Hi,
When I use this script some parts of my protein appears streched. Should I put water molecule for better refinment? Why I obtein worse models with refine option?
 
#Modelación por homología con un ligando transferido desde el molde
 
from modeller import *                                  # Carga las clases del Modeller
from modeller.automodel import *               # Carga la clase automodel
 
log.verbose()                        # Solicita una salida detallada
env = environ()                     # Crea un nuevo ambiente para construir para construir el modelo
 
# Directorio del fichero pdb/atm de entrada
env.io.atom_files_directory = './‘
 
# Lectura de los heteroátomos en el pdb molde
env.io.hetatm = True
a = dopehr_loopmodel(env,
              alnfile  = 'hetatm2.ali',                        # Fichero del alineamiento
              knowns   = '1gmyAok2.pdb',             # Código del molde
              sequence = 'Q8I7B2_sequence')    # Código del blanco
a.starting_model= 1                                       # Índice del primer modelo
a.ending_model= 50                                       # Índice del último modelo
                                                                     # (determina el número de modelos a calcular)
a.md_level = refine.very_slow                       # refinar modelo
 
a.loop.starting_model = 1
a.loop.ending_model   = 2
a.loop.md_level       = refine.very_slow      # refinar lazos
a.make()                                                      # Hacer los modelo
 
Dany Naranjo Feliciano
Lic. Bioquímica
Grupo Biología Molecular
Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria (CENSA)
Apartado 10. San José de las Lajas.
La Habana. CP 32700. Cuba
Teléfono 53-47-863014 ext 28



"Participe en Universidad 2008 del 11 al 15 de febrero del 2008.
Palacio de Convenciones. La Habana. Cuba.
http: //www.universidad2008.cu".