Hi, I am having issues reproducing the Advanced Tutorial provided at https: //salilab. org/modeller/tutorial/advanced. html I could not figure out how to write/fix a script to align the 1emd_bs. pdb template with the TvLDH model previously obtained. 
ZjQcmQRYFpfptBannerStart
This Message Is From an External Sender
This message came from outside your organization.
 
ZjQcmQRYFpfptBannerEnd
Hi, 

I am having issues reproducing the Advanced Tutorial provided at https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html

I could not figure out how to write/fix a script to align the 1emd_bs.pdb template with the TvLDH model previously obtained. I have searched in the manual and I could not find how to generate a python script that will give the right alignment. My input files and script used are shown below:

TvLDH PIR file obtained in the previous steps of the tutorial:
>P1;4mdhA
structureX:4mdh_fit.pdb:1:A:+333:A:MOL_ID  1; MOLECULE  CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE; CHAIN  A, B; EC  1.1.1.37; ENGINEERED  YES:MOL_ID  1; ORGANISM_SCIENTIFIC  SUS SCROFA; ORGANISM_COMMON  PIG; ORGANISM_TAXID  9823: 2.50: 0.17
-SEPIRVLVTGAAGQIAYSLLYSIGNGSVFGKDQPIILVLLDITP--MMGVLDGVLMELQDCALPLLKDVIATDK
EEIAFKDLDVAILVGSMPRRDGMERKDLLKANVKIFKCQGAALDKYAKKSVKVIVVGNPANTNCLTASKSAPSIP
KENFSCLTRLDHNRAKAQIALKLGVTSDDVKNVIIWGNHSSTQYPDVNHAKVKLQAKEVGVYEAVKDDSWLKGEF
ITTVQQRGAAVIKARKLSSAMSAAKAICDHVRDIWFGTPEGEFVSMGIIS-DGNSYGVPDDLLYSFPVTIK-DKT
WKIVEGLPINDFSREKMDLTAKELAEEKETAFEFLSSA*

>P1;1bdmA
structureX:1bdm_fit.pdb:0:A:+318:A:MOL_ID  1; MOLECULE  MALATE DEHYDROGENASE; CHAIN  A, B; EC  1.1.1.37; ENGINEERED  YES:MOL_ID  1; ORGANISM_SCIENTIFIC  THERMUS THERMOPHILUS; ORGANISM_TAXID  274; EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE  BACTERIUM: 1.80: 0.17
MKAPVRVAVTGAAGQIGYSLLFRIAAGEMLGKDQPVILQLLEIPQ--AMKALEGVVMELEDCAFPLLAGLEATDD
PDVAFKDADYALLVGAAPR---------LQVNGKIFTEQGRALAEVAKKDVKVLVVGNPANTNALIAYKNAPGLN
PRNFTAMTRLDHNRAKAQLAKKTGTGVDRIRRMTVWGNHSSIMFPDLFHAEVD----GRPALELV-DMEWYEKVF
IPTVAQRGAAIIQARGASSAASAANAAIEHIRDWALGTPEGDWVSMAVPS-QGE-YGIPEGIVYSFPVTAK-DGA
YRVVEGLEINEFARKRMEITAQELLDEMEQVKALGLI-*

>P1;1b8pA
structureX:1b8p_fit.pdb:3:A:+327:A:MOL_ID  1; MOLECULE  PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE); CHAIN  A:MOL_ID  1; ORGANISM_SCIENTIFIC  AQUASPIRILLUM ARCTICUM; ORGANISM_TAXID  87645: 1.90: 0.17
-KTPMRVAVTGAAGQICYSLLFRIANGDMLGKDQPVILQLLEIPNEKAQKALQGVMMEIDDCAFPLLAGMTAHAD
PMTAFKDADVALLVGARPRGPGMERKDLLEANAQIFTVQGKAIDAVASRNIKVLVVGNPANTNAYIAMKSAPSLP
AKNFTAMLRLDHNRALSQIAAKTGKPVSSIEKLFVWGNHSPTMYADYRYAQID----GASVKDMINDDAWNRDTF
LPTVGKRGAAIIDARGVSSAASAANAAIDHIHDWVLGTAG-KWTTMGIPS-DGS-YGIPEGVIFGFPVTTE-NGE
YKIVQGLSIDAFSQERINVTLNELLEEQNGVQ-HLLG-*

