[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]

Re: [modeller_usage] modeller_usage Digest, Vol 12, Issue 17



Dear,
thanks for you help. should i use the  the entire second template(loop is 
disordered) sequence or only  part of the disordered sequence to aglian?
>Message: 1
>Date: Fri, 03 May 2013 10:31:56 -0700
>From: Modeller Caretaker <>
>To: aixintiankong <>
>Cc: 
>Subject: Re: [modeller_usage] how to build the loop of protein model
> using modeller
>Message-ID: <>
>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed
>
>On 4/29/13 8:25 PM, aixintiankong wrote:
>> i don't know how to build a model that  the protein, NAD+ and ligand
>> coexsit and the loop of protein is disordered.
>
>One way to do this would be to align your model sequence with the first 
>template (loop is helix) for the entire sequence except the loop, and 
>the second template (loop is disordered) for the loop:
>http://salilab.org/modeller/9.11/FAQ.html#1
>
>Another way would be to just use the first template, and just unalign 
>the loop so Modeller builds it without template information:
>http://salilab.org/modeller/9.11/FAQ.html#2
>
> Ben Webb, Modeller Caretaker
>-- 
>             http://www.salilab.org/modeller/
>Modeller mail list: http://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage