Hi Modellers,<br> <br> I am pretty new using MODELLER.&nbsp; I met some problem with the tutorials. <br> http://www.salilab.org/modeller/7v7/tutorial/basic.html<br> I am using MODELLER 8v2. Thanks a lot if someone could tell me&nbsp; what might be wrong. <br> <br> Here is the seq_search.top file:<br> SET SEARCH_RANDOMIZATIONS = 100<br> SET FILE = 'TvLDH.ali'<br> READ_SEQUENCE_DB<br> SEQUENCE_SEARCH ALIGN_CODES = 'TvLDH', DATA_FILE&nbsp; = ON<br> <br> Here is the seq_search.log file:<br> ---------<br> Kind, OS, HostName, Kernel, Processor: 4, Linux localhost.localdomain 2.6.9-22.ELsmp i686<br> Date and time of compilation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 02/28/2006 18:28:36<br> MODELLER executable type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : i386-intel8<br> Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2006/03/21&nbsp; 11:52:24.775<br> <br> <br> SEQ_DATABASE_FILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :
 ${MODINSTALL8v2}/modlib//CHAINS_all.seq<br> SEQ_DATABASE_FORMAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : PIR<br> CHAINS_LIST&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : ${MODINSTALL8v2}/modlib//CHAINS_3.0_40_XN.cod<br> CLEAN_SEQUENCES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T<br> MINMAX_DB_SEQ_LEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 999999<br> Number of sequences&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6869<br> Number of residues&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 1543994<br> Length of longest sequence:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1491<br> <br> <span style="color: rgb(255, 0, 0);">sequenc_587E&gt; Run alignment.append() or make alignment first.</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);">top_error__E&gt; ERROR_STATUS
 &gt;= STOP_ON_ERROR:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</span><br> <br> Dynamically allocated memory at&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; finish [B,kB,MB]:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5317486&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5192.857&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.071<br> Starting time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 2006/03/21&nbsp; 11:52:24.775<br> Closing time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 2006/03/21&nbsp; 12:35:30.209<br> Total CPU time
 [seconds]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2585.59<br> ------------<br> <p>
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