>P1;TvLDH
sequence:TvLDH:: :: :::-1.00:-1.00
MSEPAHVLITGAAGQIGYILSHWIAGGELYG-DRPVVLHLFDIPP--AMNRLTALTMELEDCAFPHLAGYVATTE
PEAAFKDIDCAFLVASMPLKPGQVRADLISSNSVIFKNTGEYLSKWAKPTVKVLVIGNPDNTNCEIAMLHAKNLK
PENFSSLSMLDHNRAYYEVASKLGVHVHDIHDIIVWGNHGESMVADLTQATFTKDGKTQKVVDVL-DHDYVFDTF
FKKIGHRAWDILEHRGFTSAASPTKAAIQHMKAWLFGTAPGEVLSMGIPVPEGNPYGIKPGVVFSFPCNVDKEGH
IHVVEGFKVNDWLREKLAFTENDLFHEKEIALEHLAQ-*

1emd_bs.pdb:
REMARK   *************************************
REMARK   ONLY RESIDUES FOR THE LOOP AND HETATM
REMARK   *************************************
HEADER    OXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D))          25-MAR-93   1EMD      1EMD   2
COMPND    MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37)                           1EMD   3
SOURCE    (ESCHERICHIA COLI)                                            1EMD   4
AUTHOR    M.D.HALL,L.J.BANASZAK                                         1EMD   5
REVDAT   1   31-OCT-93 1EMD    0                                        1EMD   6
JRNL        AUTH   M.D.HALL,L.J.BANASZAK                                1EMD   7
JRNL        TITL   CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF            1EMD   8
JRNL        TITL 2 ESCHERICHIA $COLI MALATE DEHYDROGENASE, CITRATE      1EMD   9
JRNL        TITL 3 AND /NAD$ AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION                1EMD  10
JRNL        REF    TO BE PUBLISHED                                      1EMD  11
JRNL        REFN                                                   353  1EMD  12
ATOM    534  N   GLY    78      12.415 -10.954   6.308  1.00 19.62      1EMD 636
ATOM    535  CA  GLY    78      12.332 -11.837   7.468  1.00 20.84      1EMD 637
ATOM    536  C   GLY    78      10.926 -12.368   7.753  1.00 21.39      1EMD 638
ATOM    537  O   GLY    78       9.932 -11.883   7.199  1.00 21.67      1EMD 639
ATOM    538  N   VAL    79      10.825 -13.294   8.701  1.00 19.80      1EMD 640
ATOM    539  CA  VAL    79       9.547 -13.950   9.006  1.00 22.26      1EMD 641
ATOM    540  C   VAL    79       8.741 -13.142  10.035  1.00 21.75      1EMD 642
ATOM    541  O   VAL    79       9.336 -12.504  10.907  1.00 24.34      1EMD 643
ATOM    542  CB  VAL    79       9.805 -15.379   9.566  1.00 21.55      1EMD 644
ATOM    543  CG1 VAL    79       8.515 -16.157   9.649  1.00 21.32      1EMD 645
ATOM    544  CG2 VAL    79      10.799 -16.117   8.667  1.00 23.69      1EMD 646
ATOM    545  N   ARG    80       7.417 -13.094   9.877  1.00 24.64      1EMD 647
ATOM    546  CA  ARG    80       6.491 -12.559  10.904  1.00 24.91      1EMD 648
ATOM    547  C   ARG    80       6.222 -13.592  12.023  1.00 24.51      1EMD 649
ATOM    548  O   ARG    80       6.188 -14.796  11.755  1.00 20.95      1EMD 650
ATOM    549  CB  ARG    80       5.134 -12.195  10.291  1.00 23.85      1EMD 651
ATOM    550  CG  ARG    80       5.168 -11.202   9.163  1.00 34.96      1EMD 652
ATOM    551  CD  ARG    80       3.778 -10.566   8.908  1.00 36.03      1EMD 653
ATOM    552  NE  ARG    80       3.447 -10.526   7.493  1.00 41.06      1EMD 654
ATOM    553  CZ  ARG    80       2.212 -10.520   6.994  1.00 46.64      1EMD 655
ATOM    554  NH1 ARG    80       1.210  -9.982   7.683  1.00 47.32      1EMD 656
ATOM    555  NH2 ARG    80       2.022 -10.855   5.719  1.00 46.01      1EMD 657
ATOM    556  N   ARG    81       5.878 -13.128  13.226  1.00 20.99      1EMD 658
ATOM    557  CA  ARG    81       5.483 -14.067  14.275  1.00 21.55      1EMD 659
ATOM    558  C   ARG    81       4.016 -14.475  14.207  1.00 19.83      1EMD 660
ATOM    559  O   ARG    81       3.225 -13.901  13.451  1.00 18.35      1EMD 661
ATOM    560  CB  ARG    81       5.829 -13.534  15.670  1.00 22.85      1EMD 662
ATOM    561  CG  ARG    81       5.108 -12.260  16.093  1.00 23.92      1EMD 663
ATOM    562  CD  ARG    81       5.550 -11.831  17.517  1.00 25.18      1EMD 664
ATOM    563  NE  ARG    81       5.154 -10.458  17.835  1.00 22.76      1EMD 665
ATOM    564  CZ  ARG    81       4.396 -10.096  18.865  1.00 23.94      1EMD 666
ATOM    565  NH1 ARG    81       4.084 -10.986  19.806  1.00 23.41      1EMD 667
ATOM    566  NH2 ARG    81       4.030  -8.821  19.002  1.00 17.44      1EMD 668
ATOM    567  N   LYS    82       3.715 -15.609  14.827  1.00 20.02      1EMD 669
ATOM    568  CA  LYS    82       2.343 -16.116  14.887  1.00 22.20      1EMD 670
ATOM    569  C   LYS    82       1.786 -15.902  16.307  1.00 19.41      1EMD 671
ATOM    570  O   LYS    82       2.571 -15.795  17.255  1.00 19.35      1EMD 672
ATOM    571  CB  LYS    82       2.339 -17.613  14.527  1.00 27.09      1EMD 673
ATOM    572  CG  LYS    82       2.269 -17.880  13.018  1.00 35.82      1EMD 674
ATOM    573  CD  LYS    82       1.936 -19.341  12.681  1.00 41.18      1EMD 675
ATOM    574  CE  LYS    82       1.569 -19.525  11.183  1.00 44.85      1EMD 676
ATOM    575  NZ  LYS    82       0.273 -18.882  10.777  1.00 44.18      1EMD 677
ATOM    576  N   PRO    83       0.442 -15.943  16.487  1.00 15.65      1EMD 678
ATOM    577  CA  PRO    83      -0.191 -15.844  17.819  1.00 18.45      1EMD 679
ATOM    578  C   PRO    83       0.401 -16.773  18.889  1.00 20.34      1EMD 680
ATOM    579  O   PRO    83       0.664 -17.949  18.625  1.00 24.22      1EMD 681
ATOM    580  CB  PRO    83      -1.659 -16.164  17.541  1.00 17.53      1EMD 682
ATOM    581  CG  PRO    83      -1.852 -15.763  16.104  1.00 16.27      1EMD 683
ATOM    582  CD  PRO    83      -0.562 -16.221  15.450  1.00 17.44      1EMD 684
ATOM    583  N   GLY    84       0.746 -16.207  20.043  1.00 18.01      1EMD 685
ATOM    584  CA  GLY    84       1.412 -16.995  21.055  1.00 16.89      1EMD 686
ATOM    585  C   GLY    84       2.918 -16.853  21.039  1.00 21.24      1EMD 687
ATOM    586  O   GLY    84       3.569 -17.305  21.983  1.00 21.18      1EMD 688
ATOM    587  N   MET    85       3.479 -16.191  20.016  1.00 20.08      1EMD 689
ATOM    588  CA  MET    85       4.937 -15.916  19.967  1.00 21.41      1EMD 690
ATOM    589  C   MET    85       5.332 -14.519  20.459  1.00 19.19      1EMD 691
ATOM    590  O   MET    85       4.603 -13.552  20.260  1.00 23.12      1EMD 692
ATOM    591  CB  MET    85       5.491 -16.067  18.541  1.00 22.93      1EMD 693
ATOM    592  CG  MET    85       5.887 -17.470  18.134  1.00 29.87      1EMD 694
ATOM    593  SD  MET    85       6.012 -17.637  16.320  1.00 30.30      1EMD 695
ATOM    594  CE  MET    85       7.646 -17.066  16.101  1.00 31.32      1EMD 696
ATOM    595  N   ASP    86       6.552 -14.406  20.963  1.00 17.83      1EMD 697
ATOM    596  CA  ASP    86       7.184 -13.110  21.212  1.00 20.54      1EMD 698
ATOM    597  C   ASP    86       8.110 -12.747  20.044  1.00 22.97      1EMD 699
