Hello all...
 
I tried to run my code for multiple alignment.
 
<top file>
READ_MODEL FILE = '1ry2.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:A''LAST:A'
SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = '1ry2A'
READ_MODEL FILE = '1pg4.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:B''LAST:B'
SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on
READ_MODEL FILE = '1t5d.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:X''LAST:X'
SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on
READ_MODEL FILE = '1t5h.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:X''LAST:X'
SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on
SET ATOM_FILES = '1ry2' '1pg4' '1t5d' '1t5h'
MALIGN3D
SET ADD_SEQUENCE = on, ALIGN_BLOCK = NUMB_OF_SEQUENCES
READ_ALIGNMENT FILE = 'target.seq', ALIGN_CODES = ALIGN_CODES 'target'
ALIGN2D
WRITE_ALIGNMENT FILE = 'target.ali', ALIGNMENT_FORMAT = 'PIR'
WRITE_ALIGNMENT FILE = 'target.pap', ALIGNMENT_FORMAT = 'PAP'
 
But, my job wasn't termainate.
And, it always made the same log file and stopped at the same point.
 
 
<log file>
Date and time of compilation         : 09/14/2004 11:06:39
Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2004/10/23  00:03:24.704
 
# Sequence alignment of the structurally conserved regions
# [average distance and standard deviation are with respect
#  to the framework (i.e., average structure)]
#
#  N av ds st dv   1ry2A  1ry2A  1ry2A  1ry2A
# =============================================
   1 0.585 0.177   A  95  G  43  K  89  K  89
   2 0.520 0.238   T  96  K  44  S  90  S  90
# =============================================
   3 0.904 0.201   F  98  I  45  L  93  L  93
# =============================================
   4 0.927 0.182   S 102  I  49  V 109  V 109
# =============================================
   5 0.648 0.243   K 149  T  93  P 155  P 155
# =============================================
   6 1.286 0.094   A 150  A  94  F 157  F 157
# =============================================
   7 1.086 0.362 * I 151  I  95  I 173  I 173
   8 1.203 0.241   I 152  I  96  P 174  P 174
# =============================================
   9 0.687 0.125   F 153  W  97  A 177  A 177
# =============================================
  10 1.147 0.112   M 198  M 141  R 181  R 181
  11 1.499 0.072 * V 199  V 142  V 182  V 182
# =============================================
  12 1.603 0.195   A 221  G 164  M 185  M 185
# =============================================
  13 1.035 0.235   G 222  G 165  V 189  V 189
# =============================================
  14 0.604 0.191   T 255  L 198  R 192  R 192
  15 1.418 0.057   K 256  K 199  H 193  H 193
# =============================================
  16 1.600 0.394   V 272  V 217  R 195  R 195
# =============================================
  17 0.982 0.421   V 274  V 219  D 222  D 222
# =============================================
  18 1.174 0.252   P 314  P 258  E 230  E 230
# =============================================
  19 0.735 0.103   L 318  L 262  A 250  A 250
# =============================================
  20 1.896 0.448   G 322  S 265  L 289  L 289
# =============================================
  21 1.220 0.197   G 325  G 269  Q 294  Q 294
  22 1.196 0.192   A 326  K 270  H 295  H 295
  23 1.671 0.053   P 327  P 271  L 296  L 296
# =============================================
  24 0.801 0.374   G 361  A 305  G 305  G 305
# =============================================
  25 1.195 0.112   V 372  L 316  T 307  T 307
# =============================================
  26 0.836 0.059   G 388  G 332  F 329  F 329
  27 1.111 0.360   T 389  V 333  S 330  S 330
  28 1.141 0.216   P 390  P 334  E 331  E 331
# =============================================
  29 0.968 0.251   Y 398  M 342  A 356  A 356
# =============================================
  30 1.430 0.434   I 401  V 345  A 357  A 357
# =============================================
  31 1.501 0.129   T 408  N 352  T 372  T 372
# =============================================
  32 0.657 0.212   R 437  R 381  E 374  E 374
# =============================================
  33 1.114 0.104   G 440  G 384  S 384  S 384
  34 1.061 0.137   S 441  S 385  D 385  D 385
# =============================================
  35 1.024 0.321   P 445  P 389  L 398  L 398
# =============================================
  36 0.638 0.207   D 467  D 411  R 400  R 400
# =============================================
  37 1.117 0.411   S 493  S 436  M 404  M 404
# =============================================
  38 1.524 0.844   P 508  D 450  A 424  A 424
  39 1.217 0.673   N 509  N 451  P 425  P 425
# =============================================
  40 0.940 0.301   A 524  V 465  E 429  E 429
# =============================================
  41 1.773 0.332   K 563  R 504  V 432  V 432
# =============================================
  42 1.163 0.303   D 564  D 505  V 444  V 444
# =============================================
# Sequence alignment of the structurally conserved regions
# [average distance and standard deviation are with respect
#  to the framework (i.e., average structure)]
#
#  N av ds st dv   1ry2A  1ry2A  1ry2A  1ry2A
# =============================================
   1 0.706 0.084   A  95  G  43  K  89  K  89
   2 0.693 0.277   T  96  K  44  S  90  S  90
# =============================================
   3 0.982 0.231   F  98  I  45  L  93  L  93
# =============================================
   4 0.595 0.283   S 102  I  49  V 109  V 109
# =============================================
   5 0.896 0.032   K 149  T  93  P 155  P 155
# =============================================
   6 1.152 0.046   A 150  A  94  F 157  F 157
# =============================================
   7 1.021 0.088 * I 151  I  95  I 173  I 173
   8 0.926 0.038   I 152  I  96  P 174  P 174
# =============================================
   9 0.619 0.086   F 153  W  97  A 177  A 177
# =============================================
  10 0.929 0.116   M 198  M 141  R 181  R 181
  11 1.627 0.065 * V 199  V 142  V 182  V 182
