWRVIINDVKLNVSPGSSFECQEPGWFRVCFANMDDGTVDIALAR
IRRFVGVEK/ILSKLATNE-----SPYFDGWKAYDSDPFHPLKNPNGVIQMGLAENQLCLD
LIEDWIKRNPKGSIS-------FKAIANFQDYHGLPEFRKAIAKFMEKTRGGRVRFDPER
VVMAGGATGANETIIFCLADPGDAFLVPSPYYPAFNRDLRWRTGVQLIPIHCESSNNFKI
TSKAVKEAYENAQKSNIKVKGLILTNPSNPLGTTLDKDTLKSVLSFTNQHNIHLVCDEIY
AATVFDTPQFVSIAEILDEQEMTYCNKDLVHIVYSLSKDMGLPGFRVGIIYSFNDDVVNC
ARKMSSFGLVSTQTQYFLAAMLSDEKFVDNFLRESAMRLGKRHKHFTNGLEVVGIKCLKN
NAGLFCWMDLRPLLRESTFDSEMSLWRVIINDVKLNVSPGSSFECQEPGWFRVCFANMDD
GTVDIALARIRRFVGVEK/..*

>P1;1fdx
sequence:1fdx:    : :  : :ferredoxin:Peptococcus aerogenes: 2.00:-1.00
ILSRIATNDGHGENSSYFDGWKAYEKDPFHLTDNPTGVIQMGLAENQLSLDLIRDWMKKN
PQASICTEEGVSEFKAIANFQDYHGLPTFRKAIAQFMEKVRGGRTRFDPDRIVMSGGATG
AQETIAFCLADPGEAFLIPTPYYPGFDR-FRWRTGVQLLPIHCHSSNKFKITQAALETAY
RKARNSHIRVKGILVTNPSNPLGTTMDRETLRTLVSFVNEKRMHLVCDEIFSGTAFDKPS
YVSVSEVIEDE--PYCDRDLIHIAYSLSKDLGVPGFRVGVIYSYNDAVVSCARKMSSFGL
VSSQTQHLLASMLGDEELTTSFLATSRTGLCGRRRVFTDGLKRVGIHCLDGNAGLFCWMD
LRPLLKEATVEAELRLWRVIINDVKLNISPGSSFHCSEPGWFRVCFANMDDTAMKIALRR
IESFVYREN/ILSRIATNDGHGENSSYFDGWKAYEKDPFHLTDNPTGVIQMGLAENQLSLD
LIRDWMKKNPQASICTEEGVSEFKAIANFQDYHGLPTFRKAIAQFMEKVRGGRTRFDPDR
IVMSGGATGAQETIAFCLADPGEAFLIPTPYYPGFDR-FRWRTGVQLLPIHCHSSNKFKI
TQAALETAYRKARNSHIRVKGILVTNPSNPLGTTMDRETLRTLVSFVNEKRMHLVCDEIF
SGTAFDKPSYVSVSEVIEDE--PYCDRDLIHIAYSLSKDLGVPGFRVGVIYSYNDAVVSC
ARKMSSFGLVSSQTQHLLASMLGDEELTTSFLATSRTGLCGRRRVFTDGLKRVGIHCLDG
NAGLFCWMDLRPLLKEATVEAELRLWRVIINDVKLNISPGSSFHCSEPGWFRVCFANMDD
TAMKIALRRIESFVYREN/..*


and mt python script is

# Homology modeling with ligand transfer from the template
from modeller import *              # Load standard Modeller classes
from modeller.automodel import *    # Load the automodel class

log.verbose()    # request verbose output
env = environ()  # create a new MODELLER environment to build this model in

# directories for input atom files
env.io.atom_files_directory = './:../atom_files'

# Read in HETATM records from template PDBs
env.io.hetatm = True

a = automodel(env,
              alnfile  = 'align-ligand.ali',  # alignment filename
              knowns  = '1iax',              # codes of the templates
              sequence = '1fdx')              # code of the target
a.starting_model= 4                # index of the first model
a.ending_model  = 4                # index of the last model
                                    # (determines how many models to calculate)
a.make()                            # do the actual homology modeling



but it ends with following error

#  Code        #_Res #_Segm PDB_code    Name
-------------------------------------------------------------------------------
  1      1iax    836      3        1iax ferredoxin
  2      1fdx    854      3        1fdx ferredoxin
check_a_343_> >> BEGINNING OF COMMAND
openf___224_> Open          ./\1iax.pdb

Dynamically allocated memory at  amaxstructure [B,KiB,MiB]:      4277067    4176.823    4.079
openf___224_> Open          ./\1iax.pdb
read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      836      834
              For alignment entry:        1  1iax
                                x  (mismatch at alignment position    835)
Alignment  VDIALARIRRFVGVEK..                                     
      PDB  VDIALARIRRFVGVEK                                       
    Match  ****************

  Please check your alignment file header to be sure you correctly specified
  the starting and ending residue numbers and chains. The alignment sequence
  must match that from the atom file exactly.

  Another possibility is that some residues in the atom file are missing,
  perhaps because they could not be resolved experimentally. (Note that Modeller
  reads only the ATOM and HETATM records in PDB, NOT the SEQRES records.)
  In this case, simply replace the section of your alignment corresponding
  to these missing residues with gaps.
read_te_288W> Protein not accepted:        1  1iax


Please solve this puzzle as i am fade-up with this :(

regards
sanjay



sanjay Kumar singh kolkata
Bose Institute
Department of Botany
Main Campus
93\1 A.P.C.Road
Kolkata 700 009
India