ATOM    598  O   ASP    86       8.672 -13.635  19.391  1.00 22.20      1EMD 700
ATOM    599  CB  ASP    86       8.016 -13.169  22.507  1.00 20.52      1EMD 701
ATOM    600  CG  ASP    86       8.225 -11.792  23.154  1.00 23.20      1EMD 702
ATOM    601  OD1 ASP    86       7.632 -10.786  22.697  1.00 27.60      1EMD 703
ATOM    602  OD2 ASP    86       8.990 -11.721  24.142  1.00 25.53      1EMD 704
ATOM    603  N   ARG    87       8.434 -11.463  19.938  1.00 20.11      1EMD 705
ATOM    604  CA  ARG    87       9.378 -10.982  18.935  1.00 20.92      1EMD 706
ATOM    605  C   ARG    87      10.737 -11.683  19.009  1.00 20.37      1EMD 707
ATOM    606  O   ARG    87      11.265 -12.128  17.995  1.00 18.28      1EMD 708
ATOM    607  CB  ARG    87       9.522  -9.443  19.028  1.00 21.05      1EMD 709
ATOM    608  CG  ARG    87       8.153  -8.730  18.869  1.00 19.50      1EMD 710
ATOM    609  CD  ARG    87       8.201  -7.351  18.181  1.00 21.27      1EMD 711
ATOM    610  NE  ARG    87       7.855  -6.298  19.115  1.00 22.81      1EMD 712
ATOM    611  CZ  ARG    87       6.649  -6.119  19.658  1.00 21.38      1EMD 713
ATOM    612  NH1 ARG    87       6.585  -6.030  20.976  1.00 20.02      1EMD 714
ATOM    613  NH2 ARG    87       5.692  -5.506  18.970  1.00 16.21      1EMD 715
ATOM    614  N   SER    88      11.200 -11.953  20.221  1.00 17.44      1EMD 716
ATOM    615  CA  SER    88      12.476 -12.622  20.409  1.00 15.95      1EMD 717
ATOM    616  C   SER    88      12.458 -14.053  19.873  1.00 16.93      1EMD 718
ATOM    617  O   SER    88      13.508 -14.648  19.641  1.00 16.56      1EMD 719
ATOM    618  CB  SER    88      12.819 -12.656  21.893  1.00 17.62      1EMD 720
ATOM    619  OG  SER    88      11.750 -13.252  22.622  1.00 19.78      1EMD 721
ATOM    620  N   ASP    89      11.271 -14.635  19.751  1.00 19.87      1EMD 722
ATOM    621  CA  ASP    89      11.143 -15.996  19.228  1.00 21.29      1EMD 723
ATOM    622  C   ASP    89      11.535 -16.061  17.750  1.00 23.26      1EMD 724
ATOM    623  O   ASP    89      11.811 -17.137  17.216  1.00 21.43      1EMD 725
ATOM    624  CB  ASP    89       9.702 -16.521  19.387  1.00 22.42      1EMD 726
ATOM    625  CG  ASP    89       9.309 -16.759  20.850  1.00 25.19      1EMD 727
ATOM    626  OD1 ASP    89      10.197 -16.861  21.729  1.00 27.62      1EMD 728
ATOM    627  OD2 ASP    89       8.098 -16.832  21.123  1.00 27.76      1EMD 729
ATOM    628  N   LEU    90      11.557 -14.898  17.099  1.00 24.46      1EMD 730
ATOM    629  CA  LEU    90      11.942 -14.779  15.684  1.00 21.27      1EMD 731
ATOM    630  C   LEU    90      13.467 -14.806  15.447  1.00 21.75      1EMD 732
ATOM    631  O   LEU    90      13.917 -14.842  14.304  1.00 22.38      1EMD 733
ATOM    632  CB  LEU    90      11.365 -13.484  15.129  1.00 16.46      1EMD 734
ATOM    633  CG  LEU    90      10.124 -13.467  14.239  1.00 20.89      1EMD 735
ATOM    634  CD1 LEU    90       9.275 -14.694  14.402  1.00 19.81      1EMD 736
ATOM    635  CD2 LEU    90       9.342 -12.206  14.534  1.00 16.02      1EMD 737
ATOM    636  N   PHE    91      14.263 -14.832  16.515  1.00 19.41      1EMD 738
ATOM    637  CA  PHE    91      15.719 -14.757  16.387  1.00 22.11      1EMD 739
ATOM    638  C   PHE    91      16.297 -15.856  15.490  1.00 23.27      1EMD 740
