Bibliography

Abola et al., 1987

Abola, E. E., Bernstein, F. C., Bryant, S. H., Koetzle, T., & Weng, J. (1987).
In: Crystallographic databases -- Information, content, software systems, scientific applications, (Allen, F. H., Bergerhoff, G., & Sievers, R., eds) pp. 107-132. Data Commission of the International Union of Crystallography Bonn/Cambridge/Chester.

Altschul et al., 1997

Altschul, S. F., Madden, T. L., Schaffer, A. A., Zhang, J. Z., Miller, W., & Lipman, D. J. (1997).
Nucl. Acids Res. 25, 3389-3402.

Berman et al., 2000

Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T. N., Weissig, H., Shindyalov, I. N., & Bourne, P. E. (2000).
Nucleic Acids Res. 28, 235-242.

Braun & Gõ, 1985

Braun, W. & Gõ, N. (1985).
J. Mol. Biol. 186, 611-626.

Chothia & Lesk, 1987

Chothia, C. & Lesk, A. M. (1987).
J. Mol. Biol. 196, 901-917.

Felsenstein, 1985

Felsenstein, J. (1985).
Evolution, 39, 783-791.

Fiser et al., 2000

Fiser, A., Do, R. K. G., & Šali, A. (2000).
Protein Science, 9, 1-21.

Flockner et al., 1995

Flockner, H., Braxenthaler, M., Lackner, P., Jaritz, M., Ortner, M., & Sippl, M. J. (1995).
Proteins, 23, 376-386.

Gotoh, 1982

Gotoh, O. (1982).
J. Mol. Biol. 162, 705-708.

Hubbard & Blundell, 1987

Hubbard, T. J. P. & Blundell, T. L. (1987).
Protein Eng. 1, 159-171.

IUPAC-IUB, 1970

IUPAC-IUB (1970).
Biochemistry, 9, 3471-3479.

Jones et al., 1992

Jones, D. T., Taylor, W. R., & Thornton, J. M. (1992).
Nature, 358, 86-89.

Kabsch & Sander, 1983

Kabsch, W. & Sander, C. (1983).
Biopolymers, 22, 2577-2637.

Karlin & Altschul, 1990

Karlin, S. & Altschul, S. F. (1990).
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 2264-2268.

Kendrew et al., 1970

Kendrew, J. C., Klyne, W., Lifson, S., Miyazawa, T., Némethy, G., Phillips, D. C., Ramachandran, G. N., & Scheraga, H. (1970).
J. Mol. Biol. 52, 1-17.

Laskowski et al., 1993

Laskowski, R. A., McArthur, M. W., Moss, D. S., & Thornton, J. M. (1993).
J. Appl. Cryst. 26, 283-291.

Lüthy et al., 1992

Lüthy, R., Bowie, J. U., & Eisenberg, D. (1992).
Nature, 356, 83-85.

MacKerell et al., 1998

MacKerell, Jr., A. D., Bashford, D., Bellott, M., Dunbrack Jr., R., Evanseck, J., Field, M., Fischer, S., Gao, J., Guo, H., Ha, S., Joseph-McCarthy, D., Kuchnir, L., Kuczera, K., Lau, F., Mattos, C., Michnick, S., Ngo, T., Nguyen, D., Prodhom, B., Reiher, III, W., Roux, B.and Schlenkrich, M., Smith, J., Stote, R.and Straub, J., Watanabe, M., Wiorkiewicz-Kuczera, J., Yin, D., & Karplus, M. (1998).
J. Phys. Chem. B, 102, 3586-3616.

Needleman & Wunsch, 1970

Needleman, S. B. & Wunsch, C. D. (1970).
J. Mol. Biol. 48, 443-453.

Nicholls et al., 1991

Nicholls, A., Sharp, K. A., & Honig, B. (1991).
Proteins, 11, 281-296.

Press et al., 1992

Press, W. H., Teukolsky, S. A., Vetterling, W. T., & Flannery, B. P. (1992).
Numerical Recipes, 2nd edition.
Cambridge: Cambridge University Press.

Richards & Kundrot, 1988

Richards, F. M. & Kundrot, C. E. (1988).
Proteins, 3, 71-84.

Richmond & Richards, 1978

Richmond, T. J. & Richards, F. M. (1978).
J. Mol. Biol. 119, 537-555.

Šali & Blundell, 1990

Šali, A. & Blundell, T. L. (1990).
J. Mol. Biol. 212, 403-428.

Šali & Blundell, 1993

Šali, A. & Blundell, T. L. (1993).
J. Mol. Biol. 234, 779-815.

Šali & Overington, 1994

Šali, A. & Overington, J. (1994).
Protein Sci. 3, 1582-1596.

Šali et al., 1995

Šali, A., Potterton, L., Yuan, F., van Vlijmen, H., & Karplus, M. (1995).
Proteins, 23, 318-326.

Sánchez & Šali, 2000

Sánchez, R. & Šali, A. (2000).
In: Protein Structure Prediction: Methods and Protocols, (Webster, D. M., ed) pp. 97-129. Humana Press.

Sankoff & Kruskal, 1983

Sankoff, D. & Kruskal, J. B. (1983).
Time warps, string edits, and macromolecules: The theory and practice of sequence comparison.
Reading, MA: Addison-Wesley Publishing Company.

Sellers, 1974

Sellers, P. H. (1974).
J. Comb. Theor. A16, 253-258.

Shanno & Phua, 1980

Shanno, D. F. & Phua, K. H. (1980).
ACM Trans. Math. Soft. 6, 618-622.

Shanno & Phua, 1982

Shanno, D. F. & Phua, K. H. (1982).
In: Collected algorithms from ACM. Trans. Math. Software volume 2(1).

Shindyalov & Bourne, 1998

Shindyalov, I. N. & Bourne, P. E. (1998).
Prot. Eng. 11, 739-747.

Sippl, 1993

Sippl, M. J. (1993).
Proteins, 17, 355-362.

Smith & Waterman, 1981

Smith, T. F. & Waterman, M. S. (1981).
J. Mol. Biol. 147, 195-197.

Subbiah et al., 1993

Subbiah, S., Laurents, D. V., & Levitt, M. (1993).
Curr. Biol. 3, 141-148.

Sutcliffe et al., 1987

Sutcliffe, M. J., Haneef, I., Carney, D., & Blundell, T. L. (1987).
Protein Eng. 1, 377-384.

van Schaik et al., 1993

van Schaik, R. C., Berendsen, H. J., & Torda, A. E. (1993).
J.Mol.Biol. 234, 751-762.

Verlet, 1967

Verlet, J. (1967).
Phys. Rev. 159, 98-103.