Hi,
When I use this script some parts of my protein appears streched.
Should I put water molecule for better refinment? Why I obtein worse
models with refine option?
#Modelación por homología con un
ligando transferido desde el molde
from modeller import *
# Carga las clases del Modeller
from modeller.automodel import
*
# Carga la clase automodel
log.verbose()
# Solicita una salida detallada
env = environ()
# Crea un nuevo ambiente para construir para construir el
modelo
# Directorio del fichero pdb/atm de
entrada
env.io.atom_files_directory = './‘
# Lectura de los heteroátomos en
el pdb molde
env.io.hetatm = True
a = dopehr_loopmodel(env,
alnfile = 'hetatm2.ali',
# Fichero del alineamiento
knowns = '1gmyAok2.pdb',
#
Código del molde
sequence = 'Q8I7B2_sequence') #
Código del blanco
a.starting_model= 1
# Índice del primer modelo
a.ending_model= 50
# Índice del último modelo
# (determina el número de modelos a calcular)
a.md_level = refine.very_slow
# refinar modelo
a.loop.starting_model = 1
a.loop.ending_model = 2
a.loop.md_level =
refine.very_slow # refinar
lazos
a.make()
# Hacer los modelo
Dany Naranjo Feliciano