# =============================================
  12 1.365 0.199   A 221  G 164  M 185  M 185
# =============================================
  13 0.840 0.173   G 222  G 165  V 189  V 189
# =============================================
  14 0.537 0.054   T 255  L 198  R 192  R 192
  15 1.201 0.041   K 256  K 199  H 193  H 193
# =============================================
  16 1.548 0.190   V 272  V 217  R 195  R 195
# =============================================
  17 0.956 0.153   L 273  I 218  D 222  D 222
# =============================================
  18 1.004 0.175   P 314  P 258  E 230  E 230
# =============================================
  19 0.617 0.067   L 318  L 262  A 250  A 250
# =============================================
  20 0.818 0.094   G 325  G 269  Q 294  Q 294
# =============================================
  21 1.170 0.262   A 326  K 270  L 296  L 296
# =============================================
  22 0.692 0.159   G 361  A 305  G 305  G 305
# =============================================
  23 1.107 0.040   V 372  L 316  T 307  T 307
# =============================================
  24 0.727 0.091   G 388  G 332  F 329  F 329
  25 0.677 0.232   T 389  V 333  S 330  S 330
  26 0.911 0.197   P 390  P 334  E 331  E 331
# =============================================
  27 0.373 0.111   Y 398  M 342  A 356  A 356
# =============================================
  28 1.333 0.184   I 401  V 345  A 357  A 357
# =============================================
  29 1.131 0.064   T 408  N 352  T 372  T 372
# =============================================
  30 1.428 0.154   S 435  S 379  A 373  A 373
# =============================================
  31 0.724 0.277   R 437  R 381  E 374  E 374
# =============================================
  32 1.053 0.062   G 440  G 384  S 384  S 384
  33 0.969 0.111   S 441  S 385  D 385  D 385
# =============================================
  34 1.728 0.101   E 444  E 388  I 397  I 397
  35 0.827 0.113   P 445  P 389  L 398  L 398
# =============================================
  36 0.442 0.180   D 467  D 411  R 400  R 400
# =============================================
  37 1.048 0.082   S 493  S 436  M 404  M 404
# =============================================
  38 1.158 0.402   P 508  N 451  A 424  A 424
# =============================================
  39 1.107 0.657   E 512  G 453  G 426  G 426
# =============================================
  40 0.713 0.102   A 524  V 465  E 429  E 429
# =============================================
  41 1.767 0.252   K 563  R 504  V 432  V 432
# =============================================
  42 0.397 0.229   D 566  D 507  L 435  L 435
# =============================================
# Sequence alignment of the structurally conserved regions
# [average distance and standard deviation are with respect
#  to the framework (i.e., average structure)]
#
#  N av ds st dv   1ry2A  1ry2A  1ry2A  1ry2A
# =============================================
   1 0.764 0.077   A  95  G  43  K  89  K  89
   2 0.723 0.284   T  96  K  44  S  90  S  90
# =============================================
   3 0.989 0.125   F  98  I  45  L  93  L  93
# =============================================
   4 0.586 0.237   S 102  I  49  V 109  V 109
# =============================================
   5 0.968 0.053   K 149  T  93  P 155  P 155
# =============================================
   6 1.242 0.038   A 150  A  94  F 157  F 157
# =============================================
   7 0.976 0.067 * I 151  I  95  I 173  I 173
   8 0.852 0.041   I 152  I  96  P 174  P 174
# =============================================
   9 0.808 0.096   F 153  W  97  A 177  A 177
# =============================================
  10 0.820 0.129   M 198  M 141  R 181  R 181
# =============================================
  11 1.204 0.208   A 221  G 164  M 185  M 185
# =============================================
  12 0.918 0.216   G 222  G 165  V 189  V 189
# =============================================
  13 0.746 0.066   T 255  L 198  R 192  R 192
  14 1.117 0.062   K 256  K 199  H 193  H 193
# =============================================
  15 1.447 0.158   V 272  V 217  R 195  R 195
# =============================================
  16 0.764 0.146   L 273  I 218  D 222  D 222
# =============================================
  17 1.130 0.160   P 314  P 258  E 230  E 230
# =============================================
  18 0.592 0.048   L 318  L 262  A 250  A 250
# =============================================
  19 0.713 0.133   G 325  G 269  Q 294  Q 294
# =============================================
  20 1.162 0.358   A 326  K 270  L 296  L 296
# =============================================
  21 0.755 0.173   G 361  A 305  G 305  G 305
# =============================================
  22 1.029 0.038   V 372  L 316  T 307  T 307
# =============================================
  23 0.697 0.088   G 388  G 332  F 329  F 329
  24 0.516 0.222   T 389  V 333  S 330  S 330
  25 0.803 0.290   P 390  P 334  E 331  E 331
# =============================================
  26 0.399 0.067   Y 398  M 342  A 356  A 356
# =============================================
  27 1.485 0.185   I 401  V 345  A 357  A 357
# =============================================
  28 0.983 0.083   T 408  N 352  T 372  T 372
# =============================================
  29 1.326 0.211   S 435  S 379  A 373  A 373
# =============================================
  30 0.837 0.266   R 437  R 381  E 374  E 374
# =============================================
  31 1.013 0.090   G 440  G 384  S 384  S 384
  32 0.911 0.144   S 441  S 385  D 385  D 385
# =============================================
  33 1.568 0.072   E 444  E 388  I 397  I 397
  34 0.663 0.120   P 445  P 389  L 398  L 398
# =============================================
  35 0.501 0.235   D 467  D 411  R 400  R 400
# =============================================
  36 0.950 0.117   S 493  S 436
 
 
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