[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]

[modeller_usage] mismatch in the alignment



Hi,

I am working on the 1qg8 example given at http://salilab.org/modeller/wiki/Missing%20residues. I am trying to read the HETATM records and the waters.

Here is my alignment file.

>P1;1qg8

structureX:1qg8:   2 :A:+661 :A:MOL_ID  1; MOLECULE  SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSA; CHAIN  A; ENGINEERED  YES; OTHER_DETAILS  GLYCEROL MAGNESIUM:MOL_ID  1; ORGANISM_SCIENTIFIC  BACILLUS SUBTILIS; GENE  SPSA; EXPRESSION_SYSTEM  ESCHERICHIA COLI; EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN  BL 21: 1.50: 0.16

PKVSVIMTSYNKSDYVAKSISSILSQTFSDFELFIMDDNSNEETLNVIRPFLNDNRVRFYQSDISGVKERTEKTR

YAALINQAIEMAEGEYITYATDDNIYMPDRLLKMVRELDTHPEKAVIYSASKTYHLN---DIVKETVRPAAQVTW

NAPCAIDHCSVMHRYSVLEKVKEKFGSYWDESPAFYRIGDARFFWRVNHFYPFYPLDEELDLNYIT---------

-----EFVRNLPPQRNCRELRESLKKLGMG...wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

www*

>P1;1qg8_fill

sequence:::::::::

PKVSVIMTSYNKSDYVAKSISSILSQTFSDFELFIMDDNSNEETLNVIRPFLNDNRVRFYQSDISGVKERTEKTR

YAALINQAIEMAEGEYITYATDDNIYMPDRLLKMVRELDTHPEKAVIYSASKTYHLNENRDIVKETVRPAAQVTW

NAPCAIDHCSVMHRYSVLEKVKEKFGSYWDESPAFYRIGDARFFWRVNHFYPFYPLDEELDLNYITDQSIHFQLF

ELEKNEFVRNLPPQRNCRELRESLKKLGMG...wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww

www*

I have run the python script and get an error like this.

Read the alignment from file       : 1qg8.ali
Total number of alignment positions:   678

  #  Code        #_Res #_Segm PDB_code    Name
-------------------------------------------------------------------------------
  1       1qg8     661      1        1qg8 MOL_ID  1; MOLECULE  SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSA; CHAIN
  2  1qg8_fill     678      1
check_a_343_> >> BEGINNING OF COMMAND
openf___224_> Open           .\1qg8.pdb

Dynamically allocated memory at   amaxstructure [B,KiB,MiB]:       805668     786.785     0.768
read_pd_459W> Residue type  GOL not recognized. 'automodel' model building
              will treat this residue as a rigid body.
              To use real parameters, add the residue type to ${LIB}/restyp.lib,
              its topology to ${LIB}/top_*.lib, and suitable forcefield
              parameters to ${LIB}/par.lib.
read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      661      637
              For alignment entry:        1  1qg8
                                 x  (mismatch at alignment position    638)
 Alignment   wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww                 
       PDB   wwwwwwwwwwwwwwwwwwww                                         
     Match   ********************

  Please check your alignment file header to be sure you correctly specified
  the starting and ending residue numbers and chains. The alignment sequence
  must match that from the atom file exactly.

  Another possibility is that some residues in the atom file are missing,
  perhaps because they could not be resolved experimentally. (Note that Modeller
  reads only the ATOM and HETATM records in PDB, NOT the SEQRES records.)
  In this case, simply replace the section of your alignment corresponding
  to these missing residues with gaps.
read_te_288W> Protein not accepted:        1  1qg8

The pdb file has 661 residues and 17 are missing. To read the hetatm records I have used '.' and for the waters I have used 'w'. Could you please tell me where I have gone wrong?

Thank you very much

Sajeewa Dewage