ATOM    639  O   PHE    91      17.241 -15.627  14.745  1.00 22.74      1EMD 741
ATOM    640  CB  PHE    91      16.386 -14.817  17.771  1.00 18.27      1EMD 742
ATOM    641  CG  PHE    91      17.899 -14.817  17.730  1.00 19.04      1EMD 743
ATOM    642  CD1 PHE    91      18.606 -13.639  17.603  1.00 17.32      1EMD 744
ATOM    643  CD2 PHE    91      18.613 -15.993  17.892  1.00 22.27      1EMD 745
ATOM    644  CE1 PHE    91      19.991 -13.630  17.648  1.00 19.66      1EMD 746
ATOM    645  CE2 PHE    91      20.012 -15.989  17.944  1.00 20.80      1EMD 747
ATOM    646  CZ  PHE    91      20.695 -14.808  17.828  1.00 19.38      1EMD 748
ATOM    647  N   ASN    92      15.782 -17.069  15.609  1.00 25.49      1EMD 749
ATOM    648  CA  ASN    92      16.399 -18.190  14.914  1.00 29.89      1EMD 750
ATOM    649  C   ASN    92      16.228 -18.186  13.390  1.00 28.92      1EMD 751
ATOM    650  O   ASN    92      17.150 -18.530  12.651  1.00 30.89      1EMD 752
ATOM    651  CB  ASN    92      15.902 -19.494  15.516  1.00 32.12      1EMD 753
ATOM    652  CG  ASN    92      16.384 -19.669  16.933  1.00 40.04      1EMD 754
ATOM    653  OD1 ASN    92      15.870 -19.019  17.842  1.00 44.62      1EMD 755
ATOM    654  ND2 ASN    92      17.518 -20.331  17.091  1.00 39.01      1EMD 756
ATOM    655  N   VAL    93      15.102 -17.688  12.912  1.00 26.82      1EMD 757
ATOM    656  CA  VAL    93      14.928 -17.537  11.475  1.00 28.41      1EMD 758
ATOM    657  C   VAL    93      15.587 -16.273  10.879  1.00 29.43      1EMD 759
ATOM    658  O   VAL    93      16.210 -16.345   9.815  1.00 32.33      1EMD 760
ATOM    659  CB  VAL    93      13.435 -17.572  11.103  1.00 30.48      1EMD 761
ATOM    660  CG1 VAL    93      12.859 -18.932  11.445  1.00 30.99      1EMD 762
ATOM    661  CG2 VAL    93      12.666 -16.482  11.853  1.00 33.80      1EMD 763
ATOM    662  N   ASN    94      15.598 -15.174  11.640  1.00 23.64      1EMD 764
ATOM    663  CA  ASN    94      15.856 -13.845  11.070  1.00 22.04      1EMD 765
ATOM    664  C   ASN    94      17.288 -13.345  11.260  1.00 20.44      1EMD 766
ATOM    665  O   ASN    94      17.744 -12.481  10.513  1.00 22.53      1EMD 767
ATOM    666  CB  ASN    94      14.873 -12.790  11.638  1.00 18.80      1EMD 768
ATOM    667  CG  ASN    94      13.477 -12.874  11.030  1.00 17.17      1EMD 769
ATOM    668  OD1 ASN    94      13.214 -13.646  10.109  1.00 21.51      1EMD 770
ATOM    669  ND2 ASN    94      12.584 -12.050  11.523  1.00 15.87      1EMD 771
TER     670      ASN    94                                              1EMD2381
HETATM 2280  C1  LAC   313       5.426  -7.608  15.720  1.00 25.43      1EMD2382
HETATM 2281  O1A LAC   313       4.760  -7.292  16.696  1.00 22.77      1EMD2383
HETATM 2282  O1B LAC   313       5.710  -8.783  15.470  1.00 23.22      1EMD2384
HETATM 2283  C2  LAC   313       5.220  -6.691  14.572  1.00 22.61      1EMD2385
HETATM 2285  O2  LAC   313       7.150  -5.379  15.668  1.00 20.35      1EMD2387    
HETATM 2284  C3  LAC   313       5.865  -5.268  14.934  1.00 23.43      1EMD2386
HETATM 2293 AP   NAD   314       6.405 -11.130   4.954  0.69 26.19      1EMD2395
HETATM 2294 AO1  NAD   314       6.596 -12.584   5.180  0.69 27.85      1EMD2396
HETATM 2295 AO2  NAD   314       5.164 -10.631   4.350  0.69 19.49      1EMD2397
HETATM 2296 AO5* NAD   314       7.698 -10.375   4.274  0.69 28.25      1EMD2398
