Dear Modeller.


- help


Yours faithfully



--------- 원본 메일 ---------

보낸사람: <modeller_usage-request@salilab.org>
받는사람: <modeller_usage@salilab.org>
날짜: 18.05.11 05:24 GMT +0900
제목: modeller_usage Digest, Vol 17, Issue 14

Send modeller_usage mailing list submissions to
 modeller_usage@salilab.org

To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit
 https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage
or, via email, send a message with subject or body 'help' to
 modeller_usage-request@salilab.org

You can reach the person managing the list at
 modeller_usage-owner@salilab.org

When replying, please edit your Subject line so it is more specific
than "Re: Contents of modeller_usage digest..."


Today's Topics:

   1. Re: modeling a chimeric protein (Modeller Caretaker)
   2. modeller_query (niki24@tezu.ernet.in)
   3. Re: modeller_query (Modeller Caretaker)
   4. Protein specified in ALIGN_CODES(i) was not found
      (Ahmad Abdelzaher)


----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Mon, 23 Apr 2018 18:45:27 -0700
From: Modeller Caretaker <modeller-care@salilab.org>
To: Ayesha Fatima <ayeshafatima.69@gmail.com>,
 modeller_usage@salilab.org
Subject: Re: [modeller_usage] modeling a chimeric protein
Message-ID: <8feda20f-aebe-9cf4-a345-a876d7f52df4@salilab.org>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed

On 4/22/18 7:44 AM, Ayesha Fatima wrote:> is this the .ali file to give 
for alignment.

Yes, an alignment file like that should work fine.

> Which script should I use.

Since it's a chimera most conventional alignment scripts are not going 
to do the right thing for you, since they will try to make a global 
alignment of the two proteins, which is precisely not what you want. I 
would combine them manually, unless you have another structure of a 
linker region to which both will align.

 Ben Webb, Modeller Caretaker
-- 
modeller-care@salilab.org             https://salilab.org/modeller/
Modeller mail list: https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage


------------------------------

Message: 2
Date: Wed, 2 May 2018 12:54:47 +0530
From: niki24@tezu.ernet.in
To: modeller_usage@salilab.org
Subject: [modeller_usage] modeller_query
Message-ID:
 <b5de950ef59eb2a611e9569ddbc5e967.squirrel@webmail.tezu.ernet.in>
Content-Type: text/plain;charset=utf-8

Dear Sir,

I have been trying to model some structures using the modeller.
I would like to know the meaning of the B factor for the modeller
generated structures.
For most of the structures i am getting a higher B value for some regions
of my model.

Yours faithfully
Nikita Bora


* * * D I S C L A I M E R * * *
This e-mail may contain privileged information and is intended solely for the individual named. If you are not the named addressee you should not disseminate, distribute or copy this e-mail. Please notify the sender immediately by e-mail if you have received this e-mail in error and destroy it from your system. Though considerable effort has been made to deliver error free e-mail messages but it can not be guaranteed to be secure or error-free as information could be intercepted, corrupted, lost, destroyed, delayed, or may contain viruses. The recipient must verify the integrity of this e-mail message.


------------------------------

Message: 3
Date: Wed, 2 May 2018 12:50:26 -0700
From: Modeller Caretaker <modeller-care@salilab.org>
To: niki24@tezu.ernet.in, modeller_usage@salilab.org
Subject: Re: [modeller_usage] modeller_query
Message-ID: <54b2acf6-07a4-4a2d-ca65-bc341c89ca69@salilab.org>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed

On 5/2/18 12:24 AM, niki24@tezu.ernet.in wrote:
> I have been trying to model some structures using the modeller.
> I would like to know the meaning of the B factor for the modeller
> generated structures.

This is the violations profile, as per 
https://salilab.org/modeller/9.19/manual/node256.html

 Ben Webb, Modeller Caretaker
-- 
modeller-care@salilab.org             https://salilab.org/modeller/
Modeller mail list: https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage


------------------------------

Message: 4
Date: Thu, 10 May 2018 16:24:02 -0400
From: Ahmad Abdelzaher <underoath006@gmail.com>
To: modeller_usage@salilab.org
Subject: [modeller_usage] Protein specified in ALIGN_CODES(i) was not
 found
Message-ID:
 <CAL1o8vOPGjn8TfwRWC3Ys9xy97pGFrN4+c_uQ4Zv3GGdPemX2w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

I know this error usually happens when I get the names incorrectly.
However, in this case, everything is fine and it seems to run for a little
while, then it starts writing stuff to my .ali file and give the below
error.


readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4611
              Modeller will only read the first 80 characters of this line.

readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4612
              Modeller will only read the first 80 characters of this line.

readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4613
              Modeller will only read the first 80 characters of this line.

readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4614
              Modeller will only read the first 80 characters of this line.

readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4615
              Modeller will only read the first 80 characters of this line.

readlinef__W> File: alpha_tubulin.pdb, Line: 4616
              No more warnings will be printed for truncated lines in this
file.

mkapsa__637W> No residue topology library is in memory.
              Better radii would be used if topology.read() is called first.
iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue.
              Default CHARMM atom type assigned:  N -->  N
              This message is written only for the first such atom.

Pairwise dynamic programming alignment (ALIGN2D):
  Residue-residue metric   : $(LIB)/as1.sim.mat
  Diagonal                 :          100
  Overhang                 :            0
  Maximal gap length       :       999999
  Local alignment          :            F
  MATRIX_OFFSET (local aln):       0.0000
  FIX_OFFSETS              :      0.0    -1.0    -2.0    -3.0    -4.0
  N_SUBOPT                 :            0
  SUBOPT_OFFSET            :       0.0000
  Alignment block          :            1
  Gap introduction penalty :    -100.0000
  Gap extension penalty    :       0.0000
  Gap diagonal penalty     :       0.0000
  Structure gap penalties  :    3.500   3.500   3.500   0.200   4.000
 6.500   2.000   0.000
  Break-break bonus        :   10000.0000
  Length of alignment      :          441
  Score                    :  258659.2969
read_al_230W> Alignment code alpha_tubulin is present multiple times in the
              alignment file! Only the first entry will be read.
              Suggest you remove the duplicate(s) to avoid confusion.
read_al_373E> Protein specified in ALIGN_CODES(i) was not found
              in the alignment file; ALIGN_CODES(       1) =
alpha_tubulin.pdb
Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-12-d935bbc074eb>", line 1, in <module>

runfile('/home/labusr/Desktop/chlamy_paper/denovo_prediction/alpha_tubulin/Modeller/modeller.py',
wdir='/home/labusr/Desktop/chlamy_paper/denovo_prediction/alpha_tubulin/Modeller')

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py",
line 714, in runfile
    execfile(filename, namespace)

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py",
line 89, in execfile
    exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

  File
"/home/labusr/Desktop/chlamy_paper/denovo_prediction/alpha_tubulin/Modeller/modeller.py",
line 35, in <module>
    a.make()

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/modeller/automodel/automodel.py",
line 112, in make
    self.homcsr(exit_stage)

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/modeller/automodel/automodel.py",
line 535, in homcsr
    aln = self.read_alignment()

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/modeller/automodel/automodel.py",
line 502, in read_alignment
    aln.append(file=self.alnfile, align_codes=codes)

  File
"/home/labusr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/modeller/alignment.py",
line 80, in append
    allow_alternates)

ModellerError: read_al_373E> Protein specified in ALIGN_CODES(i) was not
found in the alignment file; ALIGN_CODES(       1) =  alpha_tubulin.pdb
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://salilab.org/archives/modeller_usage/attachments/20180510/2283f79f/attachment.html>;

------------------------------

_______________________________________________
modeller_usage mailing list
modeller_usage@salilab.org
https://salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage


End of modeller_usage Digest, Vol 17, Issue 14
**********************************************