Hello all...

I tried to run my code for multiple alignment.

<top file> READ_MODEL FILE = '1ry2.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:A''LAST:A' SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = '1ry2A' READ_MODEL FILE = '1pg4.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:B''LAST:B' SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on READ_MODEL FILE = '1t5d.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:X''LAST:X' SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on READ_MODEL FILE = '1t5h.pdb', MODEL_SEGMENT 'FIRST:X''LAST:X' SEQUENCE_TO_ALI ALIGN_CODES = ALIGN_CODES '1ry2A',ADD_SEQUENCE = on SET ATOM_FILES = '1ry2' '1pg4' '1t5d' '1t5h' MALIGN3D SET ADD_SEQUENCE = on, ALIGN_BLOCK = NUMB_OF_SEQUENCES READ_ALIGNMENT FILE = 'target.seq', ALIGN_CODES = ALIGN_CODES 'target' ALIGN2D WRITE_ALIGNMENT FILE = 'target.ali', ALIGNMENT_FORMAT = 'PIR' WRITE_ALIGNMENT FILE = 'target.pap', ALIGNMENT_FORMAT = 'PAP'

But, my job wasn't termainate. And, it always made the same log file and stopped at the same point.

<log file> Date and time of compilation : 09/14/2004 11:06:39 Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2004/10/23 00:03:24.704

# Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1ry2A 1ry2A 1ry2A 1ry2A # ============================================= 1 0.585 0.177 A 95 G 43 K 89 K 89 2 0.520 0.238 T 96 K 44 S 90 S 90 # ============================================= 3 0.904 0.201 F 98 I 45 L 93 L 93 # ============================================= 4 0.927 0.182 S 102 I 49 V 109 V 109 # ============================================= 5 0.648 0.243 K 149 T 93 P 155 P 155 # ============================================= 6 1.286 0.094 A 150 A 94 F 157 F 157 # ============================================= 7 1.086 0.362 * I 151 I 95 I 173 I 173 8 1.203 0.241 I 152 I 96 P 174 P 174 # ============================================= 9 0.687 0.125 F 153 W 97 A 177 A 177 # ============================================= 10 1.147 0.112 M 198 M 141 R 181 R 181 11 1.499 0.072 * V 199 V 142 V 182 V 182 # ============================================= 12 1.603 0.195 A 221 G 164 M 185 M 185 # ============================================= 13 1.035 0.235 G 222 G 165 V 189 V 189 # ============================================= 14 0.604 0.191 T 255 L 198 R 192 R 192 15 1.418 0.057 K 256 K 199 H 193 H 193 # ============================================= 16 1.600 0.394 V 272 V 217 R 195 R 195 # ============================================= 17 0.982 0.421 V 274 V 219 D 222 D 222 # ============================================= 18 1.174 0.252 P 314 P 258 E 230 E 230 # ============================================= 19 0.735 0.103 L 318 L 262 A 250 A 250 # ============================================= 20 1.896 0.448 G 322 S 265 L 289 L 289 # ============================================= 21 1.220 0.197 G 325 G 269 Q 294 Q 294 22 1.196 0.192 A 326 K 270 H 295 H 295 23 1.671 0.053 P 327 P 271 L 296 L 296 # ============================================= 24 0.801 0.374 G 361 A 305 G 305 G 305 # ============================================= 25 1.195 0.112 V 372 L 316 T 307 T 307 # ============================================= 26 0.836 0.059 G 388 G 332 F 329 F 329 27 1.111 0.360 T 389 V 333 S 330 S 330 28 1.141 0.216 P 390 P 334 E 331 E 331 # ============================================= 29 0.968 0.251 Y 398 M 342 A 356 A 356 # ============================================= 30 1.430 0.434 I 401 V 345 A 357 A 357 # ============================================= 31 1.501 0.129 T 408 N 352 T 372 T 372 # ============================================= 32 0.657 0.212 R 437 R 381 E 374 E 374 # ============================================= 33 1.114 0.104 G 440 G 384 S 384 S 384 34 1.061 0.137 S 441 S 385 D 385 D 385 # ============================================= 35 1.024 0.321 P 445 P 389 L 398 L 398 # ============================================= 36 0.638 0.207 D 467 D 411 R 400 R 400 # ============================================= 37 1.117 0.411 S 493 S 436 M 404 M 404 # ============================================= 38 1.524 0.844 P 508 D 450 A 424 A 424 39 1.217 0.673 N 509 N 451 P 425 P 425 # ============================================= 40 0.940 0.301 A 524 V 465 E 429 E 429 # ============================================= 41 1.773 0.332 K 563 R 504 V 432 V 432 # ============================================= 42 1.163 0.303 D 564 D 505 V 444 V 444 # ============================================= # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1ry2A 1ry2A 1ry2A 1ry2A # ============================================= 1 0.706 0.084 A 95 G 43 K 89 K 89 2 0.693 0.277 T 96 K 44 S 90 S 90 # ============================================= 3 0.982 0.231 F 98 I 45 L 93 L 93 # ============================================= 4 0.595 0.283 S 102 I 49 V 109 V 109 # ============================================= 5 0.896 0.032 K 149 T 93 P 155 P 155 # ============================================= 6 1.152 0.046 A 150 A 94 F 157 F 157 # ============================================= 7 1.021 0.088 * I 151 I 95 I 173 I 173 8 0.926 0.038 I 152 I 96 P 174 P 174 # ============================================= 9 0.619 0.086 F 153 W 97 A 177 A 177 # ============================================= 10 0.929 0.116 M 198 M 141 R 181 R 181 11 1.627 0.065 * V 199 V 142 V 182 V 182 # ============================================= 12 1.365 0.199 A 221 G 164 M 185 M 185 # ============================================= 13 0.840 0.173 G 222 G 165 V 189 V 189 # ============================================= 14 0.537 0.054 T 255 L 198 R 192 R 192 15 1.201 0.041 K 256 K 199 H 193 H 193 # ============================================= 16 1.548 0.190 V 272 V 217 R 195 R 195 # ============================================= 17 0.956 0.153 L 273 I 218 D 222 D 222 # ============================================= 18 1.004 0.175 P 314 P 258 E 230 E 230 # ============================================= 19 0.617 0.067 L 318 L 262 A 250 A 250 # ============================================= 20 0.818 0.094 G 325 G 269 Q 294 Q 294 # ============================================= 21 1.170 0.262 A 326 K 270 L 296 L 296 # ============================================= 22 0.692 0.159 G 361 A 305 G 305 G 305 # ============================================= 23 1.107 0.040 V 372 L 316 T 307 T 307 # ============================================= 24 0.727 0.091 G 388 G 332 F 329 F 329 25 0.677 0.232 T 389 V 333 S 330 S 330 26 0.911 0.197 P 390 P 334 E 331 E 331 # ============================================= 27 0.373 0.111 Y 398 M 342 A 356 A 356 # ============================================= 28 1.333 0.184 I 401 V 345 A 357 A 357 # ============================================= 29 1.131 0.064 T 408 N 352 T 372 T 372 # ============================================= 30 1.428 0.154 S 435 S 379 A 373 A 373 # ============================================= 31 0.724 0.277 R 437 R 381 E 374 E 374 # ============================================= 32 1.053 0.062 G 440 G 384 S 384 S 384 33 0.969 0.111 S 441 S 385 D 385 D 385 # ============================================= 34 1.728 0.101 E 444 E 388 I 397 I 397 35 0.827 0.113 P 445 P 389 L 398 L 398 # ============================================= 36 0.442 0.180 D 467 D 411 R 400 R 400 # ============================================= 37 1.048 0.082 S 493 S 436 M 404 M 404 # ============================================= 38 1.158 0.402 P 508 N 451 A 424 A 424 # ============================================= 39 1.107 0.657 E 512 G 453 G 426 G 426 # ============================================= 40 0.713 0.102 A 524 V 465 E 429 E 429 # ============================================= 41 1.767 0.252 K 563 R 504 V 432 V 432 # ============================================= 42 0.397 0.229 D 566 D 507 L 435 L 435 # ============================================= # Sequence alignment of the structurally conserved regions # [average distance and standard deviation are with respect # to the framework (i.e., average structure)] # # N av ds st dv 1ry2A 1ry2A 1ry2A 1ry2A # ============================================= 1 0.764 0.077 A 95 G 43 K 89 K 89 2 0.723 0.284 T 96 K 44 S 90 S 90 # ============================================= 3 0.989 0.125 F 98 I 45 L 93 L 93 # ============================================= 4 0.586 0.237 S 102 I 49 V 109 V 109 # ============================================= 5 0.968 0.053 K 149 T 93 P 155 P 155 # ============================================= 6 1.242 0.038 A 150 A 94 F 157 F 157 # ============================================= 7 0.976 0.067 * I 151 I 95 I 173 I 173 8 0.852 0.041 I 152 I 96 P 174 P 174 # ============================================= 9 0.808 0.096 F 153 W 97 A 177 A 177 # ============================================= 10 0.820 0.129 M 198 M 141 R 181 R 181 # ============================================= 11 1.204 0.208 A 221 G 164 M 185 M 185 # ============================================= 12 0.918 0.216 G 222 G 165 V 189 V 189 # ============================================= 13 0.746 0.066 T 255 L 198 R 192 R 192 14 1.117 0.062 K 256 K 199 H 193 H 193 # ============================================= 15 1.447 0.158 V 272 V 217 R 195 R 195 # ============================================= 16 0.764 0.146 L 273 I 218 D 222 D 222 # ============================================= 17 1.130 0.160 P 314 P 258 E 230 E 230 # ============================================= 18 0.592 0.048 L 318 L 262 A 250 A 250 # ============================================= 19 0.713 0.133 G 325 G 269 Q 294 Q 294 # ============================================= 20 1.162 0.358 A 326 K 270 L 296 L 296 # ============================================= 21 0.755 0.173 G 361 A 305 G 305 G 305 # ============================================= 22 1.029 0.038 V 372 L 316 T 307 T 307 # ============================================= 23 0.697 0.088 G 388 G 332 F 329 F 329 24 0.516 0.222 T 389 V 333 S 330 S 330 25 0.803 0.290 P 390 P 334 E 331 E 331 # ============================================= 26 0.399 0.067 Y 398 M 342 A 356 A 356 # ============================================= 27 1.485 0.185 I 401 V 345 A 357 A 357 # ============================================= 28 0.983 0.083 T 408 N 352 T 372 T 372 # ============================================= 29 1.326 0.211 S 435 S 379 A 373 A 373 # ============================================= 30 0.837 0.266 R 437 R 381 E 374 E 374 # ============================================= 31 1.013 0.090 G 440 G 384 S 384 S 384 32 0.911 0.144 S 441 S 385 D 385 D 385 # ============================================= 33 1.568 0.072 E 444 E 388 I 397 I 397 34 0.663 0.120 P 445 P 389 L 398 L 398 # ============================================= 35 0.501 0.235 D 467 D 411 R 400 R 400 # ============================================= 36 0.950 0.117 S 493 S 436

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