HETATM 2297 AC5* NAD   314       9.100 -10.752   4.424  0.69 26.99      1EMD2399
HETATM 2298 AC4* NAD   314       9.908 -10.815   3.112  0.69 30.23      1EMD2400
HETATM 2299 AO4* NAD   314      11.245 -11.256   3.417  0.69 29.14      1EMD2401
HETATM 2300 AC3* NAD   314       9.377 -11.852   2.102  0.69 30.36      1EMD2402
HETATM 2301 AO3* NAD   314       8.918 -11.300   0.864  0.69 31.71      1EMD2403
HETATM 2302 AC2* NAD   314      10.516 -12.828   1.856  0.69 30.56      1EMD2404
HETATM 2303 AO2* NAD   314      10.532 -13.467   0.558  0.69 32.13      1EMD2405
HETATM 2304 AC1* NAD   314      11.642 -11.888   2.199  0.69 29.49      1EMD2406
HETATM 2305 AN9  NAD   314      12.946 -12.548   2.294  0.69 30.68      1EMD2407
HETATM 2306 AC8  NAD   314      13.403 -13.455   3.186  0.69 30.38      1EMD2408
HETATM 2307 AN7  NAD   314      14.746 -13.503   3.170  0.69 29.26      1EMD2409
HETATM 2308 AC5  NAD   314      15.076 -12.598   2.249  0.69 30.31      1EMD2410
HETATM 2309 AC6  NAD   314      16.347 -12.115   2.003  0.69 27.98      1EMD2411
HETATM 2310 AN6  NAD   314      17.465 -12.733   2.307  0.69 26.75      1EMD2412
HETATM 2311 AN1  NAD   314      16.406 -11.054   1.195  0.69 30.45      1EMD2413
HETATM 2312 AC2  NAD   314      15.323 -10.531   0.634  0.69 29.90      1EMD2414
HETATM 2313 AN3  NAD   314      14.102 -10.997   0.817  0.69 30.17      1EMD2415
HETATM 2314 AC4  NAD   314      13.972 -12.018   1.668  0.69 30.56      1EMD2416
HETATM 2315  O3  NAD   314       6.470 -10.585   6.442  0.69 25.22      1EMD2417
HETATM 2316 NP   NAD   314       6.574  -9.067   6.899  0.69 29.30      1EMD2418
HETATM 2317 NO1  NAD   314       5.404  -8.704   7.740  0.69 22.95      1EMD2419
HETATM 2318 NO2  NAD   314       6.770  -8.191   5.717  0.69 18.36      1EMD2420
HETATM 2319 NO5* NAD   314       7.869  -9.394   7.848  0.69 23.27      1EMD2421
HETATM 2320 NC5* NAD   314       8.765  -8.341   8.225  0.69 27.18      1EMD2422
HETATM 2321 NC4* NAD   314       9.965  -8.616   9.126  0.69 28.17      1EMD2423
HETATM 2322 NO4* NAD   314      10.320  -7.290   9.589  0.69 33.05      1EMD2424
HETATM 2323 NC3* NAD   314       9.643  -9.373  10.416  0.69 28.95      1EMD2425
HETATM 2324 NO3* NAD   314      10.803  -9.831  11.132  0.69 19.79      1EMD2426
HETATM 2325 NC2* NAD   314       8.983  -8.282  11.258  0.69 32.60      1EMD2427
HETATM 2326 NO2* NAD   314       8.693  -8.760  12.602  0.69 31.87      1EMD2428
HETATM 2327 NC1* NAD   314      10.080  -7.227  11.022  0.69 34.45      1EMD2429
HETATM 2328 NN1  NAD   314       9.747  -5.837  11.353  0.69 40.34      1EMD2430
HETATM 2329 NC2  NAD   314      10.008  -5.147  12.560  0.69 44.29      1EMD2431
HETATM 2330 NC3  NAD   314       9.629  -3.816  12.717  0.69 44.76      1EMD2432
HETATM 2331 NC7  NAD   314       9.879  -3.032  13.977  0.69 44.86      1EMD2433
HETATM 2332 NO7  NAD   314       9.185  -2.066  14.289  0.69 48.45      1EMD2434
HETATM 2333 NN7  NAD   314      10.925  -3.436  14.647  0.69 42.75      1EMD2435
HETATM 2334 NC4  NAD   314       8.913  -3.178  11.754  0.69 45.41      1EMD2436
HETATM 2335 NC5  NAD   314       8.584  -3.871  10.603  0.69 45.19      1EMD2437
HETATM 2336 NC6  NAD   314       9.015  -5.178  10.398  0.69 42.63      1EMD2438
END                                                                     1EMD2583

Python script to align template to the model:
from modeller import *

env = Environ()
aln = Alignment(env)
mdl = Model(env, file='1emd_bs', model_segment=('78','94'))
aln.append_model(mdl, align_codes='1emdA', atom_files='1emd.pdb')
aln.append(file='TvLDH-mult.ali', align_codes='TvLDH')
env.io.hetatm = True
aln.align2d(max_gap_length=50)
aln.write(file='TvLDH-ligand.ali', alignment_format='PIR')
aln.write(file='TvLDH-ligand.pap', alignment_format='PAP')

Output PAP file:
 _aln.pos         10        20        30        40        50        60
1emdA     ----------GV--------------------R--------------R--------------------
TvLDH     MSEPAHVLITGAAGQIGYILSHWIAGGELYGDRPVVLHLFDIPPAMNRLTALTMELEDCAFPHLAGYV
 _consrvd           *                     *              *

 _aln.p   70        80        90       100       110       120       130
1emdA     -----------------------KPG------------------------------------------
TvLDH     ATTEPEAAFKDIDCAFLVASMPLKPGQVRADLISSNSVIFKNTGEYLSKWAKPTVKVLVIGNPDNTNC
 _consrvd                        ***

 _aln.pos  140       150       160       170       180       190       200
1emdA     ---M-------------------DR------------------------------SDL----------
TvLDH     EIAMLHAKNLKPENFSSLSMLDHNRAYYEVASKLGVHVHDIHDIIVWGNHGESMVADLTQATFTKDGK
 _consrvd    *                    *                               **

 _aln.pos    210       220       230       240       250       260       270
1emdA     ---------------------------------F----------------------------------
TvLDH     TQKVVDVLDHDYVFDTFFKKIGHRAWDILEHRGFTSAASPTKAAIQHMKAWLFGTAPGEVLSMGIPVP
 _consrvd                                  *

 _aln.pos      280       290       300       310       320       330
1emdA     --N-----------------------------VN---------------------------
TvLDH     EGNPYGIKPGVVFSFPCNVDKEGHIHVVEGFKVNDWLREKLAFTENDLFHEKEIALEHLAQ
 _consrvd   *                             **

Output PIR file:
>P1;1emdA
structureX:1emd.pdb:78: :+17: :MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37):(ESCHERICHIA COLI):-1.00:-1.00
----------GV--------------------R--------------R---------------------------
----------------KPG---------------------------------------------M----------
---------DR------------------------------SDL-------------------------------
------------F------------------------------------N-------------------------
----VN---------------------------*

>P1;TvLDH
sequence:TvLDH:: :: :::-1.00:-1.00
MSEPAHVLITGAAGQIGYILSHWIAGGELYGDRPVVLHLFDIPPAMNRLTALTMELEDCAFPHLAGYVATTEPEA
AFKDIDCAFLVASMPLKPGQVRADLISSNSVIFKNTGEYLSKWAKPTVKVLVIGNPDNTNCEIAMLHAKNLKPEN
FSSLSMLDHNRAYYEVASKLGVHVHDIHDIIVWGNHGESMVADLTQATFTKDGKTQKVVDVLDHDYVFDTFFKKI
GHRAWDILEHRGFTSAASPTKAAIQHMKAWLFGTAPGEVLSMGIPVPEGNPYGIKPGVVFSFPCNVDKEGHIHVV
EGFKVNDWLREKLAFTENDLFHEKEIALEHLAQ*

Best Regards,

Amanda F. Ghilardi